उत्पादनहरू

हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली

हाई-सी प्रोबिङ प्रोक्सिमिटी-आधारित अन्तरक्रिया र उच्च-थ्रुपुट अनुक्रम संयोजन गरेर क्रोमोजोम कन्फिगरेसन क्याप्चर गर्न डिजाइन गरिएको विधि हो।यी अन्तरक्रियाहरूको तीव्रता क्रोमोजोमहरूमा भौतिक दूरीसँग नकारात्मक रूपमा सहसंबद्ध मानिन्छ।तसर्थ, हाई-सी डाटाले ड्राफ्ट जीनोममा जम्मा गरिएका अनुक्रमहरूको क्लस्टरिङ, अर्डरिङ र ओरिएन्टिङ र क्रोमोजोमहरूको निश्चित संख्यामा एंकरिङ गर्न मार्गदर्शन गर्न सक्छ।यो प्रविधिले जनसंख्या-आधारित आनुवंशिक नक्साको अनुपस्थितिमा क्रोमोजोम-स्तर जीनोम एसेम्बलीलाई सशक्त बनाउँछ।प्रत्येक एकल जीनोमलाई हाई-सी चाहिन्छ।

प्लेटफर्म: Illumina NovaSeq प्लेटफर्म / DNBSEQ

हामीलाई सम्पर्क गर्नुहोस

सेवा विवरण

डेमो परिणामहरू

मामला अध्ययन

सेवा लाभहरू

Hi-C को अवलोकन
(लाइबरम्यान-एडेन ई एट अल।,विज्ञान, 2009)

● कन्टिग एङ्करिङको लागि आनुवंशिक जनसंख्या निर्माण गर्न आवश्यक छैन;
● उच्च मार्कर घनत्व 90% माथि उच्च कन्टिग्स एङ्करिङ अनुपातमा अग्रणी;
● अवस्थित जीनोम एसेम्बलीहरूमा मूल्याङ्कन र सुधारहरू सक्षम पार्छ;
● जीनोम एसेम्बलीमा उच्च शुद्धताका साथ छोटो घुम्ने समय;
● ५०० भन्दा बढी प्रजातिका लागि निर्माण गरिएका १००० भन्दा बढी हाई-सी पुस्तकालयहरूसँग प्रशस्त अनुभव;
● 760 भन्दा बढीको संचयी प्रकाशित प्रभाव कारकका साथ १०० भन्दा बढी सफल केसहरू;
● पोलिप्लोइड जीनोमको लागि हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली, अघिल्लो परियोजनामा 100% एन्करिङ दर हासिल गरिएको थियो;
● Hi-C प्रयोगहरू र डेटा विश्लेषणका लागि इन-हाउस प्याटेन्टहरू र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारहरू;
● स्व-विकसित भिजुअलाइज्ड डाटा ट्युनिङ सफ्टवेयरले म्यानुअल ब्लक सार्न, रिभर्सिङ, रिभोकिङ र रिडु गर्ने सक्षम बनाउँछ।

सेवा विशिष्टताहरू

पुस्तकालय प्रकार

प्लेटफर्म

पढ्नुहोस् लम्बाइ

रणनीति सिफारिस गर्नुहोस्

हाई-सी

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 100X

बायोइन्फर्मेटिक्स विश्लेषण

● कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण

● Hi-C पुस्तकालय गुणस्तर नियन्त्रण

● Hi-C आधारित जीनोम असेंबली

● सभापछिको मूल्याङ्कन

नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी

नमूना आवश्यकताहरू:

जनावर	फंगस	बिरुवाहरू
जमेको टिस्यु: 1-2 ग्राम प्रति पुस्तकालय कक्षहरू: 1x 10^7 कक्षहरू प्रति पुस्तकालय	जमेको टिस्यु: 1 ग्राम प्रति पुस्तकालय	जमेको टिस्यु: 1-2 ग्राम प्रति पुस्तकालय
*हामी हाई-सी प्रयोगको लागि कम्तिमा २ aliquots (प्रत्येक 1 ग्राम) पठाउन सिफारिस गर्छौं।

सिफारिस गरिएको नमूना वितरण

कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
धेरैजसो नमूनाहरूको लागि, हामी इथानोलमा सुरक्षित नगर्न सिफारिस गर्छौं।
नमूना लेबलिङ: नमूनाहरू स्पष्ट रूपमा लेबल गरिएको र नमूना जानकारी फारम पेश गर्न समान हुनुपर्छ।
ढुवानी: ड्राई-बरफ: नमूनाहरू पहिले झोलामा प्याक गर्न आवश्यक छ र ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।

सेवा कार्य प्रवाह

प्रयोग डिजाइन

नमूना वितरण

डीएनए निकासी

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रम

डाटा विश्लेषण

बिक्री पछि सेवाहरू

अघिल्लो: प्लान्ट/एनिमल डे नोवो जीनोम सिक्वेन्सिङ

अर्को: इभोलुसनरी जेनेटिक्स

*यहाँ देखाइएका डेमो परिणामहरू सबै बायोमार्कर टेक्नोलोजीहरूसँग प्रकाशित जीनोमहरूबाट हुन्

1.Hi-C अन्तरक्रिया गर्मी नक्शाक्याम्पटोथेका एक्युमिनाटाजीनोम।नक्सामा देखाइए अनुसार, अन्तरक्रियाको तीव्रता रैखिक दूरीसँग नकारात्मक रूपमा सहसंबद्ध छ, जसले उच्च-सटीक क्रोमोजोम-स्तर असेंबलीलाई संकेत गर्दछ।(एंकरिङ अनुपात: 96.03%)

3हाइ-सी-अन्तर्क्रिया-हीटम्याप-देखाउने-कन्टिग्स-एन्करिङ-इन-जीनोम-एसेम्बली

Kang M et al.,प्रकृति संचार, २०२१

2.Hi-C ले बीचको उल्टोको प्रमाणीकरणलाई सहज बनायोGossypium hirsutumL. TM-1 A06 रG. arboreumChr06

4Hi-C-heatmap-Facilitate-Reveling-of-inversions-between-genomes

याङ जेड एट अल।,प्रकृति संचार, 2019

3. कासावा जीनोम SC205 को विधानसभा र बाईलेलिक भिन्नता।हाई-सी हीटम्यापले होमोलोगस क्रोमोसोमहरूमा स्पष्ट विभाजन देखाएको छ।

5Hi-C-हीटम्याप-देखाउने-होमोलोगस-क्रोमोसोमहरू

Hu W et al.,आणविक बिरुवा, २०२१

4. दुई फिकस प्रजातिको जीनोम असेंबलीमा हाई-सी हीटम्याप:F.microcarpa(एंकरिङ अनुपात: 99.3%) रF.hispida (एंकरिङ अनुपात: 99.7%)
6Hi-C-heatmap-showing-contig-anchoring-of-Ficus-genomes

Zhang X et al.,सेल, २०२०

BMK केस

बरगदको रूख र परागकण चटपटाका जीनोमहरूले फिग-वास्प सहविभाजनमा अन्तरदृष्टि प्रदान गर्दछ

प्रकाशित: सेल, २०२०

अनुक्रम रणनीति:

एफ माइक्रोकार्पा जीनोम: लगभग।84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

एफ हिस्पिडाजीनोम: लगभग।97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

Eupristina verticillataजीनोम: लगभग।170 X PacBio RSII (65 Gb)

प्रमुख परिणामहरू

1. PacBio अनुक्रमणिका, हाई-सी र लिङ्केज नक्सा प्रयोग गरी दुई बरगदको रूखको जीनोम र एक परागकण वासप जीनोम निर्माण गरिएको थियो।
(१)एफ माइक्रोकार्पाजीनोम: 426 Mb (अनुमानित जीनोम आकारको 97.7%) को 908 Kb को Contig N50, BUSCO स्कोर 95.6% को साथ स्थापित भएको थियो।Hi-C द्वारा कुल 423 Mb अनुक्रमहरू 13 क्रोमोजोमहरूमा एन्कर गरिएको थियो।जीनोम एनोटेशनले 29,416 प्रोटीन-कोडिङ जीनहरू प्राप्त गर्यो।
(२)एफ हिस्पिडाजीनोम: 360 Mb (अनुमानित जीनोम आकारको 97.3%) को एक संयोजन 492 Kb को कन्टिग N50 र 97.4% को BUSCO स्कोरको साथ उपज थियो।Hi-C द्वारा 14 क्रोमोजोमहरूमा कुल 359 Mb अनुक्रमहरू एङ्कर गरिएको थियो र उच्च-घनत्व लिङ्केज नक्शासँग धेरै समान।
(३)Eupristina verticillataजीनोम: 387 Mb (अनुमानित जीनोम आकार: 382 Mb) को एक संयोजन 3.1 Mb को Contig N50 र BUSCO स्कोर 97.7% संग स्थापित गरिएको थियो।

2. तुलनात्मक जीनोमिक्स विश्लेषणले दुई बीचको संरचना भिन्नताहरूको ठूलो संख्या प्रकट गर्‍योफिकसजीनोमहरू, जसले अनुकूलन विकास अध्ययनको लागि अमूल्य आनुवंशिक स्रोत प्रदान गर्यो।यस अध्ययनले, पहिलो पटक, जीनोमिक-स्तरमा फिग-वास्प सह-विकासमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्‍यो।

दुई को जीनोमिक विशेषताहरु मा Circos रेखाचित्रफिकसजीनोमहरू, क्रोमोजोमहरू, सेगमेन्टल डुप्लिकेशनहरू (SDs), ट्रान्सपोसनहरू (LTR, TEs, DNA TEs), जीन अभिव्यक्ति र synteny सहित।