पूर्ण-लम्बाइको mRNA अनुक्रमण -PacBio
विशेषताहरू
● poly-A mRNA बाट cDNA संश्लेषण र त्यसपछि पुस्तकालय तयारी
● CCS मोडमा अनुक्रमण गर्दै, HiFi रिडहरू उत्पन्न गर्दै
● पूर्ण-लम्बाइका ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रमण
● विश्लेषणलाई सन्दर्भ जीनोम आवश्यक पर्दैन; यद्यपि, यसलाई प्रयोग गर्न सकिन्छ
● बायोइन्फर्मेटिक विश्लेषणले ट्रान्सक्रिप्टहरू आइसोफर्म lncRNA, जीन फ्युजन, पोली-एडेनिलेसन, र जीन संरचनाको विश्लेषण सक्षम बनाउँछ।
सेवाका फाइदाहरू
●उच्च शुद्धता: हाईफाईले ९९.९% (Q३०) भन्दा बढी शुद्धताका साथ पढ्छ, NGS सँग तुलना गर्न सकिन्छ।
● वैकल्पिक स्प्लिसिङ विश्लेषण: सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रमणले आइसोफर्म पहिचान र विशेषताकरण सक्षम बनाउँछ।
●व्यापक विशेषज्ञता: ११०० भन्दा बढी PacBio पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम परियोजनाहरू पूरा गर्ने र २३०० भन्दा बढी नमूनाहरू प्रशोधन गर्ने ट्र्याक रेकर्डको साथ, हाम्रो टोलीले प्रत्येक परियोजनामा अनुभवको भण्डार ल्याउँछ।
●बिक्री पछिको समर्थन: हाम्रो प्रतिबद्धता परियोजना पूरा हुनुभन्दा बाहिर ३ महिनाको बिक्री पछिको सेवा अवधिको साथ विस्तारित छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरूलाई सम्बोधन गर्न परियोजना अनुगमन, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रदान गर्दछौं।
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
| पुस्तकालय | अनुक्रम रणनीति | सिफारिस गरिएको डेटा | गुणस्तर नियन्त्रण |
| PolyA समृद्ध mRNA CCS पुस्तकालय | प्याकबायोको सिक्वेल II प्याकबायो रेभियो | २०/४० जीबी ५/१० एम सीसीएस | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताहरू:
न्यूक्लियोटाइड्स:
● बिरुवाहरू:
जरा, डाँठ वा पत्रदल: ४५० मिलीग्राम
पात वा बीउ: ३०० मिलीग्राम
फलफूल: १.२ ग्राम
● जनावर:
मुटु वा आन्द्रा: ३०० मिलीग्राम
भिसेरा वा मस्तिष्क: २४० मिलीग्राम
मांसपेशी: ४५० मिलीग्राम
हड्डी, कपाल वा छाला: १ ग्राम
● अर्थ्रोपोडहरू:
कीराहरू: ६ ग्राम
क्रस्टेसिया: ३०० मिलीग्राम
● सम्पूर्ण रगत: १ ट्यूब
● कक्षहरू: 106 कोषहरू
| संक्षेप (ng/μl) | मात्रा (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| ≥ १०० | ≥ १.० | OD260/280=1.7-2.5 को कीवर्डहरू OD260/230=0.5-2.5 को कीवर्डहरू जेलमा सीमित वा कुनै प्रोटिन वा डीएनए प्रदूषण देखाइएको छैन। | बिरुवाहरूको लागि: RIN≥७.५; जनावरहरूको लागि: RIN≥8.0; ५.०≥ २८सेकेन्ड/१८सेकेन्ड≥१.०; सीमित वा कुनै आधारभूत उचाइ छैन |
सिफारिस गरिएको नमुना डेलिभरी
कन्टेनर: २ मिलिलिटर सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिँदैन)
नमुना लेबलिङ: समूह+प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3; B1, B2, B3।
ढुवानी:
१. सुख्खा बरफ: नमूनाहरूलाई झोलामा प्याक गर्नुपर्छ र सुख्खा बरफमा गाड्नुपर्छ।
२. आरएनए स्थिर ट्यूबहरू: आरएनए नमूनाहरू आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै आरएनए स्थिर®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमुना डेलिभरी
आरएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
तथ्याङ्क विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
निम्न विश्लेषण समावेश गर्दछ:
● कच्चा डेटा गुणस्तर नियन्त्रण
● वैकल्पिक पोलिएडेनिलेसन विश्लेषण (APA)
● फ्युजन ट्रान्सक्रिप्ट विश्लेषण
● वैकल्पिक स्प्लिसिङ विश्लेषण
● विश्वव्यापी एकल-प्रतिलिपि अर्थोलग (BUSCO) विश्लेषणको बेन्चमार्किङ
● उपन्यास ट्रान्सक्रिप्ट विश्लेषण: कोडिङ अनुक्रम (CDS) र कार्यात्मक एनोटेसनको भविष्यवाणी
● lncRNA विश्लेषण: lncRNA र लक्ष्यहरूको भविष्यवाणी
● माइक्रोस्याटेलाइट पहिचान (SSR)
BUSCO विश्लेषण
वैकल्पिक स्प्लिसिङ विश्लेषण
वैकल्पिक पोलिएडेनिलेसन विश्लेषण (APA)
उपन्यास ट्रान्सक्रिप्टहरूको कार्यात्मक एनोटेसन
यस विशेष प्रकाशनमा BMKGene को Nanopore पूर्ण-लम्बाइको mRNA अनुक्रमण सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरूको अन्वेषण गर्नुहोस्।
मा, वाई. एट अल. (२०२३) 'नेमोपिलेमा नोमुराई विष पहिचानको लागि प्याकबायो र ओएनटी आरएनए अनुक्रमण विधिहरूको तुलनात्मक विश्लेषण', जीनोमिक्स, ११५(६), पृष्ठ ११०७०९। doi: १०.१०१६/J.YGENO.२०२३.११०७०९।
चाओ, क्यू. एट अल. (२०१९) 'पोपुलस स्टेम ट्रान्सक्रिप्टोमको विकासात्मक गतिशीलता', प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, १७(१), पृ. २०६–२१९। doi: १०.११११/PBI.१२९५८।
डेङ, एच. एट अल. (२०२२) 'फलको विकास र एक्टिनिडिया ल्याटिफोलिया (एस्कर्बेट-धनी फलफूल बाली) को पाक्ने क्रममा एस्कर्बिक एसिड सामग्रीमा गतिशील परिवर्तनहरू र सम्बद्ध आणविक संयन्त्रहरू', इन्टरनेशनल जर्नल अफ आणविक विज्ञान, २३(१०), पृष्ठ ५८०८। doi: १०.३३९०/IJMS२३१०५८०८/S१।
हुआ, एक्स. एट अल. (२०२२) 'पेरिस पोलिफिलामा बायोएक्टिभ पोलिफिलिनमा संलग्न बायोसिंथेटिक मार्ग जीनहरूको प्रभावकारी भविष्यवाणी', सञ्चार जीवविज्ञान २०२२ ५:१, ५(१), पृ. १–१०। doi: १०.१०३८/s४२००३-०२२-०३०००-z।
लिउ, एम. एट अल. (२०२३) 'टुटा एब्सोल्युटा (मेयरिक) ट्रान्सक्रिप्टोम र साइटोक्रोम P450 जीनहरूको संयुक्त प्याकबायो आइसो-सेक र इलुमिना आरएनए-सेक विश्लेषण', कीराहरू, १४(४), पृष्ठ ३६३। doi: १०.३३९०/INSECTS१४०४०३६३/S१।
वाङ, लिजुन एट अल। (२०१९) 'रिसिनस कम्युनिसमा रिसिनोलिक एसिड बायोसिन्थेसिसको राम्रो बुझाइको लागि इलुमिना आरएनए सिक्वेन्सिङसँग मिलाएर प्याकबायो एकल-अणु वास्तविक-समय विश्लेषण प्रयोग गरेर ट्रान्सक्रिप्टोम जटिलताको सर्वेक्षण', BMC जेनोमिक्स, २०(१), पृ. १–१७. doi: १०.११८६/S१२८६४-०१९-५८३२-९।
