Alaabta

Taxanaha Metagenomic -NGS

Metagenome waxa loola jeedaa ururinta wadarta walxaha hidde-sidaha ee bulshada isku dhafan ee noolaha, sida metagenome deegaanka, metagenome-ka bini'aadamka, iwm. Waxa uu ka kooban yahay hiddo-sideyaasha noolaha la beeran karo iyo kuwa aan la beeran karin labadaba.Isku xigxiga Metagenomic waa qalab molecular loo isticmaalo in lagu falanqeeyo walxaha hidde-sideyaasha isku dhafan ee laga soo saaro muunado deegaanka, kaas oo siinaya macluumaad faahfaahsan oo ku saabsan kala duwanaanshaha noocyada iyo badnaanta, qaab dhismeedka dadweynaha, xiriirka phylogenetic, hiddo-wadaha shaqeynta iyo isku-xirnaanta arrimaha deegaanka.

Platform:Illumina NovaSeq Platform

Nala soo xiriir

Faahfaahinta Adeegga

Natiijooyinka Demo

Kiis barasho

Faa'iidooyinka Adeegga

● Go'doomin iyo beerashada xorta ah ee xog-ururinta bulshada microbial

● Xallin sare oo lagu ogaanayo noocyada tirada yar ee muunadaha deegaanka

Fikirka "meta-" wuxuu isku daraa dhammaan sifooyinka bayooloji ee heer shaqeynaya, heerka noocyada iyo heerka hiddaha, taas oo ka tarjumaysa aragti firfircoon oo u dhow xaqiiqda.

● BMK waxay ururisay waayo-aragnimo baaxad leh oo noocyo muunado ah oo kala duwan ah iyadoo in ka badan 10,000 muunado la farsameeyay.

Tilmaamaha Adeegga

Platform	Isku xigxiga	Xogta lagu taliyay	Waqtiga soo celinta
Illumina NovaSeq Platform	PE150	6 G/10 G/20 G	45 maalmood oo shaqo

Falanqaynta bioinformatics

● Xakamaynta tayada xogta ceeriin

● Metagenome shirka

● Hidde-sideyaasha aan-ka-soo-kabashada lahayn iyo sharraxaadda

● Noocyada kala duwanaanshiyaha falanqaynta

● Falanqaynta kala duwanaanshaha shaqada hidde-sideyaasha

● Falanqaynta kooxaha dhexdooda

● Falanqaynta ururka ee ka soo horjeeda arrimo tijaabo ah

Tusaalaha Shuruudaha iyo Bixinta

Tusaalaha Shuruudaha:

WaayoSoosaarida DNA:

Tusaalaha Nooca	Qadarka	Xoog-saarid	daahirnimo
Soosaarida DNA	＞ 30 ng	1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Tusaalooyinka deegaanka:

Tusaalaha nooca	Habka muunad ee lagu taliyay
Ciid	Qadarka saamiga: qiyaastii.5 g;Walaxda engegan ayaa u baahan in laga saaro oogada;Shiidi qaybo waaweyn oo dhex mara filter 2 mm;Muunado Aliquot ee EP-tube ama cyrotube nadiif ah oo boos celin ah.
Saxarada	Qadarka saamiga: qiyaastii.5 g;Ku soo ururi oo ka saar shaybaarada EP-tube-ka nadiifka ah ama cryotube ee boos celinta.
Waxa ku jira mindhicirka	Tijaabooyinku waxay u baahan yihiin in lagu farsameeyo xaalad aseptic.Ku dhaq nudaha la ururiyey PBS;Centrifuge PBS oo ku soo ururi daadadka EP-tubooyinka.
dhoobo	Qadarka saamiga: qiyaastii.5 g;Ku soo ururi oo ka saar muunada dhoobada dhoobada EP-tube-ka nadiifka ah ama cryotube ee boos celinta
Biyaha	Muunad leh xaddi xaddidan oo microbial ah, sida biyaha qasabada, biyaha ceelka, iwm., Uruuri ugu yaraan 1 L oo biyo ah oo dhex mara 0.22 μm filter si loo kobciyo microbial xuubka.Ku kaydi xuubka tuubada nadiifka ah.
Maqaarka	Si taxadar leh ugu xoq dusha maqaarka suuf aan nadiif ahayn ama daab qalliin oo ku rid tuubo nadiif ah.

Tusaalaha keenista lagu taliyay

Ku qabooji shaybaarada ku jira nitrogen dareeraha ah 3-4 saacadood kuna kaydi nitrogen dareeraha ah ama -80 digrii ilaa boos sii hayn muddo dheer ah.Tusaalaha rarida baraf qallalan ayaa loo baahan yahay.

Socodka Shaqada Adeegga

Tusaalaha keenista

Dhismaha maktabadda

Isku xigxiga

Falanqaynta xogta

Adeegyada iibka kadib

Hore: Taxanaha Metagenomic-Nanopore

Xiga: Chromatin Taxanaha Tallaalka Tallaalka (ChiP-seq)

1.Histogram: Qaybinta noocyada

2. Hidde-sideyaasha shaqeeya ee lagu sharraxay waddooyinka dheef-shiid kiimikaadka ee KEGG

3.Maabka kulaylka: Shaqooyinka kala duwan ee ku salaysan tirada hidde-wadaha4.Circos ee hiddo-wadaha iska caabbinta antibiyootigga KAARD

Kiiska BMK

Baahitaanka hidde-sideyaasha iska caabbinta antibiyootiga iyo jeermiska bakteeriyada ee weheliya xididdada ciidda-mangrove

La daabacay:Joornaalka Walxaha halista ah, 2021

Istaraatiijiyada isku xigxiga:

Qalabka:DNA soosaaray afar jajab oo xidid mangrove muunado la xidhiidha: ciidda aan la beerin, rhizosphere, episphere iyo qaybaha endosphere
Platform: Illumina HiSeq 2500
Bartilmaameedyada: Metagenome
16S rRNA hidde-side V3-V4 gobolka

Natiijooyinka muhiimka ah

Isku xigxiga metagenomic iyo metabarcoding sifaynta joogtada ah ee xididdada ciidda ee geedaha mangrove ayaa la habeeyey si loo daraaseeyo faafinta hiddo-wadaha iska caabbinta antibiyootigga (ARGs) ee ka imanaya ciidda dhirta.Xogta dheef-shiid kiimikaadka ayaa shaaca ka qaaday in 91.4% hiddo-wadaha iska caabbinta antibiyootiga si caadi ah loo aqoonsaday dhammaan afarta qaybood ee ciidda ee aan kor ku soo sheegnay, kuwaas oo muujiyay qaab joogto ah.Taxanaha amplicon 16S rRNA wuxuu soo saaray 29,285 taxane, oo ka dhigan 346 nooc.Isku darka noocyada sifaynta ee isku xigxiga amplicon, faafintan waxaa la ogaaday in ay ka madax banaan tahay microbiota-xididka la xidhiidha, si kastaba ha ahaatee, waxaa fududayn kara mobile-ka xubno hidde-side ah.Daraasadani waxay cadaysay qulqulka ARGs iyo cudur-sidaha ka yimaada ciidda ee gala dhirta iyada oo loo marayo joogtada ah ee xididdada ciidda-isku xiran.

Tixraac

Wang, C., Hu, R., Xoog badan, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Baaxadda hiddo-wadaha iska caabbinta antibiyootiga iyo jeermiska bakteeriyada ee weheliya xididdada mangrove ee ciidda.Joornaalka Walxaha halista ah, 408, 124985.