-
Falanqaynta Ururka Genom-ballaaran
Daraasada ururka genome-wide (GWAS) waxay ujeedadeedu tahay in lagu aqoonsado kala duwanaanshaha hidde-sideyaasha (genotype) ee la xidhiidha sifooyin gaar ah (phenotype).Daraasada GWAS waxay baartaa calaamadaha hidde-sidaha oo ka gudba genome-ga tiro badan oo shakhsiyaad ah waxayna saadaalisaa ururada genotype-phenotype iyadoo la adeegsanayo falanqaynta tirakoobka ee heerka dadweynaha.Waxaa si weyn loogu dabaqay cilmi-baaris ku saabsan cudurrada bini'aadamka iyo macdanta hidda-socodka ee shaqeynaya ee sifooyinka adag ee xayawaanka ama dhirta.
-
Isku-dabaynta hal-xuduneed ee RNA
Horumarka lagu sameeyay hal unug iyo farsamada dhismaha maktabadda gaarka ah oo lagu daray isku xigxiga-sare ee soo saarista waxay saamaxdaa daraasado muujinta hidde-sidaha oo ku salaysan unug-unug.Waxay awood u siisaa falanqayn qoto dheer oo dhamaystiran oo ku saabsan nidaamka unugyada isku dhafan, taas oo ay si weyn uga fogaato qarinta kala duwanaanshahooda iyada oo qaadashada celceliska dhammaan unugyada.
Si kastaba ha ahaatee, unugyada qaarkood kuma haboona in laga dhigo hal unug hal unug ah, markaa habab kale oo muunad diyaarin ah - soo saarista nukleus ee unugyada ayaa loo baahan yahay, taas oo ah, nukleus si toos ah ayaa looga soo saaraa unugyo ama unug waxaana loo diyaariyey hal-budada ka joojinta hal-hal- isku xigxiga unugga.
BMK waxa ay bixisaa 10x Genomics ChromiumTM ku salaysan adeegga isku xigxiga hal unug ee RNA.Adeeggan ayaa si weyn loogu isticmaalay daraasado ku saabsan cilmi-baadhisyo la xidhiidha cudurrada, sida kala-soocidda unugyada difaaca, kala duwanaanshaha burooyinka, horumarinta unugyada, iwm.
Chip transcriptome Spatial: 10× Genomics
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Isku-xiridda Hiddo-sidaha Dhan ee Dhirta/Xayawaanka
Dib-u-soo-celinta genome-ga oo dhan, oo sidoo kale loo yaqaan WGS, waxay awood u siinaysaa muujinta isku-beddellada caadiga ah iyo kuwa naadirka ah ee dhammaan genome-ga oo ay ku jiraan Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Tirtirka Gelinta (InDel), Kala duwanaanshaha qaab-dhismeedka (SV), iyo Kala duwanaanshaha Tirada Nuqulka (CNV) ).SV-yadu waxay ka kooban yihiin qayb weyn oo ka mid ah saldhigga kala duwanaanshiyaha marka loo eego SNPs waxayna saameyn weyn ku leeyihiin genome-ka, taas oo saameyn weyn ku leh noolaha.Dib u akhrinta dheer waxay u ogolaanaysaa in si sax ah loo aqoonsado jajabyo waaweyn iyo kala duwanaansho adag sababtoo ah akhrinta dheer waxay aad u fududaynaysaa ka gudubka koromosoomyada ee gobolada adag sida soo noqnoqoshada tandem, GC/AT-gobolada qani ku ah, iyo gobolada isbedbeddelka badan.
Platform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Ururinta boosaska unugyadu waxa ay door muhiim ah ka ciyaaraan habab kala duwan oo bayooloji ah, sida isdifaaca difaaca, koboca embriyaha, iwmHorumarinta tignoolajiyada, qaab-dhismeedka unugyada aadka u cad iyo farqiga qaabdhismeedka dhabta ah ee muujinta molecular waxay u baahan yihiin in lagu barto xal sare.BMKGENE waxa ay bixisaa adeeg isku xigxig ah oo dhamaystiran, hal-joog ah oo qoraal qoraal ah min muunado ilaa aragtiyo noole.
Tiknooloojiyada transcriptomics Spatial transcriptomics waxay awood u siiyeen aragtiyo cusub oo ku saabsan saaxadda cilmi-baarista ee kala duwan iyadoo la xalinayo astaanta muujinta hidda-wadaha oo leh nuxur goobeed muunado kala duwan.
Chip transcriptome Spatial: BMKMANU S1000
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression waa tignoolajiyada isku xigxiga ee transcriptome-ka caadiga ah si loo kala saaro unugyada ku saleysan wadarta mRNA.Khariidadda qoraalka oo dhan ku samee macnaha qaab-dhismeedka si aad u ogaato aragtiyo cusub oo ku saabsan korriinka caadiga ah, cudurrada cudurrada, iyo cilmi-baarista tarjumaadda bukaan-socodka.BMKGENE waxa ay bixisaa adeeg isku xigxig ah oo dhamaystiran, hal-joog ah oo qoraal qoraal ah min muunado ilaa aragtiyo noole.
Tiknooloojiyada transcriptomics Spatial transcriptomics waxay awood u siiyeen aragtiyo cusub oo ku saabsan saaxadda cilmi-baarista ee kala duwan iyadoo la xalinayo astaanta muujinta hidda-wadaha oo leh nuxur goobeed muunado kala duwan.
Chip transcriptome Spatial: 10x Genomics Visium
Platform:Illumina NovaSeq Platform
-
Dherer buuxa mRNA Taxane-Nanopore
Taxanaha RNA wuxuu ahaa qalab qiimo leh oo loogu talagalay falanqaynta qoraalka qoraalka ah.Shaki la'aan, taxanaha akhris-gaaban ee dhaqanku wuxuu halkan ka gaadhay horumarro badan oo muhiim ah.Si kastaba ha ahaatee, waxay inta badan la kulmaa xaddidaadyo aqoonsi isoform oo dherer buuxa ah, qiyaasid, eexda PCR.
Taxanaha Nanopore waxa uu ka soocaa qaybaha kale ee isku xigxiga, taas oo ah in nucleotide-yada si toos ah loo akhriyo iyada oo aan la samayn DNA oo ay abuurto akhris dheer oo tobanaan kilobases ah.Tani waxay awood siinaysaa akhrin toos ah oo ka gudba qoraalada dhererka buuxa iyo la tacaalida caqabadaha daraasadaha heerka isoform-ka.
Platform：Nanopore PromethION
Maktabadda:CDNA-PCR
-
Taxanaha mRNA dhererka buuxa -PacBio
De novoisku xigxiga qoraalka qoraalka dhererka buuxa, oo sidoo kale loo yaqaanDe novoIso-Seq waxay ku qaadataa faa'iidooyinka taxanaha PacBio dhererka akhrinta, kaas oo awood u siinaya isku xigxiga molecules cDNA oo buuxa iyada oo aan wax nasasho ah la helin.Tani waxay gabi ahaanba ka fogaataa wixii khaladaad ah ee ka dhasha talaabooyinka isu imaatinka qoraalka waxayna dhistaa jaangooyo unigene oo leh xallinta heerka isoform.Qaybaha unigene-kan ayaa bixiya macluumaadka hidde-sidaha awood leh sida "genome tixraac" oo ah heerka transcriptome.Intaa waxaa dheer, isku darka xogta isku xigxiga jiilka soo socda, adeeggani waxa uu awood siinayaa qiyaas sax ah ee muujinta heerka isoform-ka.
Platform: PacBio Sequel IIMaktabadda: maktabadda gambaleelka SMRT -
Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Isku xigxiga mRNA waxa ay awood u siinaysaa sifaynta dhammaan mRNA-yada laga soo guuriyay unugyada xaalado gaar ah.Waa tignoolajiyad awood leh oo muujinaysa astaanta muujinta hidda-wadaha, qaab-dhismeedka hiddaha iyo hababka molecular ee hababka noolaha qaarkood.Ilaa hadda, isku xigxiga mRNA ayaa si weyn looga shaqaaleysiiyay cilmi baarista aasaasiga ah, ogaanshaha caafimaad, horumarinta daroogada, iwm.
Platform: Illumina NovaSeq Platform
-
Tixraaca aan ku salaysnayn mRNA Sequencing-Illumina
Taxanaha mRNA waxa uu qaataa farsamada isku xigxiga ee jiilka soo socda (NGS) si uu u qabto Rasuulku RNA (mRNA) u sameeyo Eukaryote xilli gaar ah oo hawlo gaar ah ay shaqaynayaan.Qoraalkii ugu dheeraa ee la kala gooyay waxaa loo yaqaan 'Unigene' waxaana loo adeegsaday taxanaha tixraaca ee falanqaynta xigta, taas oo ah hab wax ku ool ah oo lagu baranayo habka molecular iyo shabakada nidaaminta ee noocyada iyada oo aan tixraac lahayn.
Kadib ururinta xogta transcriptome iyo sharraxaadda shaqaynaysa unigene
(1) Falanqaynta SSR, saadaalinta CDS iyo qaab-dhismeedka hidda-wadaha ayaa la sii qaabayn doonaa.
(2) Tirinta muujinta unigene ee muunad kasta waa la samayn doonaa.
(3)Unigenes si kala duwan loo muujiyay inta u dhaxaysa shaybaarada (ama kooxaha) ayaa la ogaan doonaa iyadoo lagu salaynayo muujinta hal-abuurka.
(4) Isku-dubbarid, sharraxaad shaqayneed iyo falanqaynta kobcinta unugyo siyaalo kala duwan loo muujiyey ayaa la samayn doonaa
-
Xigasho dheer oo aan codayn-Ilumina
RNA-yada dheer ee aan codeeyn (lncRNAs) waa nooc ka mid ah molecules RNA oo dhererkoodu ka sarreeyo 200 nt, kuwaas oo lagu garto awood codayn aad u hooseeya.LncRNA, oo xubin muhiim ah ka ah RNA-yada aan codeeyn, waxaa inta badan laga helaa nucleus iyo balaasmaha.Horumarinta tignoolajiyada isku xigxiga iyo bioinfortics waxay awood u siineysaa aqoonsiga lncRNA-yo badan oo cusub oo lala xiriiriyo kuwa leh howlaha noolaha.Caddaynta la ururiyey waxay soo jeedinaysaa in lncRNA ay si weyn ugu lug leedahay nidaamka epigenetic, habaynta qoraalka iyo qawaaniinta qoraalka ka dib.
-
Isku xigxiga RNA-yar-Illumina
RNA yari waxa loola jeedaa fasal unugyo RNA ah oo aan codayn kuwaas oo inta badan ka yar 200nt oo dherer ah, oo ay ku jiraan micro RNA (miRNA), faragelinta yar ee RNA (siRNA), iyo piwi-isdhexgalka RNA (piRNA).
MicroRNA (miRNA) waa nooc ka mid ah RNA yar oo endogenous ah oo dhererkiisu yahay 20-24nt, kaas oo ka ciyaara doorar kala duwan oo muhiim ah oo xakameynaya unugyada.miRNA waxay ku lug leedahay habab nololeed oo badan kuwaas oo muujinaya unugyo - gaar ah iyo marxalad - tibaax gaar ah oo si aad ah loo ilaaliyo noocyada kala duwan.
-
circRNA sequencing-Illumina
CircRNAs (RNAs wareeg ah) waa hal dabaq oo ah unugyo RNA ah oo aan codeeyn kuwaas oo ka gaaban 5′ dabada dhamaadka iyo 3′ dhamaadka poly(A).CircRNA-yadu waxay sameeyaan qaab-dhismeedka wareegta ah iyadoo la raacayo curaarta covalent taasoo ka soo horjeeda dheefshiidka RNA exonuclease.circRNA waxay door muhiim ah ka ciyaartaa korriinka iyo horumarinta noolaha iyo iska caabintooda deegaanka dibadda.
CircRNA waxay leedahay hawlo badan, kuwaas oo si tartan ah u xidhi kara miRNA, oo fulin kara shaqada sharciyeynta ee ceRNA, si loo xakameeyo muujinta hiddaha.Sanadihii la soo dhaafay, waxaa sidoo kale la ogaaday in ay si dhow ula xiriirto dhacdooyinka iyo horumarinta cudurrada, waxayna leedahay rajooyin codsi oo weyn oo ku wajahan jihada calaamadaha ogaanshaha cudurka iyo wixii la mid ah.
