-
Enkelkärnig RNA-sekvensering
Utvecklingen av encellsinfångning och anpassade bibliotekskonstruktionstekniker, i kombination med högkapacitetssekvensering, har revolutionerat genuttrycksstudier på cellnivå. Detta genombrott möjliggör djupare och mer omfattande analys av komplexa cellpopulationer, vilket övervinner de begränsningar som är förknippade med att medelvärdesberäkna genuttryck över alla celler och bevarar den verkliga heterogeniteten inom dessa populationer. Även om encells-RNA-sekvensering (scRNA-seq) har obestridliga fördelar, stöter den på utmaningar i vissa vävnader där skapandet av en encellssuspension visar sig vara svårt och kräver färska prover. På BMKGene tar vi itu med detta hinder genom att erbjuda encells-RNA-sekvensering (snRNA-seq) med hjälp av den toppmoderna 10X Genomics Chromium-tekniken. Denna metod breddar spektrumet av prover som är mottagliga för transkriptomanalys på encellsnivå.
Isoleringen av cellkärnor sker med hjälp av det innovativa 10X Genomics Chromium-chippet, som har ett åttakanaligt mikrofluidiksystem med dubbla korsningar. Inom detta system inkapslas gelkulor som innehåller streckkoder, primers, enzymer och en enda cellkärna i nanoliterstora oljedroppar, vilket bildar Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Efter GEM-bildning sker cellys och frisättning av streckkoder i varje GEM. Därefter genomgår mRNA-molekyler omvänd transkription till cDNA, som innehåller 10X-streckkoder och unika molekylära identifierare (UMI). Dessa cDNA utsätts sedan för standardsekvenseringsbibliotekskonstruktion, vilket underlättar en robust och omfattande undersökning av genuttrycksprofiler på encellsnivå.
Plattform: 10× Genomics Chromium och Illumina NovaSeq-plattform
-
Fulllängds mRNA-sekvensering - Nanopore
Medan NGS-baserad mRNA-sekvensering är ett mångsidigt verktyg för att kvantifiera genuttryck, begränsar dess beroende av korta avläsningar dess effektivitet i komplexa transkriptomiska analyser. Å andra sidan använder nanoporesekvensering långa avläsningstekniker, vilket möjliggör sekvensering av mRNA-transkript i full längd. Denna metod underlättar en omfattande utforskning av alternativ splitsning, genfusioner, polyadenylering och kvantifiering av mRNA-isoformer.
Nanoporesekvensering, en metod som bygger på realtidselektriska signaler från enskilda nanoporemolekyler, ger resultat i realtid. Styrt av motorproteiner binder dubbelsträngat DNA till nanoporeproteiner inbäddade i en biofilm och rullas upp när det passerar genom nanoporekanalen under en spänningsskillnad. De distinkta elektriska signaler som genereras av olika baser på DNA-strängen detekteras och klassificeras i realtid, vilket underlättar noggrann och kontinuerlig nukleotidsekvensering. Denna innovativa metod övervinner begränsningar med kort avläsning och tillhandahåller en dynamisk plattform för komplicerad genomanalys, inklusive komplexa transkriptomiska studier, med omedelbara resultat.
Plattform: Nanopore PromethION 48
-
Fullängds mRNA-sekvensering - PacBio
Medan NGS-baserad mRNA-sekvensering är ett mångsidigt verktyg för att kvantifiera genuttryck, begränsar dess beroende av korta avläsningar dess användning i komplexa transkriptomiska analyser. Å andra sidan använder PacBio-sekvensering (Iso-Seq) långtidsavläsningsteknik, vilket möjliggör sekvensering av mRNA-transkript i full längd. Denna metod underlättar en omfattande utforskning av alternativ splitsning, genfusioner och polyadenylering. Det finns dock andra alternativ för kvantifiering av genuttryck på grund av den stora mängd data som krävs. PacBios sekvenseringsteknik förlitar sig på SMRT-sekvensering (enmolekylär realtidssekvensering), vilket ger en tydlig fördel vid infångning av mRNA-transkript i full längd. Denna innovativa metod innebär att man använder nollmodsvågledare (ZMW) och mikrofabricerade brunnar som möjliggör realtidsobservation av DNA-polymerasaktivitet under sekvensering. Inom dessa ZMW syntetiserar PacBios DNA-polymeras en komplementär DNA-sträng, vilket genererar långa avläsningar som sträcker sig över hela mRNA-transkriptet. PacBios drift i cirkulärt konsensussekvenseringsläge (CCS) förbättrar noggrannheten genom att upprepade gånger sekvensera samma molekyl. De genererade HiFi-avläsningarna har en noggrannhet jämförbar med NGS, vilket ytterligare bidrar till en omfattande och tillförlitlig analys av komplexa transkriptomiska egenskaper.
Plattform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryot mRNA-sekvensering-NGS
mRNA-sekvensering är en teknik som använder nästa generations sekvensering för att avslöja närvaron och mängden RNA-molekyler i ett biologiskt prov, vilket ger en ögonblicksbild av genuttrycket i provet.
Med sina breda tillämpningar avslöjar detta banbrytande verktyg invecklade genuttrycksprofiler, genstrukturer och molekylära mekanismer som är associerade med olika biologiska processer.
Denna teknik används ofta inom forskning, klinisk diagnostik och läkemedelsutveckling, eftersom den ger insikter i celldynamikens och genetiska regleringens komplexitet, vilket ger en stabil grund för att väcka nyfikenhet kring dess potential inom olika områden.
Tillgängliga plattformar: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Icke-referensbaserad mRNA-sekvensering-NGS
mRNA-sekvensering möjliggör omfattande profilering av alla mRNA-transkript i celler under specifika förhållanden. Denna banbrytande teknik fungerar som ett kraftfullt verktyg som avslöjar invecklade genuttrycksprofiler, genstrukturer och molekylära mekanismer associerade med olika biologiska processer. mRNA-sekvensering, som används i stor utsträckning inom grundforskning, klinisk diagnostik och läkemedelsutveckling, ger insikter i komplexiteten hos celldynamik och genetisk reglering.
Plattform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Lång icke-kodande sekvensering - Illumina
Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är längre än 200 nukleotider, har minimal kodningspotential och är centrala element inom icke-kodande RNA. Dessa RNA, som finns i cellkärnan och cytoplasman, spelar avgörande roller i epigenetisk, transkriptionell och posttranskriptionell reglering, vilket understryker deras betydelse för att forma cellulära och molekylära processer. LncRNA-sekvensering är ett kraftfullt verktyg inom celldifferentiering, ontogenes och mänskliga sjukdomar.
Plattform: Illumina NovaSeq X
-
Liten RNA-sekvensering - Illumina
Litet RNA är en grupp RNA-molekyler som inkluderar mikroRNA (miRNA), små interfererande RNA (siRNA) och piwi-interagerande RNA (piRNA). Bland dessa är miRNA, cirka 18–25 nukleotider långa, särskilt anmärkningsvärda för sina centrala reglerande roller i olika cellulära processer. Med vävnadsspecifika och stadiumspecifika uttrycksmönster uppvisar miRNA hög konservering över olika arter.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA-sekvensering-Illumina
Cirkulär RNA-sekvensering (circRNA-seq) profilerar och analyserar cirkulära RNA, en klass av RNA-molekyler som bildar slutna loopar på grund av icke-kanoniska splitsningshändelser, vilket ger detta RNA ökad stabilitet. Medan vissa circRNA har visat sig fungera som mikroRNA-svampar, som binder mikroRNA och hindrar dem från att reglera sina mål-mRNA, kan andra circRNA interagera med proteiner, modulera genuttryck eller ha roller i cellulära processer. CirRNA-uttrycksanalys ger insikter i dessa molekylers reglerande roller och deras betydelse i olika cellulära processer, utvecklingsstadier och sjukdomstillstånd, vilket bidrar till en djupare förståelse av komplexiteten i RNA-reglering i samband med genuttryck.
Plattform: Illumina Novaseq X
-
Heltranskriptomsekvensering – Illumina
Wole-transkriptomsekvensering erbjuder en omfattande metod för att profilera olika RNA-molekyler, som omfattar kodande (mRNA) och icke-kodande RNA (lncRNA, circRNA och miRNA). Denna teknik fångar hela transkriptomet hos specifika celler vid en given tidpunkt, vilket möjliggör en helhetssyn på cellulära processer.
Tillgängliga plattformar: Illumina Novaseq X
