-
BMKMANU S3000_Spatial Transkriptom
Spatial transkriptomik är en teknik som låter oss fånga och visualisera genuttryck i vävnader. Detta kan vara avgörande för att förstå hur celler interagerar.
Det finns olika plattformar för denna metod. BMKGene har utvecklat BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, en plattform som förbättrar teknikens prestanda, når subcellulär upplösning och möjliggör en upplösningsinställning på flera nivåer.
Detta chip omsluter 4,2 miljoner fläckar med hjälp av en patenterad teknik med mikrobrunnar lager av pärlor laddade med rumsligt streckkodade prober. Med denna metod erhåller vi, efter infångning och amplifiering, ett cDNA-bibliotek berikat med de streckkodade proverna som är Illumina-kompatibelt.
Kombinationen av spatial streckkod och UMI:er säkerställer att de genererade uppgifterna är noggranna och specifica. Genom att kombinera allt ovanstående erbjuder BMKManu en extremt mångsidig datainställning.
-
Enkelkärnig RNA-sekvensering
Utvecklingen av encellsinfångning och anpassade bibliotekskonstruktionstekniker, i kombination med högkapacitetssekvensering, har revolutionerat genuttrycksstudier på cellnivå. Detta genombrott möjliggör djupare och mer omfattande analys av komplexa cellpopulationer, vilket övervinner de begränsningar som är förknippade med att medelvärdesberäkna genuttryck över alla celler och bevarar den verkliga heterogeniteten inom dessa populationer. Även om encells-RNA-sekvensering (scRNA-seq) har obestridliga fördelar, stöter den på utmaningar i vissa vävnader där skapandet av en encellssuspension visar sig vara svårt och kräver färska prover. På BMKGene tar vi itu med detta hinder genom att erbjuda encells-RNA-sekvensering (snRNA-seq) med hjälp av den toppmoderna 10X Genomics Chromium-tekniken. Denna metod breddar spektrumet av prover som är mottagliga för transkriptomanalys på encellsnivå.
Isoleringen av cellkärnor sker med hjälp av det innovativa 10X Genomics Chromium-chippet, som har ett åttakanaligt mikrofluidiksystem med dubbla korsningar. Inom detta system inkapslas gelkulor som innehåller streckkoder, primers, enzymer och en enda cellkärna i nanoliterstora oljedroppar, vilket bildar Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Efter GEM-bildning sker cellys och frisättning av streckkoder i varje GEM. Därefter genomgår mRNA-molekyler omvänd transkription till cDNA, som innehåller 10X-streckkoder och unika molekylära identifierare (UMI). Dessa cDNA utsätts sedan för standardsekvenseringsbibliotekskonstruktion, vilket underlättar en robust och omfattande undersökning av genuttrycksprofiler på encellsnivå.
Plattform: 10× Genomics Chromium och Illumina NovaSeq-plattform
