Metagenomic अनुक्रमण - NGS
मेटाजेनोम भनेको वातावरणीय र मानव मेटाजेनोम जस्ता जीवहरूको मिश्रित समुदायको कुल आनुवंशिक सामग्रीको संग्रह हो। यसमा खेतीयोग्य र खेती गर्न नसकिने सूक्ष्मजीवहरू दुवैको जीनोमहरू छन्। NGS सँग शटगन मेटाजेनोमिक अनुक्रमले वर्गीकरण प्रोफाइलिङ भन्दा बढि प्रदान गरेर वातावरणीय नमूनाहरूमा सम्मिलित यी जटिल जीनोमिक परिदृश्यहरूको अध्ययनलाई सक्षम बनाउँछ, प्रजाति विविधता, प्रशस्तता गतिशीलता, र जटिल जनसंख्या संरचनाहरूमा पनि दानेदार अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्दछ। वर्गीकरण अध्ययनहरू बाहेक, शटगन मेटाजेनोमिक्सले एक कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य पनि प्रदान गर्दछ, एन्कोडेड जीनहरूको अन्वेषण र पारिस्थितिक प्रक्रियाहरूमा तिनीहरूको महत्वपूर्ण भूमिकाहरू सक्षम पार्दै। अन्तमा, आनुवंशिक तत्वहरू र वातावरणीय कारकहरू बीचको सम्बन्ध सञ्जालको स्थापनाले माइक्रोबियल समुदायहरू र तिनीहरूको पारिस्थितिक पृष्ठभूमि बीचको जटिल अन्तरक्रियाको समग्र समझमा योगदान पुर्याउँछ। अन्तमा, मेटाजेनोमिक अनुक्रमणले यी जटिल पारिस्थितिकी तंत्रहरू भित्र आनुवंशिकी र पारिस्थितिकी बीचको बहुआयामिक सम्बन्धलाई उज्यालो पार्दै, विविध माइक्रोबियल समुदायहरूको जीनोमिक जटिलताहरू उजागर गर्नको लागि एक प्रमुख साधनको रूपमा खडा हुन्छ।
प्लेटफार्महरू: Illumina NovaSeq र DNBSEQ-T7
सेवा लाभहरू
●माइक्रोबियल सामुदायिक प्रोफाइलिङको लागि अलगाव र खेती-मुक्त विधि: खेती गर्न नसकिने जीवहरूबाट आनुवंशिक सामग्रीको अनुक्रमलाई सक्षम पार्दै।
●उच्च संकल्प: वातावरणीय नमूनाहरूमा कम-प्रचुरता प्रजातिहरू पत्ता लगाउनुहोस्।
●व्यापक जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण:वर्गीकरण विविधतामा मात्र होइन समुदायको कार्यात्मक विविधतामा पनि केन्द्रित छ।
●व्यापक अनुभव:विभिन्न अनुसन्धान डोमेनहरूमा धेरै मेटाजेनोमिक्स परियोजनाहरू सफलतापूर्वक बन्द गर्ने र 200,000 नमूनाहरू प्रशोधन गर्ने ट्र्याक रेकर्डको साथ, हाम्रो टोलीले प्रत्येक परियोजनामा धेरै अनुभवहरू ल्याउँछ।
सेवा विशिष्टताहरू
| अनुक्रम प्लेटफर्म | अनुक्रम रणनीति | Data सिफारिस गर्नुभयो | गुणस्तर नियन्त्रण |
| Illumina NovaSeq वा DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
सेवा आवश्यकताहरू
| एकाग्रता (ng/µL) | कुल रकम (एनजी) | भोल्युम (µL) |
| ≥१ | ≥३० | ≥२० |
● माटो/चिलो: २-३ ग्राम
● आन्द्राको सामग्री-जनावर: ०.५-२ ग्राम
● आन्द्राको सामग्री-कीरा: ०.१-०.२५ ग्राम
● बिरुवाको सतह (समृद्ध तलछट): ०.५-१ ग्राम
● किण्वन ब्रोथ समृद्ध तलछट): ०.२-०.५ ग्राम
● मल (ठूला जनावरहरू): ०.५-२ ग्राम
● मल (मुसा): ३-५ दाना
● पल्मोनरी एल्भियोलर लभेज फ्लुइड: फिल्टर पेपर
● योनि स्वाब: 5-6 स्वाब
● छाला/जननांग स्वाब/लाल/मौखिक नरम तन्तु/फ्यारेन्जियल स्वाब/रेक्टल स्वाब: २-३ स्वाब
● सतह सूक्ष्मजीव: 5-6 स्वाब
● वाटरबडी/एयर/बायोफिल्म: फिल्टर पेपर
● इन्डोफाइट: 2-3 ग्राम
● डेन्टल प्लाक: ०.५-१ ग्राम
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
निम्न विश्लेषण समावेश:
● डेटा गुणस्तर नियन्त्रण अनुक्रमण
● मेटाजेनोम संयोजन र जीन भविष्यवाणी
● जीन एनोटेसन
● वर्गीकरण अल्फा विविधता विश्लेषण
● समुदायको कार्यात्मक विश्लेषण: जैविक कार्य, मेटाबोलिक, एन्टिबायोटिक प्रतिरोध
● दुवै कार्यात्मक र वर्गीकरण विविधतामा विश्लेषण:
बीटा विविधता विश्लेषण
अन्तर-समूह विश्लेषण
सहसंबंध विश्लेषण: वातावरणीय कारकहरू र आउट संरचना र विविधता बीच
कार्यात्मक विश्लेषण: कार्ड एन्टिबायोटिक प्रतिरोध
केईजीजी मेटाबोलिक मार्गहरूको विभेदक विश्लेषण: महत्त्वपूर्ण मार्गहरूको तापम्याप
वर्गीकरण वितरणको अल्फा विविधता: ACE सूचकांक
वर्गीकरण वितरणको बीटा विविधता: PCoA
प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत Illumina सँग BMKGene को मेटाजेनोम सिक्वेन्सिङ सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरू अन्वेषण गर्नुहोस्।
Hai, Q. et al। (2023) 'विभिन्न संस्कृतिको पानीको तापमानमा संक्रामक हेमाटोपोएटिक नेक्रोसिस भाइरसबाट संक्रमित इन्द्रेणी ट्राउट (ओन्कोरहिन्चस माइकिस) को आन्द्राको सामग्रीमा हुने परिवर्तनहरूको मेटाजेनोमिक र मेटाबोलोमिक विश्लेषण',माइक्रोबायोलोजी मा फ्रंटियर्स, 14, p। 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649।
माओ, सी. आदि। (2023) 'माइक्रोबियल समुदायहरू, प्रतिरोधी जीनहरू, र विभिन्न ट्रफिक राज्यहरूको शहरी तालहरूमा प्रतिरोधात्मक जोखिमहरू: आन्तरिक लिङ्कहरू र बाह्य प्रभावहरू',खतरनाक सामग्री अग्रिमहरूको जर्नल, 9, पृ। 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233।
सु, M. et al। (2022) 'मेटाजेनोमिक विश्लेषणले भेडा रुमेनको तरल-सम्बद्ध र ठोस-सम्बद्ध सूक्ष्मजीवहरू बीचको संरचना र कार्यमा भिन्नता प्रकट गरेको छ',माइक्रोबायोलोजी मा फ्रंटियर्स, १३, पृ। 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567।
यिन, जे एट अल। (2023) 'मोटे Ningxiang सुँगुरबाट व्युत्पन्न माइक्रोबायोटाले दुबला DLY सुँगुरहरूमा मांसपेशी फ्याटी एसिड निक्षेपलाई बढावा दिन कार्निटिन मेटाबोलिज्मलाई पुन: जोड्छ',नवाचार, ४(५), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486।
Zhao, X. et al। (2023) 'हाइहे एस्टुरी, चीनको माथिल्लो र तल्लो भागहरूमा प्रतिनिधि जैव / गैर-डिग्रेडेबल प्लास्टिक र गैर-प्लास्टिक मलबेको सम्भावित जोखिमहरूमा मेटाजेनोमिक अन्तर्दृष्टि',कुल वातावरण को विज्ञान, 887, p। 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026।
