-
जीनोम-वाइड एसोसिएशन विश्लेषण
जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडी (GWAS) को उद्देश्य आनुवंशिक भिन्नताहरू (जीनोटाइप) पहिचान गर्नु हो जुन विशिष्ट विशेषताहरू (फेनोटाइप) सँग सम्बन्धित छ।GWAS अध्ययनले आनुवंशिक मार्करहरूले ठूलो संख्यामा व्यक्तिहरूको सम्पूर्ण जीनोम क्रस गर्दछ र जनसंख्या स्तरमा सांख्यिकीय विश्लेषणद्वारा जीनोटाइप-फेनोटाइप संघहरूको भविष्यवाणी गर्दछ।यो मानव रोग र जनावर वा बिरुवाहरु को जटिल विशेषताहरु मा कार्यात्मक जीन खनन मा अनुसन्धान मा व्यापक रूपमा लागू गरिएको छ।
-
एकल न्यूक्लियस आरएनए अनुक्रमण
एकल सेल क्याप्चरिङ र व्यक्तिगत पुस्तकालय निर्माण प्रविधिमा अग्रिम उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमको साथ संयोजनले सेल-द्वारा-सेल आधारमा जीन अभिव्यक्ति अध्ययन गर्न अनुमति दिन्छ।यसले जटिल सेल आबादीहरूमा गहिरो र पूर्ण प्रणाली विश्लेषणलाई सक्षम बनाउँछ, जसमा यसले सबै कक्षहरूको औसत लिएर तिनीहरूको विषमताको मास्किङलाई ठूलो मात्रामा बेवास्ता गर्छ।
यद्यपि, केही कोशिकाहरू एकल-कोशिका निलम्बनमा बनाउन उपयुक्त छैनन्, त्यसैले अन्य नमूना तयारी विधिहरू - तन्तुहरूबाट न्यूक्लियस निकासी आवश्यक छ, त्यो हो, न्यूक्लियसलाई तन्तु वा कोशिकाबाट सीधै निकालिन्छ र एकल-न्युक्लियस निलम्बनमा तयार गरिन्छ। सेल अनुक्रम।
BMK ले 10× Genomics ChromiumTM आधारित एकल-सेल RNA अनुक्रमण सेवा प्रदान गर्दछ।यो सेवा रोगसँग सम्बन्धित अध्ययनहरूमा व्यापक रूपमा प्रयोग गरिएको छ, जस्तै प्रतिरक्षा कोशिका भिन्नता, ट्युमर विषमता, ऊतक विकास, आदि।
स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोम चिप: १० × जीनोमिक्स
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
बिरुवा / पशु सम्पूर्ण जीनोम अनुक्रमण
सम्पूर्ण जीनोम पुन: अनुक्रमण, WGS को रूपमा पनि चिनिन्छ, सिंगल न्यूक्लियोटाइड पोलिमोर्फिज्म (SNP), इन्सर्सन डिलिसन (InDel), संरचना भिन्नता (SV), र प्रतिलिपि संख्या भिन्नता (CNV) सहित सम्पूर्ण जीनोममा दुबै सामान्य र दुर्लभ उत्परिवर्तनहरू प्रकट गर्न सक्षम गर्दछ। )।SVs ले SNPs भन्दा भिन्नता आधारको ठूलो भाग बनाउँछ र जीनोममा ठूलो प्रभाव पार्छ, जसले जीवित जीवहरूमा महत्त्वपूर्ण प्रभाव पार्छ।लामो-पढ्ने रिस्वेन्सिङले ठूला टुक्राहरू र जटिल भिन्नताहरूको थप सटीक पहिचानको लागि अनुमति दिन्छ किनभने लामो पढाइले टेन्डम दोहोरिने, GC/AT- धनी क्षेत्रहरू, र हाइपर-चर क्षेत्रहरू जस्ता जटिल क्षेत्रहरूमा क्रोमोसोमल क्रसिङ गर्न धेरै सजिलो बनाउँछ।
प्लेटफर्म: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 स्थानिय ट्रान्सक्रिप्टोम
कोशिकाहरूको स्थानिक संगठनले विभिन्न जैविक प्रक्रियाहरूमा महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छ, जस्तै प्रतिरक्षा घुसपैठ, भ्रूण विकास, इत्यादि। स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण, जसले जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलिङलाई संकेत गर्दछ जबकि स्थानिय स्थितिको जानकारी कायम राख्छ, ट्रान्सक्रिप्टोम-स्तर टिश्यू वास्तुकलामा उत्कृष्ट अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ।टेक्नोलोजीको विकासको साथ, अल्ट्रा-क्लियर टिश्यू मोर्फोलोजी र स्थानिय आणविक अभिव्यक्तिको वास्तविक संरचनात्मक भिन्नतालाई उच्च रिजोल्युसनको साथ अध्ययन गर्न आवश्यक छ।BMKGENE ले नमूनाहरू देखि जैविक अन्तर्दृष्टिहरू सम्म व्यापक, एक-स्टप स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण सेवा प्रदान गर्दछ।
स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स टेक्नोलोजीहरूले विषम नमूनाहरूमा स्थानिय सामग्रीको साथ जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल समाधान गरेर विविध अनुसन्धान क्षेत्रहरूमा उपन्यास परिप्रेक्ष्यहरूलाई सशक्त बनायो।
स्थानिय ट्रान्सक्रिप्टोम चिप: BMKMANU S1000
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
10x जेनोमिक्स भिजियम स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोम
भिजियम स्पेसियल जीन एक्सप्रेशन कुल mRNA मा आधारित टिश्यु वर्गीकरण गर्नको लागि मुख्यधारा स्थानिक ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण प्रविधि हो।सामान्य विकास, रोग रोगविज्ञान, र क्लिनिकल अनुवादात्मक अनुसन्धानमा उपन्यास अन्तर्दृष्टिहरू पत्ता लगाउन मोर्फोलॉजिकल सन्दर्भको साथ सम्पूर्ण ट्रान्सक्रिप्टोम नक्सा गर्नुहोस्।BMKGENE ले नमूनाहरू देखि जैविक अन्तर्दृष्टिहरू सम्म व्यापक, एक-स्टप स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रमण सेवा प्रदान गर्दछ।
स्पेसियल ट्रान्सक्रिप्टोमिक्स टेक्नोलोजीहरूले विषम नमूनाहरूमा स्थानिय सामग्रीको साथ जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल समाधान गरेर विविध अनुसन्धान क्षेत्रहरूमा उपन्यास परिप्रेक्ष्यहरूलाई सशक्त बनायो।.
स्थानिक ट्रान्सक्रिप्टोम चिप: 10x जेनोमिक्स भिजियम
प्लेटफर्म:Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण-नानोपोर
आरएनए अनुक्रमण व्यापक ट्रान्सक्रिप्टोम विश्लेषणको लागि एक अमूल्य उपकरण भएको छ।निस्सन्देह, परम्परागत छोटो-पढ्ने अनुक्रमले यहाँ धेरै महत्त्वपूर्ण विकास हासिल गर्यो।जे होस्, यसले प्रायः पूर्ण-लम्बाइ आइसोफर्म पहिचान, मात्रा, PCR पूर्वाग्रहमा सीमितताहरूको सामना गर्छ।
नानोपोर सिक्वेन्सिङले आफूलाई अन्य सिक्वेन्सिङ प्लेटफर्महरूबाट अलग गर्छ, जसमा न्यूक्लियोटाइडहरू सीधा DNA संश्लेषण बिना पढिन्छन् र दसौं किलोबेसहरूमा लामो पढाइ उत्पन्न हुन्छ।यसले पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टहरू क्रस गर्ने र आइसोफर्म-स्तर अध्ययनहरूमा चुनौतीहरूको सामना गर्न प्रत्यक्ष पठन-आउटलाई सशक्त बनाउँछ।
प्लेटफर्म:Nanopore PromethION
पुस्तकालय:cDNA-PCR
-
पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमण - PacBio
नयाँपूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टोम अनुक्रम, जसलाई पनि भनिन्छनयाँIso-Seq ले पढ्ने लम्बाइमा PacBio sequencer को फाइदाहरू लिन्छ, जसले पूर्ण-लम्बाइको cDNA अणुहरूको अनुक्रमलाई कुनै पनि ब्रेक बिना सक्षम बनाउँछ।यसले ट्रान्सक्रिप्ट असेंबली चरणहरूमा उत्पन्न हुने कुनै पनि त्रुटिहरूलाई पूर्ण रूपमा बेवास्ता गर्छ र आइसोफर्म-स्तर रिजोल्युसनको साथ युनिजीन सेटहरू निर्माण गर्दछ।यो युनिजीन सेटले ट्रान्सक्रिप्टोम-स्तरमा "सन्दर्भ जीनोम" को रूपमा शक्तिशाली आनुवंशिक जानकारी प्रदान गर्दछ।थप रूपमा, अर्को पुस्ताको अनुक्रमण डेटासँग संयोजन गर्दै, यो सेवाले isoform-स्तर अभिव्यक्तिको सही परिमाणीकरण गर्न सशक्त बनाउँछ।
प्लेटफर्म: PacBio सिक्वेल IIपुस्तकालय: SMRT घण्टी पुस्तकालय -
Eukaryotic mRNA अनुक्रमण-Illumina
mRNA अनुक्रमणले विशेष परिस्थितिहरूमा कक्षहरूबाट ट्रान्सक्रिप्ट गरिएका सबै mRNA हरूको प्रोफाइलिङ सक्षम गर्दछ।यो जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइल, जीन संरचना र केहि जैविक प्रक्रियाहरु को आणविक संयन्त्र प्रकट गर्न को लागी एक शक्तिशाली प्रविधि हो।आजसम्म, mRNA अनुक्रमणिका आधारभूत अनुसन्धान, क्लिनिकल निदान, औषधि विकास, आदिमा व्यापक रूपमा प्रयोग गरिएको छ।
प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म
-
गैर-सन्दर्भ आधारित mRNA अनुक्रमण-Illumina
mRNA अनुक्रमणले केही विशेष प्रकार्यहरू सक्रिय भइरहेको निश्चित अवधिमा मेसेन्जर आरएनए (mRNA) फारम युकेरियोटलाई क्याप्चर गर्न अर्को पुस्ताको अनुक्रमण प्रविधि (NGS) लाई अपनाउँछ।सबैभन्दा लामो ट्रान्सक्रिप्टलाई 'Unigene' भनिन्थ्यो र त्यसपछिको विश्लेषणको लागि सन्दर्भ अनुक्रमको रूपमा प्रयोग गरियो, जुन सन्दर्भ बिना प्रजातिहरूको आणविक संयन्त्र र नियामक नेटवर्क अध्ययन गर्न प्रभावकारी माध्यम हो।
ट्रान्सक्रिप्टोम डाटा असेंबली र युनिजीन फंक्शनल एनोटेसन पछि
(1) SSR विश्लेषण, CDS भविष्यवाणी र जीन संरचना पूर्वनिर्धारित हुनेछ।
(२) प्रत्येक नमूनामा युनिजीन अभिव्यक्तिको परिमाणीकरण गरिनेछ।
(३) नमूनाहरू (वा समूहहरू) बीचको भिन्नता व्यक्त गरिएको युनिजिनहरू युनिजीन अभिव्यक्तिको आधारमा पत्ता लगाइनेछ।
(४) भिन्न अभिव्यक्त युनिजिनहरूको क्लस्टरिङ, कार्यात्मक एनोटेशन र संवर्धन विश्लेषण प्रदर्शन गरिनेछ।
-
लामो गैर-कोडिङ अनुक्रम-Illumina
लामो गैर-कोडिङ RNAs (lncRNAs) एक प्रकारको RNA अणुहरू हुन् जसको लम्बाइ 200 nt भन्दा बढी हुन्छ, जुन अत्यन्त कम कोडिङ क्षमताद्वारा विशेषता हुन्छ।LncRNA, गैर-कोडिङ RNA मा एक प्रमुख सदस्यको रूपमा, मुख्यतया न्यूक्लियस र प्लाज्मामा पाइन्छ।सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजी र बायोइन्फर्मटिक्सको विकासले धेरै उपन्यास lncRNA को पहिचान र जैविक कार्यहरूसँग सम्बद्ध गर्न सक्षम बनाउँछ।संचयी प्रमाणहरूले सुझाव दिन्छ कि lncRNA एपिजेनेटिक नियमन, ट्रान्सक्रिप्शन नियमन र पोस्ट-ट्रान्सक्रिप्शन नियमनमा व्यापक रूपमा संलग्न छ।
-
सानो आरएनए अनुक्रमण - Illumina
सानो RNA ले गैर-कोडिङ RNA अणुहरूको वर्गलाई जनाउँछ जुन सामान्यतया 200nt भन्दा कम लम्बाइ हुन्छ, माइक्रो RNA (miRNA), सानो हस्तक्षेप RNA (siRNA), र piwi-interacting RNA (piRNA) सहित।
MicroRNA (miRNA) लगभग 20-24nt को लम्बाइ भएको अन्तर्जात सानो RNA को एक वर्ग हो, जसले कोशिकाहरूमा विभिन्न महत्त्वपूर्ण नियामक भूमिकाहरू खेल्छ।miRNA धेरै जीवन प्रक्रियाहरूमा संलग्न हुन्छ जसले ऊतक - विशिष्ट र चरण - विशिष्ट अभिव्यक्ति र विभिन्न प्रजातिहरूमा अत्यधिक संरक्षित गर्दछ।
-
circRNA अनुक्रमण-Illumina
CircRNAs (वृत्ताकार RNAs) गैर-कोडिङ RNA अणुहरूको एक वर्ग हो जुन 5′ end cap र 3′ end poly(A) पुच्छरको छोटो छ।CircRNAs सहसंयोजक बन्डद्वारा गोलाकार संरचना प्रदर्शन गर्दछ जुन RNA exonuclease पाचन विरुद्ध स्थिति हो।circRNA ले जीवहरूको वृद्धि र विकास र बाह्य वातावरणमा तिनीहरूको प्रतिरोधमा महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छ।
CircRNA का धेरै प्रकार्यहरू छन्, जसले miRNA लाई प्रतिस्पर्धात्मक रूपमा बाँध्न सक्छ, ceRNA को नियामक कार्यलाई प्रयोग गर्न सक्छ, जीन अभिव्यक्तिलाई विनियमित गर्न।हालैका वर्षहरूमा, यो पनि पत्ता लागेको छ कि यो रोगहरूको घटना र विकाससँग नजिकबाट सम्बन्धित छ, र रोग निदान मार्करहरू र यस्तै अन्य दिशामा ठूलो अनुप्रयोग सम्भावनाहरू छन्।
