mRNA-sekvensering (NGS) med referensgenom
RNA-seq är ett standardverktyg inom livs- och grödovetenskap, som överbryggar klyftan mellan genom och proteom. Dess styrka ligger i att upptäcka nya transkript och kvantifiera deras uttryck i en enda analys. Det används ofta för jämförande transkriptomiska studier, där det belyser gener relaterade till olika egenskaper eller fenotyper, som att jämföra mutanter med vildtyper eller avslöja genuttryck under specifika förhållanden. BMKCloud mRNA(Reference) APP integrerar uttryckskvantifiering, differentiell uttrycksanalys (DEG) och sekvensstrukturanalyser i mRNA-seq(NGS) bioinformatikpipeline och sammanför styrkorna hos liknande programvara, vilket säkerställer bekvämlighet och användarvänlighet. Användare kan ladda upp sina RNA-seq-data till molnet, där appen erbjuder en omfattande bioinformatisk analyslösning från en enda källa. Dessutom prioriterar den kundupplevelsen och erbjuder personliga åtgärder skräddarsydda efter användarnas specifika behov. Användare kan själva ställa in parametrar och skicka in pipelineuppdraget, kontrollera den interaktiva rapporten, visa data/diagram och slutföra datautvinning, såsom: val av målgen, funktionell klustring, diagram etc.
Plattform:Illumina, MGI
Strategi:RNA-sekvens
Layout: Kopplade, rena data.
Bibliotekstyp:fr-osträngad, fr-första sträng eller fr-andra sträng
Läslängd:150 bp
Filtyp:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz eller *.fq.gz. Systemet kommer attautomatiskt para ihop .fastq-filerna enligt deras filnamn,t.ex. *_1.fastq parat med *._2.fastq.
Antal prover:Det finns inga begränsningar för antaletav prover, men analystiden kommer att öka i takt med att antaletproverna växer.
Rekommenderad datamängd:6G per prov
