Värmekarta
Heatmap-verktyget accepterar en matrisdatafil som indata och låter användare filtrera, normalisera och klustra data. Det primära användningsfallet för värmekartor är klusteranalys av genuttrycksnivå mellan olika prover.
Genannotering
Genannoteringsverktyget utför genannotering baserat på sekvensjustering av FASTA-indatafiler mot olika databaser.
Grundläggande lokal justeringssökningsverktyg (BLAST)
BLAST-verktyget är en BMKCloud-integrerad version av NCBI BLAST och kan användas för att utföra samma funktioner med hjälp av data som laddats upp till BMKCloud-kontot.
CDS_UTR-förutsägelse
CDS_UTR-prediktionverktyget är utformat för att förutsäga kodande regioner (CDS) och icke-kodande regioner (UTR) i givna transkriptsekvenser baserat på BLAST-resultat mot kända proteindatabaser och ORF-prediktionresultat.
Manhattan-tomten
Manhattan Plot-verktyget möjliggör visning av experiment med högt urval och används ofta i genomomfattande associationsstudier (GWAS).
Cirkusdiagram
CIRCOS Diagram-verktyget ger effektiv visualisering av hur genomiska egenskaper är fördelade över genomet. Vanliga egenskaper inkluderar kvantitativa loci, SNP, InDels, strukturella och kopienummervarianter.
Genontologi (GO) anrikning
GO Enrichment-verktyget tillhandahåller funktionell anrikningsanalys. Den primära programvaran i detta verktyg är TopGO-Bioconductor-paketet, vilket inkluderar differentiell uttrycksanalys, GO-anrikningsanalys och visualisering av resultaten.
Viktad gen-samuttrycksnätverksanalys (WGCNA)
WGCNA är en allmänt använd data mining-metod för att upptäcka gen-koexpressionsmoduler. Den är tillämpbar på olika uttrycksdata, inklusive microarray- och NGS-genuttrycksdata.
InterProScan
InterProScan-verktyget tillhandahåller InterPro-proteinsekvensanalys och klassificering.
GO KEGG-berikning
GO KEGG-anrikningsverktyget är utformat för att generera ett GO-anrikningshistogram, KEGG-anrikningshistogram och KEGG-anrikningsväg baserat på en tillhandahållen genuppsättning och motsvarande annotering.