Alaabta

Taxanaha Prokaryotic RNA

Taxanaha Prokaryotic RNA wuxuu adeegsadaa isku xigxiga jiilka soo socda (NGS) si uu u muujiyo joogitaanka iyo tirada RNA waqti go'an, iyadoo la falanqeynayo isbeddelka qoraalka gacanta.Taxanaha prokaryotic RNA ee shirkadeena, waxay si gaar ah ujeedadeedu tahay prokaryotes oo leh genome tixraac, oo ku siinaya sifada transcriptome, falanqaynta qaab dhismeedka hidda-wadaha, iwm. Waxaa si weyn loogu dabaqay cilmi-baarista aasaasiga ah ee sayniska, cilmi-baarista daroogada iyo horumarinta, iyo in ka badan.

Platform: Illumina NovaSeq Platform

Nala soo xiriir

Faahfaahinta Adeegga

Tilmaamaha Adeegga

Platform: Illumina NovaSeq platform, PE150

Nooca maktabadda: 350bp geli maktabadda cDNA (waxay kuxirantahay qaybinta ugu sarreysa)

Istaraatiijiyada isku xigxiga: Lammaanaha-Dhamaadka 150 bp

Xaddiga xogta lagu taliyay: 2 Gb xog cayriin/ muunad

Bioinformatics

(1) Isku-dabarid ilaalinta tayada xogta: Qaybinta Nucleotide, Qaybinta tayada saldhigga, qiimeynta saamiga rRNA;

(2) Falanqaynta isku xigxiga ee isku xigxiga: Tirakoobka natiijada toosinta, Dheefta isku xigxiga, Daboolista isku xigxiga;

(3) Tixraaca genome annotation (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Falanqaynta muujinta: Qaybinta muujinta (Laba ama in ka badan oo muunado), Falanqaynta odhaahda muunadaha dhexdooda (Falanqaynta Venn, falanqaynta isku xidhka, falanqaynta PCA);

(5) Falanqaynta tibaaxaha kala duwan (Laba ama in ka badan oo muunado);

(6) Falanqaynta hidda-wadaha: Falanqaynta Venn, Falanqaynta Kooxda, Falanqaynta sharraxaadda shaqada (COG, GO, KEGG), Falanqaynta kobcinta shaqada (GO, KEGG), garaafka kobcinta waxqabadka, falanqaynta Ipath;

(7) Falanqaynta sRNA: saadaalinta sRNA, sharraxaadda sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), Saadaasha qaabdhismeedka sare ee sRNA, saadaalinta hidda-wadaha sRNA;

(8) Falanqaynta qaab dhismeedka qoraalka: Falanqaynta Operon, Qoraallada bilawga iyo dhammaadka saadaasha goobaha, UTR sharraxaadda iyo falanqaynta, saadaalinta isku xigxiga ee UTR, SNP/InDel falanqaynta (SNP/InDel annotation, SNP/InDel qaybinta gobolka, SNP statistics).