METAGENOMICS
Dhameystiran, bakteeriyada genome-yada ee xiran ee microbiomes iyadoo la adeegsanayo isku xigxiga nanopore
Taxanaha Nanopore |Metagenomics |MAGs |Bakteeriyada genome-wareejinta |Microbiota mindhicirka
Tilmaamaha
1.Hab cusub oo lagu soo saarayo jajabyo dhaadheer oo DNA ah ayaa lagu soo bandhigay daraasaddan, taas oo lagu guuleystay soo saarista microgram of saafi ah, HMW DNA oo ku habboon taxanaha dheer ee akhriska laga bilaabo 300 mg saxarada
2.Qorshaha shaqada, Lathe, ayaa lagu soo bandhigay daraasaddan, halkaas oo MAG-yada lagu soo ururiyey akhrin dheer oo lagu saxay akhrin gaaban.
3.Lathe waxaa lagu qiimeeyay isku darka mock.7 ka mid ah 12 kii bakteeriya ayaa si guul leh isugu geeyey hal koollo, 3 ka mid ah waxa la isugu geeyey afar ama in ka yar.
4.Lathe ayaa lagu sii marsiiyay muunado saxaro ah, kaas oo soo saaray 20 genomes wareeg ah, oo ay ku jiraan Prevotella copri iyo musharax Cibiobacter sp., kuwaas oo loo yaqaanay inay hodan ku yihiin curiyayaasha hidde-socodka guurguura.
Guusha ugu weyn
Habka soo saarista ee HWM DNA
Cilmi-baadhisyo-dheer-dheer oo ku salaysan cilmi-baadhisyada dheef-shiid kiimikaad ee mindhicirka ayaa muddo dheer la dhibtoonayay adkaanta in laga soo saaro miisaanka unugyada unugyada sare (HMW) ee saxarada.Daraasaddan, borotokoolka soo saarista enzyme-ku-saleysan ayaa la soo bandhigay si looga fogaado xiirid ballaaran oo kuul lagu garaaco hababka dhaqanka.Sida ku cad shaxanka soo socda, shaybaarada ayaa markii hore lagu daaweeyay koksaydhka enzymes, oo ay ku jiraan lytic enzyme, MetaPolyzyme, iwm. si loo hoos u dhigo derbiyada unugyada.DNA la sii daayay waxaa soo saaray nidaamka Phenol-chloroform, oo ay ku xigto Proteinase K iyo RNase A dheefshiidka, nadiifinta ku salaysan tiirarka iyo xulashada cabbirka SPRI.Habkani waxa uu ku guulaystay in uu ka soo saaro microgram-yada HMW DNA laga soo bilaabo 300 m oo saxaro ah, kaas oo buuxinaya shuruudaha isku xigxiga ee mudada dheer la akhriyay marka loo eego tayada iyo tirada labadaba.
Jaantuska 1. Habka soo saarista DNA HWM
Socodka qorshaha Lathe
Sida lagu sharxay shaxanka soo socda, Lathe waxa uu ka kooban yahay hab-socod jira oo ah habka sal-sheegga cayriin iyadoo la isticmaalayo Guppy.Laba kulan oo waqti dheer la akhriyay ayaa ka dib waxaa soo saaray Flye iyo Canu oo ay si gooni ah u raacdo ogaanshaha iyo saarista si khaldan.Labada shir-hoosaadyadu waxay ku milmeen isku-dhafka degdegga ah.Marka la isku daro, shirarka waaweyn ee heerka megabase ayaa markaa laga hubinayaa wareegtada.Ka dib, sifaynta la isku waafaqsan yahay ee shirarkan waxa lagu farsameeyaa akhrin gaaban.Genomy-yada bakteeriyada ugu dambeeya ee la soo ururiyey ayaa laga baaraandegay si loo ogaado iyo ka saarista khaldan ee kulanka u dambeeya.
Jaantuska 2. Socodka qorshaha fadhiga Lathe
Qiimaynta Lathe oo leh bakteeriya isku dhafan
Isku dhafka caadiga ah ee ATCC 12-nooc ka kooban labadaba Gram-positive iyo Gram-negative bakteeriyada ayaa la shaqaaleysiiyay si loo qiimeeyo waxqabadka madal isku xigxiga nanopore iyo Lathe in MAG.Wadarta xogta 30.3 Gb waxaa soo saaray madal nanopore oo leh N50 ee 5.9 kb.Lathe ayaa si weyn u wanaajiyey N50 ilaa 1.6 ilaa 4-laab marka la barbar dhigo aaladaha kale ee muddada dheer la akhriyay iyo 2 ilaa 9-laab marka la barbar dhigo aaladaha isku-dhafka ah.12 ka mid ah genome-ga bakteeriyada, todobada waxa la isugu keenay hal koollo (Jaantuska 3. Circos oo leh dhibic madow).Saddex kale ayaa la isugu keenay afar ama in ka yar, kaas oo shirka aan dhamaystirnayn uu ka kooban yahay 83% genome-ga hal mar.
Jaantuska 3. Genome wuxuu isu ururiyaa 12 nooc oo bakteeriya ah oo la qeexay
Codsiga Lathe ee muunada saxarada
Habkan ayaa sidoo kale lagu dabaqay muunadaha saxarada bini'aadamka si loo isbarbar dhigo aqoonsiga noolaha iyo isku xirnaanta hababka jira, akhrin-daruur iyo falanqayn ku salaysan akhris-gaaban.Laga soo bilaabo saddexda shay ee ku lug leh, soo saarista enzyme-ku-saleysan ee cusub ayaa soo saartay ugu yaraan 1 μg halkii mg 300 ee cufka wax-gelinta.Isku xigxiga Nanopore ee DNA-da HMW waxay soo saartay akhrin dheer oo leh N50 ee 4.7 kb, 3.0kb iyo 3.0kb siday u kala horreeyaan.Waxaa xusid mudan, habka hadda jira ayaa muujiyay karti weyn oo lagu ogaanayo microbial marka la barbar dhigo habab jiray.Heerarka noocyada kala duwananshiyaha alfa ee heerka sare ah ayaa halkan lagu muujiyay marka la barbar dhigo akhri-gaaban iyo akhrinta-daruur.Waxaa intaa dheer, dhammaan noocyada falanqaynta gaaban ee akhrinta, xitaa sida caadiga ah noolaha Gram-positive lysis u adkaysta, ayaa lagu soo kabsaday habkan.
Jaantuska 4. Kala duwanaanta Alpha iyo qaybaha taxanomic waxaa go'aamiyay Nanopore, akhrin gaaban iyo hababka daruur-akhriska
Lathe waxa uu soo saaray urur dhan N50 aad uga dheer inta akhrinta gaaban iyo akhrinta-daruurka ah, in kasta oo saddex-ilaa lix-laab ka hooseeya xogta cayriin.Genomes-ka qabyada ah waxaa soo saaray contig binning, kaas oo qabyo-qoraalka loo kala saaray "tayo sare" ama "qayb" oo ku salaysan dhammaystir, wasakh, hal nuqul oo hidde-sideyaasha, iwm si gaaban oo loo akhriyo oo loo akhriyo-daruur.
Jaantuska 5. Isku-xidhka urur-ka-qof ee hab kasta
Waxaa intaa dheer, habka isu-ururinta hadda jira wuxuu awood u leeyahay inuu keeno genome xiran oo wareegsan.Shaybaarada saxarada, sideed tayo sare leh, genomes-kaliya ayaa la isku keenay, shan ka mid ah kuwan ayaa la gaaray wareegtadii saxda ahayd.Habka akhriska dheer ayaa sidoo kale muujiyay awood cajiib ah oo lagu xallinayo walxaha soo noqnoqda ee hiddo-wadaha.WareegayP. koprigenome waxaa soo saaray habkan, kaas oo la ogaa inuu ka kooban yahay celcelis heer sare ah oo isku xiga.Isku dhafka ugu wanaagsan ee genome-kan ee akhris-gaaban iyo akhris-daruur waligiis kama dhaafin N50 ee 130 kb, xitaa iyadoo qoto dheer oo dabool ah 4800X.Cutubyadan tirada badan ee nuqul ka mid ah waxa si buuxda u xalliyey hab-wax-akhris-dheer, kaas oo inta badan laga helo meelaha jabinta ee shirarka akhris-gaaban ama akhrinta-daruur.Genom kale oo xiran ayaa lagu sheegay daraasaddan, kaas oo la rumeysan yahay inuu xubin ka yahay dhowaan la tilmaamayCibiobacterdharbaaxo.Shan phage oo dhejis ah ayaa lagu aqoonsaday shirkan xiran, oo u dhexeeya 8.5 ilaa 65.9 kb.
Jaantuska 6. Jaantuska Circos ee genomeyada xiran ee P.copri iyo Cibiobacter sp.
Tixraac
Moss, EL, Maghini, DG, & Bhatt, AS (2020).Dhameystiran, bakteeriyada genome-yada ee xiran ee microbiomes iyadoo la adeegsanayo isku xigxiga nanopore.Tignoolajiyada dabiiciga ah,38(6), 701-707.
Farsamada iyo Waxyaabaha ugu muhiimsan ujeedadeedu tahay in la wadaago adeeggii ugu dambeeyay ee lagu guulaystay ee tignoolajiyada kala duwan ee isku xigxiga-sare ee saaxadda cilmi-baarista ee kala duwan iyo sidoo kale fikrado cajiib ah oo ku saabsan naqshadaynta tijaabada iyo macdanta xogta.
Waqtiga boostada: Jan-07-2022