METAGENOMICS
Whakaotia, kati nga ira huakita mai i nga microbiome ma te whakamahi i te raupapa nanopore
Whakaraupapa Nanopore |Metagenomics |MAGS |Te hurihanga ira huakita |Te microbiota
Nga mea nui
1. He tikanga hou ki te tango i nga kongakonga roa o te DNA i whakaatuhia i roto i tenei rangahau, i tutuki te tangohanga o te microgram o te DNA parakore, HMW DNA e tika ana mo te raupapa panui-roa mai i te 300 mg o te kutae.
2.He rerenga mahi hui, Lathe, i whakauruhia ki tenei rangahau, i whakahiatohia nga MAG ma nga panui roa me te whakatika i nga panui-poto.
3.I arotakea te miro e te ranunga whakahianga.7 i roto i te 12 huakita i pai te whakahiato ki roto i nga contigs kotahi, a 3 i whakahiato kia wha, iti ake ranei nga contigs.
4. I tukuna ano te Lathe ki nga tauira kumete, i hanga e 20 nga momo ira porohita, tae atu ki a Prevotella copri me te kaitono Cibiobacter sp., i mohiotia mo te whai rawa i nga huānga ira pūkoro.
Paetae Matua
Kawa tangohanga mo te HWM DNA
Ko nga rangahau metagenomic whekau kua roa e pa ana ki te paanui i te paanui i te pakeke i te tangohanga i te taumaha ngota (HMW) DNA mai i te kutae.I roto i tenei rangahau, i whakaurua he kawa tangohanga i runga i te whanaki hei karo i te kutikuti nui ma te patu pirepire i roto i nga tikanga tuku iho.E whakaatu ana i te ahua e whai ake nei, i te tuatahi i tukinotia nga tauira ki te kokonati o nga enzymes, tae atu ki te lytic enzyme, MetaPolyzyme, me etahi atu hei whakaheke i nga pakitara pūtau.Ko te DNA kua tukuna i tangohia e te punaha Phenol-chloroform, whai muri ko te Proteinase K me te RNase A te nakunaku, te purenga i runga i te pou me te whiriwhiringa rahi SPRI.I kaha tenei tikanga ki te whakaputa micrograms o te HMW DNA mai i te 300 m o te kumete, e whakatutuki ana i nga whakaritenga raupapa panui-roa i runga i te kounga me te rahinga.
Whakaatu 1. HWM DNA kaupapa tangohanga
Te rere kaupapa o Lathe
I whakaahuahia i te ahua e whai ake nei, kei roto i te Lathe he tukanga o mua mo te mahi waea-a-waea ma te whakamahi i te Guppy.E rua nga huihuinga kua roa kua panuihia ka mahia e Flye me Canu ka wehea ka whai i te kitenga he me te tangohanga.Ka hanumi nga huinga-iti e rua ki te quickmerge.I te whakakotahitanga, ka tirohia nga huihuinga nui i te taumata megabase mo te hurihanga.I muri mai, ka tukatukahia te whakamahine i te whakaaro mo enei huihuinga me nga panui poto.Ka tukatukahia nga ira huakita kua whakahiato whakamutunga mo te kitenga me te tango i te hapa-huihuinga whakamutunga.
Whakaahua 2. Te rere o te kaupapa o te huihuinga Lathe
Te Aromātai o te Miro me te ranunga huakita whakahi
I whakamahia he ranunga momo ATCC 12-momo e rua e rua nga huakita Gram-positive me Gram-negative ki te arotake i te mahi o te papaa raupapa nanopore me te Lathe i te huihuinga MAG.Ko te katoa o nga raraunga 30.3 Gb i hangaia e te nanopore platform me te N50 o 5.9 kb.I tino pai ake te huira N50 ki te 1.6 ki te 4-whakaritea ki etahi atu taputapu huihuinga kua roa te panui me te 2 ki te 9-whakaritea ki nga taputapu hui hybridd.O te 12 ira huakita, e whitu i whakaemihia ki roto i nga contigs kotahi (Whakaahua 3. Circos me te ira pango).E toru atu ano i whakaemihia kia wha, iti ake ranei nga contigs, kei roto i te huihuinga kaore i oti te 83% o te genome i roto i te contig kotahi.
Whakaahua 3. Ko nga huinga ira i roto i te ranunga huakita 12-momo kua tautuhia
Te whakamahi i te Lathe ki nga tauira kumete
I whakamahia ano tenei tikanga ki nga tauira kumete tangata hei whakatairite i te tohu rauropi me te honohono o te hui ki nga tikanga o naianei, te panui-kapua me te tātaritanga i runga i te panui poto.Mai i nga tauira e toru i uru mai, ko te tangohanga hou e pa ana ki te whaariki i hua i te iti rawa 1 μg ia 300 mg o te papatipu whakauru.Ko te raupapa Nanopore o enei HMW DNA i hangaia nga panui-roa me te N50 o 4.7 kb, 3.0kb me te 3.0kb.Otirā, ko te tikanga o naianei kua kitea te kaha nui ki te rapunga moroiti ina whakaritea ki nga tikanga o mua.I whakaatuhia ki konei te kanorau momo taumata-momo teitei ake ki te panui-poto me te panui-kapua.I tua atu, ko nga puninga katoa mai i te tātaritanga panui-poto, tae noa ki nga rauropi Gram-positive-atete-lysis, i ora ake ma tenei tikanga.
Whakaatu 4. Te kanorau Arepa me nga waahanga taake kua whakatauhia e te Nanopore, te panui-poto me nga tikanga panui-kapua
He nui ake te roa o te N50 o te huinga-katoa i te huihuinga panui-poto me te panui-kapua, ahakoa te toru- ki te ono nga waahanga iti o te whakaurunga o nga raraunga mata.Ko nga momo ira tauira i hangaia e te contig binning, i whakarōpūhia ai nga tauira ki te "kounga teitei" me te "waahanga" i runga i te whakaotinga, te poke, nga ira matua kape kotahi, me etahi atu. ki te panui-poto me te panui-kapua.
Whakaatu 5. Te whakahiatotanga o ia rauropi o ia tikanga
I tua atu, ko te huarahi huihuinga o naianei he kaha ki te tuku i nga momo ira porohita katia.I roto i nga tauira kumete, e waru nga momo ira tangata-kounga teitei i whakaemihia, e rima o enei i eke ki te hurihanga percise.Ko te huarahi panui-roa i whakaatu hoki i te kaha whakamihi ki te whakatau i nga huānga tukurua i roto i nga ira.PorowhitatiaP. copriI hangaia te genome e tenei huarahi, e mohiotia ana kei roto te reanga teitei o te tukurua raupapa.Ko te huihuinga pai rawa atu o tenei genome ma te panui-poto me te panui-kapua kaore i neke ake i te N50 o te 130 kb, ahakoa he 4800X te hohonu o te kapinga.Ko enei huānga tau kape teitei i tino whakatauhia e te huarahi panui-roa, ka kitea i nga waahi pakaru o nga huihuinga panui-poto, panui-kapua ranei.Ko tetahi atu genome kati i ripoatahia i roto i tenei rangahau, i whakaponohia he mema o nga korero i whakaahuahia tata neiCibiobacterkara.E rima nga phage putative i kitea i roto i tenei huihuinga kati, mai i te 8.5 ki te 65.9 kb.
Whakaahua 6. He hoahoa Circos o nga ira ira kati o P.copri me Cibiobacter sp.
Tohutoro
Moss, EL, Maghini, DG, & Bhatt, AS (2020).Whakaotia, kati nga ira huakita mai i nga microbiome ma te whakamahi i te raupapa nanopore.Hangarau koiora,38(6), 701-707.
Hangarau me nga Tohu Ko te whainga ki te tohatoha i nga tono angitu hou o nga momo hangarau whakahiato teitei i roto i nga waahi rangahau me nga whakaaro maamaa i roto i te hoahoa whakamatautau me te keri raraunga.
Te wa tuku: Hanuere-07-2022