Lång icke-kodande sekvensering - Illumina
Servicefördelar
●Gemensam analys av mRNA och lncRNAGenom att kombinera kvantifiering av mRNA-transkript med studiet av lncRNA och deras målproteiner är det möjligt att få en djupgående översikt över den regleringsmekanismen som ligger bakom det cellulära svaret.
●Omfattande expertisVi har bearbetat över 230 000 prover, som spänner över olika prov- och projektmål. Vi bidrar med vår breda expertis till varje projekt.
●Gemensam analys av mRNA och lncRNAVi kombinerar kvantifiering av mRNA-transkript med studiet av lncRNA och deras mål, vilket gör det möjligt att få en djupgående översikt över den regleringsmekanismen som ligger bakom det cellulära svaret.
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från provberedning till biblioteksberedning, sekvensering och bioinformatik. Vår noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
●Omfattande annoteringVi använder flera databaser för att funktionellt annotera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalyser. Denna omfattande metod ger insikter i de cellulära och molekylära processer som ligger bakom transkriptomresponsen, vilket säkerställer att du får all möjlig information om ditt experiments data.
●Support efter försäljningVi förstår hur viktigt det är att vara närvarande, därför sträcker sig vårt engagemang bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderade uppgifter | Datakvalitetskontroll |
| rRNA-utarmat riktningsbibliotek | Illumina PE150 | 10–16 GB | Q30≥85% |
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 450 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 600 mg
Ben, hår eller hud: 1,5 g
● Leddjur:
Insekter: 9 g
Kräftdjur: 450 mg
● Helblod:2 rör
● Celler: 106 celler
● Serum och plasma: 6 ml
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Bioinformatik
- Rådata
- Datakvalitetskontroll
- Genomjustering
- Genstruktur (alternativ splitsning, genstrukturoptimering och ny genprediktion)
- Kvantifiering av genuttryck
- Differentiell uttrycksanalys
- DEG-annotering och anrikning + Differentiell uttryckta lncRNA-målgener
- Identifiering av transkription
- lncRNA-identifiering (lncRNA-konservering och känt lncRNA)
- lncRNA-målgener förutsägelse
- lncRNA-uttryckskvantifiering
- Gemensam analys med mRNA-data
Differentiell genuttrycksanalys (DEG)
Kvantifiering av lncRNA-uttryck – klusterbildning
Anrikning av lncRNA-målgener
Analys av gemensam mRNA- och lncRNA-position – Circos-diagram (mittcirkeln är mRNA och inre cirkeln är lncRNA)
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes lncRNA-sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Ji, H. et al. (2020) 'Identifiering, funktionell prediktion och verifiering av viktig lncRNA av köldstressrelaterade lncRNA i råttlever',Vetenskapliga rapporter2020 10:1, 10(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Integrativ transkriptomisk analys avslöjar immunmekanismen för en CyHV-3-resistent vanlig karpstam',Gränser inom immunologi, 12, sid. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omiks-integrationsbaserad prioritering av konkurrerande endogena RNA-regleringsnätverk i småcellig lungcancer: Molekylära egenskaper och läkemedelskandidater',Gränser inom onkologi, 12, sid. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Genetisk dissektion av genkoexpressionsnätverket som ligger till grund för fotosyntes i Populus',Tidskrift för växtbioteknik, 18(4), s. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Ett globalt regleringsnätverk för dysreglerat genuttryck och onormal metabolisk signalering i immunceller i mikromiljön vid Graves sjukdom och Hashimotos tyreoidit',Gränser inom immunologi13, sid. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
