Metagenomic अनुक्रमण - NGS
सेवा लाभहरू
● माइक्रोबियल समुदाय प्रोफाइलिङको लागि अलगाव र खेती-मुक्त
● वातावरणीय नमूनाहरूमा कम-प्रचुरता प्रजातिहरू पत्ता लगाउन उच्च रिजोलुसन
● "मेटा-" को विचारले कार्यात्मक स्तर, प्रजाति स्तर र जीन स्तरमा सबै जैविक विशेषताहरूलाई एकीकृत गर्दछ, जसले वास्तविकताको नजिक रहेको गतिशील दृश्यलाई प्रतिबिम्बित गर्दछ।
● BMK ले 10,000 भन्दा बढी नमूनाहरू प्रशोधन गरी विभिन्न नमूना प्रकारहरूमा ठूलो अनुभव सञ्चित गर्दछ।
सेवा विशिष्टताहरू
| प्लेटफर्म | अनुक्रम | सिफारिस गरिएको डाटा | टर्न अराउंड समय |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 काम दिन |
बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषण
● कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण
● मेटाजेनोम असेंबली
● गैर-रिडन्डन्ट जीन सेट र एनोटेसन
● प्रजाति विविधता विश्लेषण
● आनुवंशिक प्रकार्य विविधता विश्लेषण
● अन्तर-समूह विश्लेषण
● प्रयोगात्मक कारकहरू विरुद्ध संघ विश्लेषण
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
नमूना आवश्यकताहरू:
को लागीडीएनए निकासी:
| नमूना प्रकार | रकम | एकाग्रता | शुद्धता |
| डीएनए निकासी | > 30 एनजी | 1 ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
वातावरणीय नमूनाहरूको लागि:
| नमूना प्रकार | सिफारिस गरिएको नमूना प्रक्रिया |
| माटो | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;बाँकी सुकेको पदार्थ सतहबाट हटाउन आवश्यक छ;ठूला टुक्राहरू पीस्नुहोस् र 2 मिमी फिल्टर मार्फत जानुहोस्;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा साइरोट्यूबमा अलिकोट नमूनाहरू। |
| मल | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट नमूनाहरू सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| आन्द्रा सामग्री | नमूनाहरू एसेप्टिक अवस्था अन्तर्गत प्रशोधन गर्न आवश्यक छ।PBS संग एकत्रित ऊतक धुनुहोस्;PBS लाई सेन्ट्रीफ्यूज गर्नुहोस् र EP-ट्यूबहरूमा प्रिसिपिटेन्ट सङ्कलन गर्नुहोस्। |
| फोहोर | नमूना रकम: लगभग।५ ग्राम;रिजर्भेसनको लागि बाँझ EP-ट्यूब वा क्रायोट्यूबमा एलीकोट स्लज नमूना सङ्कलन गर्नुहोस् |
| वाटरबडी | ट्यापको पानी, इनारको पानी इत्यादि जस्ता सीमित मात्रामा माइक्रोबियलको नमूनाको लागि, कम्तिमा 1 एल पानी सङ्कलन गर्नुहोस् र झिल्लीमा माइक्रोबियललाई समृद्ध बनाउन 0.22 μm फिल्टरबाट पार गर्नुहोस्।झिल्लीलाई बाँझ नलीमा भण्डार गर्नुहोस्। |
| छाला | बाँझरहित कपास स्वाब वा सर्जिकल ब्लेडले छालाको सतहलाई सावधानीपूर्वक स्क्र्याप गर्नुहोस् र यसलाई बाँझ नलीमा राख्नुहोस्। |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
नमूनाहरूलाई तरल नाइट्रोजनमा 3-4 घण्टाको लागि फ्रिज गर्नुहोस् र तरल नाइट्रोजन वा -80 डिग्री लामो अवधिको आरक्षणमा भण्डार गर्नुहोस्।ड्राई-बरफको साथ नमूना ढुवानी आवश्यक छ।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
1. हिस्टोग्राम: प्रजाति वितरण
2. कार्यात्मक जीनहरू केईजीजी मेटाबोलिक मार्गहरूमा एनोटेट
3. गर्मी नक्सा: सापेक्ष जीन प्रचुरतामा आधारित भिन्न कार्यहरू
4. CARD एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी जीनको सर्कोस
BMK केस
माटो-म्यानग्रोभ जरा निरन्तरतामा एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी जीन र ब्याक्टेरिया रोगजनकहरूको प्रसार
प्रकाशित:खतरनाक सामग्रीको जर्नल, २०२१
अनुक्रम रणनीति:
सामग्री: म्यानग्रोभ जरा सम्बन्धित नमूनाहरूका चार टुक्राहरूको डीएनए निकासी: रोपण नगरिएको माटो, राइजोस्फियर, इपिस्फियर र एन्डोस्फियर कम्पार्टमेन्टहरू
प्लेटफर्म: Illumina HiSeq 2500
लक्ष्य: मेटाजेनोम
16S rRNA जीन V3-V4 क्षेत्र
प्रमुख परिणामहरू
माटोबाट बिरुवामा एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी जीन (ARGs) को प्रसारको अध्ययन गर्न म्यान्ग्रोभ बिरुवाको माटो-मूल निरन्तरतामा मेटाजेनोमिक अनुक्रम र मेटाबारकोडिङ प्रोफाइलिङ प्रशोधन गरिएको थियो।मेटाजेनोमिक डेटाले पत्ता लगायो कि 91.4% एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी जीनहरू सामान्यतया माथि उल्लेख गरिएका चारवटा माटो भागहरूमा पहिचान गरिएको थियो, जसले निरन्तर फेसन देखाएको छ।16S rRNA एम्प्लिकन अनुक्रमले 346 प्रजातिहरूको प्रतिनिधित्व गर्दै 29,285 अनुक्रमहरू उत्पन्न गर्यो।एम्प्लिकन अनुक्रमण द्वारा प्रजाति प्रोफाइलिंग संग संयोजन, यो प्रसार रूट-सम्बद्ध माइक्रोबायोटा बाट स्वतन्त्र भएको पाइयो, यद्यपि, यो आनुवंशिक तत्वहरूको मोबाइल द्वारा सुविधा दिन सकिन्छ।यस अध्ययनले एआरजीहरू र रोगजनकहरूको प्रवाहलाई माटोबाट बिरुवाहरूमा अन्तरसम्बन्धित माटो-जड निरन्तरता मार्फत पहिचान गर्यो।
सन्दर्भ
वाङ, सी., हु, आर, स्ट्रङ्ग, पीजे, झुआंग, डब्ल्यू, र शू, एल।(२०२०)।माटोमा एन्टिबायोटिक प्रतिरोधी जीन र ब्याक्टेरियल रोगजनकहरूको प्रचलन – म्यानग्रोभ जरा निरन्तरता।खतरनाक सामग्रीको जर्नल, ४०८, १२४९८५।
