Amplikonsekvensering (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS)-sekvensering med Illumina är en metod för att analysera mikrobiell mångfald genom att identifiera mikrobiella profiler enligt deras sekvenser och sedan försöka dechiffrera samhällsrikedom och mångfald inom varje prov och mellan prover. BMKCloud Amplicon (NGS)-pipelinen möjliggör analys av 16S-, 18S-, ITS- och multipla funktionella gener. Det börjar med trimning av läsningar, assembly av parade läsningar och kvalitetsbedömning, följt av kluster av liknande läsningar för att generera operativa taxonomiska enheter (OTU) som används i sex olika analysavsnitt. Taxonomisk annotering ger information om den relativa förekomsten och sammansättningen av varje prov, medan alfa- och betadivitetsanalyser fokuserar på mikrobiell mångfald inom respektive mellan prover. Differentiell analys mellan grupper hittar OTU:er som skiljer sig åt med hjälp av både parametriska och icke-parametriska tester, medan korrelationsanalys relaterar dessa skillnader till miljöfaktorer. Slutligen förutsägs funktionell genförekomst baserat på markörgenförekomst, vilket ger insikt i funktion och ekologi i varje prov.