युकेरियोटिक mRNA विश्लेषण (सन्दर्भमा आधारित र नयाँ विकल्पहरू उपलब्ध छन्)
यो पाइपलाइनले NGS RNA-Seq डेटालाई इनपुटको रूपमा प्रयोग गर्दछ र धेरै डाउनस्ट्रीम विश्लेषणहरूबाट परिणामहरू उत्पादन गर्दछ जसमा समावेश छन् तर सीमित छैनन्: अनुक्रमण डेटा गुणस्तर मूल्याङ्कन,नयाँट्रान्सक्रिप्शन साइट एनोटेसन, चर स्प्लिसिङ विश्लेषण, भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण, प्रकार्य एनोटेसन र समृद्धि विश्लेषण।
लामो गैर-कोडिङ आरएनए विश्लेषण
लामो नन-कोडिङ आरएनए (lncRNA) २०० एनटी भन्दा लामो लम्बाइ भएका र क्रोमेटिन संगठन र नियमनमा भूमिका खेल्न जानिने गैर-कोडिङ ट्रान्सक्रिप्टहरू हुन्। उच्च-थ्रुपुट सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजीहरू र बायोइन्फर्मेटिकले महत्त्वपूर्ण नियामक कार्यहरू भएका lncRNA हरू पहिचान गर्न हाम्रो बुझाइ lncRNA अनुक्रमहरू र स्थिति जानकारीलाई सशक्त बनाएको छ। यो पाइपलाइनले युकेरियोटिक mRNA विश्लेषण पाइपलाइनमा उल्लेख गरिएका विश्लेषणहरूको अतिरिक्त lncRNA विश्लेषण प्रदान गर्दछ।
१६S/१८S/ITS एम्प्लिकन अनुक्रमण
एम्पलिकन सिक्वेन्सिङ माइक्रोबियल विविधता विश्लेषण पाइपलाइन माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषणमा वर्षौंको अनुभवको आधारमा विकसित गरिएको थियो। पाइपलाइनमा मानकीकृत आधारभूत विश्लेषण समावेश छ, जसले हालको माइक्रोबियल अनुसन्धान र व्यक्तिगत विश्लेषणको मुख्यधारा विश्लेषण सामग्रीलाई समेट्छ। विश्लेषण रिपोर्ट समृद्ध र व्यापक छ, विविध व्यक्तिगत विश्लेषण गर्ने विकल्पको साथ। थप रूपमा, थप अनुकूलन र नियन्त्रणको लागि नमूनाहरू र समूहहरूलाई उडानमा परिमार्जन गर्न सकिन्छ।
शटगन मेटाजेनोमिक्स विश्लेषण
शटगन मेटाजेनोमिक विश्लेषण पाइपलाइनले वातावरणीय नमूनाहरूबाट निकालिएको मिश्रित जीनोमिक सामग्रीहरूबाट NGS डेटा प्रयोग गर्दछ। समावेश गरिएका विश्लेषणहरूले प्रजाति विविधता र प्रशस्तता, जनसंख्या संरचना, फाइलोजेनेटिक सम्बन्ध, कार्यात्मक जीनहरू, र वातावरणीय कारकहरूसँगको सहसम्बन्ध नेटवर्कहरूको बारेमा विस्तृत जानकारी प्रदान गर्दछ।
NGS-WGS भेरियन्ट विश्लेषण
NGS-WGS भेरियन्ट विश्लेषण एक एकीकृत भेरियन्ट पत्ता लगाउने पाइपलाइन हो जसले डेटा गुणस्तर नियन्त्रण, अनुक्रम पङ्क्तिबद्धता, एनोटेसन, र जीन उत्परिवर्तन विश्लेषण गर्दछ। पाइपलाइनले SNP र InDel पत्ता लगाउनको लागि GATK को उत्कृष्ट अभ्यासहरू पछ्याउँछ र संरचनात्मक भेरियन्ट कलिङको लागि Manta प्रयोग गर्दछ।
जीनोम वाइड एसोसिएशन अध्ययन (GWAS)
GWAS पाइपलाइन एक डाउनस्ट्रीम विश्लेषण हो जसले पहिले उत्पन्न गरिएको VCF फाइलहरू र व्यक्तिहरूको समूहको लागि सम्बन्धित फेनोटाइप डेटा इनपुटको रूपमा लिन्छ। विशिष्ट सांख्यिकीय विधिहरू प्रयोग गरेर, GWAS ले फेनोटाइपिक भिन्नताहरूसँग सम्बन्धित जीनोम-व्यापी न्यूक्लियोटाइड भिन्नताहरू उजागर गर्ने लक्ष्य राख्छ। यसले जटिल मानव रोगहरू र बोटबिरुवाहरू र जनावरहरूमा जटिल विशेषताहरूसँग सम्बन्धित कार्यात्मक जीनहरू अन्वेषण गर्न महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छ।
थोक पृथकीकरण विश्लेषण (BSA)
BSA विश्लेषणमा पृथक जनसंख्याबाट चरम फेनोटाइपिक विशेषताहरू भएका व्यक्तिहरूलाई एकीकृत गर्ने समावेश छ। पूल गरिएका नमूनाहरू बीचको भिन्न स्थानको तुलना गरेर, यो दृष्टिकोणले लक्षित जीनहरूसँग सम्बन्धित नजिकबाट जोडिएका आणविक मार्करहरूलाई द्रुत रूपमा पहिचान गर्दछ। बोटबिरुवा र जनावरहरूको आनुवंशिक नक्सामा व्यापक रूपमा प्रयोग हुने, यो मार्कर-सहायता प्राप्त प्रजननको लागि एक बहुमूल्य उपकरण हो।
विकासवादी आनुवंशिकी विश्लेषण
इभोलुसनरी जेनेटिक्स विश्लेषण कार्यप्रवाहले आनुवंशिक विकास परियोजनाहरूमा BMKGENE को व्यापक अनुभवलाई उपयोग गर्दछ र यसमा फाइलोजेनेटिक रूख निर्माण, लिंकेज डिसइक्लिब्रियम विश्लेषण, आनुवंशिक विविधता मूल्याङ्कन, चयनात्मक स्वीप पहिचान, नाता विश्लेषण, प्रमुख घटक विश्लेषण, र जनसंख्या संरचना विशेषता समावेश छ।
