हाई-सी आधारित जीनोम असेम्बली
हाई-सी प्रोबिङ प्रोक्सिमिटी-आधारित अन्तरक्रियाहरू र उच्च-थ्रुपुट अनुक्रमणहरू संयोजन गरेर क्रोमोजोम कन्फिगरेसन क्याप्चर गर्न डिजाइन गरिएको विधि हो। यी अन्तरक्रियाहरूको तीव्रता क्रोमोजोमहरूमा भौतिक दूरीसँग नकारात्मक रूपमा सम्बन्धित मानिन्छ। त्यसकारण, हाई-सी डेटा ड्राफ्ट जीनोममा भेला भएका अनुक्रमहरूको क्लस्टरिङ, अर्डरिङ र अभिमुखीकरणलाई मार्गदर्शन गर्न र तिनीहरूलाई निश्चित संख्यामा क्रोमोजोमहरूमा एङ्कर गर्न प्रयोग गरिन्छ। यो प्रविधिले जनसंख्या-आधारित आनुवंशिक नक्साको अनुपस्थितिमा क्रोमोजोम-स्तरको जीनोम एसेम्बलीलाई सशक्त बनाउँछ। प्रत्येक एकल जीनोमलाई हाई-सी चाहिन्छ।
सेवा सुविधाहरू
● PE150 सँग Illumina NovaSeq मा अनुक्रमण।
● सेवाको लागि फर्मल्डिहाइडसँग क्रस-लिङ्क गर्न र डीएनए-प्रोटिन अन्तरक्रियाहरू संरक्षण गर्न निकालिएको न्यूक्लिक एसिडको सट्टा तन्तु नमूनाहरू आवश्यक पर्दछ।
● हाई-सी प्रयोगमा बायोटिनको साथ टाँसिने छेउहरूको प्रतिबन्ध र अन्त्य मर्मत समावेश छ, त्यसपछि अन्तरक्रियाहरू सुरक्षित गर्दै परिणामस्वरूप ब्लन्ट छेउहरूको गोलाकारीकरण गरिन्छ। त्यसपछि डीएनएलाई स्ट्रेप्टाभिडिन मोतीहरूद्वारा तल तानिन्छ र पछिको पुस्तकालय तयारीको लागि शुद्ध गरिन्छ।
सेवाका फाइदाहरू
हाई-सीको सिंहावलोकन
(लाइबरम्यान-एडेन ई एट अल।,विज्ञान(२००९)
●आनुवंशिक जनसंख्या डेटाको आवश्यकतालाई हटाउने:हाई-सी ले कन्टिग एन्करिङको लागि आवश्यक पर्ने आवश्यक जानकारीलाई प्रतिस्थापन गर्दछ।
●उच्च मार्कर घनत्व:९०% भन्दा माथि उच्च कन्टिग एन्करिङ अनुपात निम्त्याउँछ।
●व्यापक विशेषज्ञता र प्रकाशन रेकर्डहरू:BMKGene सँग १००० विभिन्न प्रजातिहरू र विभिन्न पेटेन्टहरूबाट २००० भन्दा बढी हाई-सी जीनोम एसेम्बली केसहरूमा व्यापक अनुभव छ। २०० भन्दा बढी प्रकाशित केसहरूमा २००० भन्दा बढीको संचयी प्रभाव कारक छ।
●उच्च कुशल बायोइन्फर्मेटिक्स टोली:हाई-सी प्रयोगहरू र डेटा विश्लेषणको लागि इन-हाउस पेटेन्ट र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारको साथ, स्व-विकसित भिजुअलाइजेशन डेटा सफ्टवेयरले म्यानुअल ब्लक सार्न, उल्टाउन, रद्द गर्न, र पुन: गर्न सक्षम बनाउँछ।
●बिक्री पछिको समर्थन:हाम्रो प्रतिबद्धता परियोजना पूरा हुनुभन्दा बाहिर ३ महिनाको बिक्री पछिको सेवा अवधिको साथ विस्तार हुन्छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरूलाई सम्बोधन गर्न परियोजना अनुगमन, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रदान गर्दछौं।
●विस्तृत एनोटेसन: हामी धेरै डाटाबेसहरू प्रयोग गर्छौं पहिचान गरिएका भिन्नताहरू भएका जीनहरूलाई कार्यात्मक रूपमा एनोटेट गर्न र सम्बन्धित संवर्धन विश्लेषण गर्न, धेरै अनुसन्धान परियोजनाहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्न।
सेवा निर्दिष्टीकरणहरू
| पुस्तकालय तयारी | अनुक्रम रणनीति | सिफारिस गरिएको डेटा आउटपुट | गुणस्तर नियन्त्रण |
| हाई-सी पुस्तकालय | इलुमिना नोभासेक PE१५० | १००x | Q30 ≥ ८५% |
नमूना आवश्यकताहरू
| टिस्यु | आवश्यक रकम |
| जनावरको भिसेरा | ≥ २ ग्राम |
| जनावरको मांसपेशी | |
| स्तनधारी रगत | ≥ २ एमएल |
| कुखुरा/माछाको रगत | |
| बिरुवा- ताजा पात | ≥ ३ ग्राम |
| संवर्धित कोषहरू | ≥ १x१०7 |
| किरा | ≥ २ ग्राम |
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमुना डेलिभरी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
तथ्याङ्क विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
१) कच्चा डाटा QC
२) हाई-सी लाइब्रेरी QC: मान्य हाई-सी अन्तरक्रियाको अनुमान
३) हाई-सी एसेम्बली: समूहहरूमा कन्टिगहरूको समूहीकरण, त्यसपछि प्रत्येक समूह भित्र कन्टिग क्रमबद्ध गर्दै र कन्टिग अभिमुखीकरण तोक्दै
४) हाई-सी मूल्याङ्कन
हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी - हाई-सी मान्य अन्तरक्रिया जोडीहरूको अनुमान
हाई-सी असेंबली - तथ्याङ्क
विधानसभा पछिको मूल्याङ्कन - बिनहरू बीचको संकेत तीव्रताको ताप नक्सा
BMKGene को Hi-C असेंबली सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरू प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत अन्वेषण गर्नुहोस्।
टियान, टी. एट अल. (२०२३) 'एक प्रमुख खडेरी प्रतिरोधी मकै जर्मप्लाज्मको जीनोम एसेम्बली र आनुवंशिक विच्छेदन', नेचर जेनेटिक्स २०२३ ५५:३, ५५(३), पृ. ४९६–५०६। doi: १०.१०३८/s४१५८८-०२३-०१२९७-y।
वाङ, जेडएल एट अल। (२०२०) 'एशियन हनीबी एपिस सेराना जीनोमको क्रोमोजोम-स्केल असेम्बली', फ्रन्टियर्स इन जेनेटिक्स, ११, पृष्ठ ५२४१४०। doi: १०.३३८९/FGENE.२०२०.००२७९/BIBTEX।
झाङ, एफ. एट अल. (२०२३) 'सोलानेसी परिवारमा दुई जीनोमहरूको विश्लेषण गरेर ट्रोपेन एल्कालोइड बायोसिन्थेसिसको विकासको खुलासा', नेचर कम्युनिकेसन्स २०२३ १४:१, १४(१), पृ. १–१८. doi: १०.१०३८/s४१४६७-०२३-३७१३३-४।
झाङ, एक्स. एट अल. (२०२०) 'बरगदको रूख र परागकण बारुलाका जीनोमहरूले फिग-बारुला सह-विकासमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्छन्', सेल, १८३(४), पृ. ८७५-८८९.e१७. doi: १०.१०१६/J.CELL.२०२०.०९.०४३
