Eukaryot mRNA-sekvensering-Illumina
Fördelar
ØMycket erfaren: Över 200 000 prover har bearbetats i BMK som täcker olika provtyper, inklusive cellkultur, vävnad, kroppsvätska, etc. och över 7 000 mRNA-Seq-projekt stängda som täcker olika forskningsområden.
ØStrikt kvalitetskontrollsystem: Kärnpunkter för kvalitetskontroll genom alla steg inklusive provberedning, biblioteksförberedelse, sekvensering och bioinformatik är under noggrann övervakning för att leverera högkvalitativa resultat.
ØFlera databaser tillgängliga för funktionsanteckningar och anrikningsstudier för att uppfylla olika forskningsmål.
ØEftermarknadstjänster: Eftermarknadstjänster giltiga i 3 månader efter avslutat projekt, inklusive projektuppföljning, felsökning, resultat Frågor och svar, etc.
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| Poly A berikad | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85 % |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Renhet | Integritet | Belopp |
| OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | För växter: RIN≥6,5;För djur: RIN≥7;28S/18S≥1,0;begränsad eller ingen baslinjehöjd | Konc.≥30 ng/μl;Volym ≥ 10 μl;Totalt ≥ 1,5 μg |
Vävnad: Vikt (torr):≥1 g
*För vävnad som är mindre än 5 mg rekommenderar vi att du skickar snabbfryst (i flytande kväve) vävnadsprov.
Cellsuspension:Cellantal = 3×106- 1×107
*Vi rekommenderar att du skickar fruset cellysat.Om cellen är mindre än 5×105 rekommenderas snabbfryst i flytande kväve, vilket är att föredra för mikroextraktion.
Blodprover:Volym≥1 ml
Mikroorganism:Massa ≥ 1 g
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tunnfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sändning:
- Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
- RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Service Arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Bioinformatik
Eukaryot Arbetsflöde för mRNA-sekvensanalys
Bioinformatik
ØKvalitetskontroll av rådata
ØReferensgenomanpassning
ØTranskriptionsstrukturanalys
ØKvantifiering av uttryck
ØDifferentiell uttrycksanalys
ØFunktionsanteckning och berikning
1.mRNA-data Mättnadskurva
2.Differentiell uttrycksanalys-Vulcano plot
3.KEGG-anteckning på DEG
4.GO-klassificering på DEG
