BMKCloud लग इन गर्नुहोस्
१

सन्दर्भ जीनोम सहितको mRNA-seq (NGS)

百迈客云网站-११

सन्दर्भ जीनोम सहितको mRNA-seq (NGS)

आरएनए-सेक जीवन र बाली विज्ञानमा एक मानक उपकरण हो, जसले जीनोम र प्रोटीओमहरू बीचको खाडललाई कम गर्छ। यसको शक्ति नयाँ ट्रान्सक्रिप्टहरू पत्ता लगाउन र एउटै परखमा तिनीहरूको अभिव्यक्तिको मात्रा निर्धारण गर्नमा निहित छ। यो तुलनात्मक ट्रान्सक्रिप्टोमिक अध्ययनहरूको लागि व्यापक रूपमा प्रयोग गरिन्छ, विभिन्न विशेषताहरू वा फेनोटाइपहरूसँग सम्बन्धित जीनहरूमा प्रकाश पार्छ, जस्तै उत्परिवर्तीहरूलाई जंगली-प्रकारहरूसँग तुलना गर्ने वा विशिष्ट परिस्थितिहरूमा जीन अभिव्यक्ति प्रकट गर्ने। BMKCloud mRNA(सन्दर्भ) APP ले अभिव्यक्ति परिमाणीकरण, भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण (DEG), र अनुक्रम संरचना विश्लेषणहरूलाई mRNA-seq(NGS) बायोइन्फर्मेटिक्स पाइपलाइनमा एकीकृत गर्दछ र समान सफ्टवेयरको शक्तिहरूलाई एकीकृत गर्दछ, सुविधा र प्रयोगकर्ता-मित्रता सुनिश्चित गर्दछ। प्रयोगकर्ताहरूले आफ्नो RNA-seq डेटा क्लाउडमा अपलोड गर्न सक्छन्, जहाँ एपले एक व्यापक, एक-स्टप बायोइन्फर्मेटिक विश्लेषण समाधान प्रदान गर्दछ। थप रूपमा, यसले ग्राहक अनुभवलाई प्राथमिकता दिन्छ, प्रयोगकर्ताहरूको विशिष्ट आवश्यकताहरू अनुरूप व्यक्तिगत कार्यहरू प्रदान गर्दछ। प्रयोगकर्ताहरूले प्यारामिटरहरू सेट गर्न र पाइपलाइन मिसन आफैं पेश गर्न, अन्तरक्रियात्मक रिपोर्ट जाँच गर्न, डेटा/चित्रहरू हेर्न र डेटा माइनिङ पूरा गर्न सक्छन्, जस्तै: लक्ष्य जीन चयन, कार्यात्मक क्लस्टरिङ, रेखाचित्र, आदि।

डेमो परिणामहरू
डेटा माइनिङ
आयात आवश्यकता
मुख्य विश्लेषण
सन्दर्भ
डेमो परिणामहरू

डेटा माइनिङ

आयात आवश्यकता

प्लेटफर्म:इलुमिना, एमजीआई
रणनीति:आरएनए-सेक
लेआउट: पारित, सफा-डेटा।
पुस्तकालयको प्रकार:fr-unstranded, fr-firststrand वा fr-secondstrand
पढाइको लम्बाइ:१५० बिपि
फाइल प्रकार:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz वा *.fq.gz। प्रणालीले.fastq फाइलहरूलाई तिनीहरूको फाइल नाम अनुसार स्वचालित रूपमा जोडा बनाउनुहोस्,जस्तै *_1.fastq लाई *._2.fastq सँग जोडिएको।
नमूनाहरूको संख्या:संख्यामा कुनै प्रतिबन्ध छैननमूनाहरूको संख्या, तर विश्लेषण समय संख्याको रूपमा बढ्नेछनमूनाहरू बढ्दै जान्छन्।
सिफारिस गरिएको डेटा रकम:प्रति नमूना ६G

मुख्य विश्लेषण
mRNA-seq को मुख्य विश्लेषण र जैविक सूचना उपकरणहरू (सन्दर्भ)पाइपलाइन यस प्रकार छ:
१. कच्चा डेटा गुणस्तर नियन्त्रण:
• कम-गुणस्तरका अनुक्रमहरू, एडेप्टर अनुक्रमहरू हटाउने,आदि;
•उपकरणहरू: घरमै विकसित पाइपलाइन;
२. सन्दर्भ जीनोममा डेटाको पङ्क्तिबद्धता:
•विरुद्व स्प्लिस-अवेयर एल्गोरिथ्मको साथ पठनहरू पङ्क्तिबद्ध गर्दैसन्दर्भ जीनोम।
उपकरणहरू:HISAT2, सामटूलहरू
३. पुस्तकालय गुणस्तर विश्लेषण:
•लम्बाइ विश्लेषण, अनुक्रम संतृप्ति विश्लेषण, आदि सम्मिलित गर्नुहोस्;
उपकरणहरू:सामटूलहरू;
४. अनुक्रम संरचना विश्लेषण:
•वैकल्पिक स्प्लिसिङ विश्लेषण, जीन संरचना अनुकूलन,नयाँ जीन भविष्यवाणी, आदि;
उपकरणहरू:स्ट्रिङटाई, gff तुलना गर्नुहोस्, GATK का थप वस्तुहरू,हीरा, इन्टरप्रोस्क्यान, रएचएमएमईआर.
५. भिन्न अभिव्यक्ति विश्लेषण:
•DEG स्क्रिनिङ, सह-सम्बन्ध विश्लेषण, कार्यात्मकसमृद्धि;
विभिन्न दृश्य परिणामहरू;
RसंगSEGseqLanguage, DESeq2, ggplot2 ले तपाईंलाई, DEXSeq ले तपाईंलाई
सन्दर्भ
१. किम, देहवान एट अल। “ग्राफ-आधारित जीनोम पङ्क्तिबद्धता रHISAT2 र HISAT-जीनोटाइपको साथ जीनोटाइपिङ।"प्रकृतिजैव प्रविधि३७ (२०१९): ९०७ - ९१५।
२. म्याकेना, आरोन एट अल। “जीनोम विश्लेषण उपकरणकिट: एअर्को पुस्ताको DNA विश्लेषणको लागि MapReduce फ्रेमवर्कडेटा अनुक्रमण गर्दै।"जीनोम अनुसन्धान२० ९ (२०१०): १२९७-३०३।
३. ली, हेङ एट अल। “अनुक्रम पङ्क्तिबद्धता/नक्सा ढाँचा रSAMtools।"बायोइन्फर्मेटिक्स२५ (२००९): २०७८ - २०७९।
4. Perțea, Mihaela et al। "StringTie सुधारिएको सक्षम बनाउँछRNA-seq रीडबाट ट्रान्सक्रिप्टोमको पुनर्निर्माण।"प्रकृतिजैव प्रविधि३३ (२०१५): २९०-२९५।
५. लभ, माइकल आइ. एट अल. “फोल्ड परिवर्तनको मध्यम अनुमान रDESeq2 सँग RNA-seq डेटाको लागि फैलावट।"जीनोमजीवविज्ञान१५ (२०१४): पृष्ठ १।
६. एडी, शन आर.. "त्वरित प्रोफाइल HMM खोजहरू।"प्लस कम्प्युटेसनल जीवविज्ञान७ (२०११): पृष्ठ।

उद्धरण प्राप्त गर्नुहोस्

आफ्नो सन्देश यहाँ लेख्नुहोस् र हामीलाई पठाउनुहोस्।

हामीलाई आफ्नो सन्देश पठाउनुहोस्: