Eukaryot mRNA-sekvensering-NGS
Drag
● Valfri riktad mRNA-biblioteksberedning för att möjliggöra erhållande av strängspecifika sekvenseringsdata
● Olika BI-analyser täcker alla våra kunders behov
Fördelar
●Omfattande expertisVi har bearbetat över 600 000 prover, som spänner över olika provtyper såsom cellkulturer, vävnader och kroppsvätskor. Vi bidrar med vår breda expertis till varje projekt.
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från provberedning till biblioteksberedning, sekvensering och bioinformatik. Vår noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
●Omfattande annoteringVi använder flera databaser för att funktionellt annotera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalyser. Denna omfattande metod ger insikter i de cellulära och molekylära processer som ligger bakom transkriptomresponsen, vilket säkerställer att du får all möjlig information om ditt experiments data.
●Support efter försäljningVi förstår hur viktigt det är att vara närvarande, därför sträcker sig vårt engagemang bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| Poly A-berikad | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
Minimikrav för prov:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet | |
| Standardbibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | För växter: RIN≥4,0; För djur: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
| Riktningsbibliotek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | För växter: RIN≥4,0; För djur: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
| Växter | Djur | Leddjur | Helblod | Celler |
| Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg Blad eller frö: 300 mg Frukt: 1,2 g | Hjärta eller tarm: 300 mg Inälvor eller hjärna: 240 mg Muskel: 450 mg Ben, hår eller hud: 1 g | Insekter: 6 g Kräftdjur: 300 mg | 1 rör | 106 celler |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Gruppera+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNA-tabellrör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Provkrav och leverans
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Bioinformatik
För prover med ett tillgängligt referensgenom är BI-analysen följande:
ØKvalitetskontroll av rådata
ØReferensgenomjustering
ØAnalys av transkriptstruktur
ØUttryckskvantifiering
ØDifferentiell uttrycksanalys
ØFunktionsannotering och berikning
För prover utan referensgenom är detta alternativet tillgängligt:
• Kvalitetskontroll av rådata
•Montering med strukturoptimering
•Differentiell uttrycksanalys
•Funktionsannotering och berikning
Referensgenomjustering
Datamättnad
Provkorrelation och bedömning av biologiska replikat
Differentiellt uttryckta gener (DEG)
Funktionell annotering av DEG:er
Funktionell anrikning av DEG
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes eukaryota NGS mRNA-sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Huang, L. et al. (2023) 'Triklosan och triklokarban försvagar guldfiskars luktförmåga genom att begränsa igenkänning av luktämnen, störa transduktionen av luktsignaler och störa bearbetningen av luktinformation',Vattenforskning, 233, s. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus kapar mänskligt p11 för att omdirigera svampinnehållande fagosomer till icke-nedbrytande vägar',Cellvärd och mikrob31(3), sid. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP-transkriptionsfaktorer involverade i skottutveckling hos Ma-bambu (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Gränser inom växtvetenskap, 13, s. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Chrysanthemum lavandulifoliums genom och den molekylära mekanismen bakom olika kapitulumtyper',Trädgårdsforskning, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'En kaskad-nanoreaktor för att förbättra sonodynamisk terapi vid kolorektal cancer via synergistisk ROS-ökning och autofagiblockering',Nano idag49, sid. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
