Metagenomik (NGS)

Hagelgevärsmetagenomik med Illumina är ett populärt verktyg för att studera mikrobiom genom att direktsekvensera DNA från komplexa prover, vilket möjliggör studier av både taxonomisk och funktionell mångfald. BMKClouds metagenomiska (NGS) pipeline börjar med kvalitetskontroll och metagenomsammansättning, från vilken gener förutsägs och klustras till icke-redundanta datamängder som annoteras för funktion och taxonomi med hjälp av flera databaser. Denna information används för att analysera taxonomisk mångfald inom prover (alfa-mångfald) och mellan prover (beta-mångfald). Differentiell analys mellan grupper hittar OTU:er och biologiska funktioner som skiljer sig mellan de två grupperna med hjälp av både parametriska och icke-parametriska tester, medan korrelationsanalys relaterar dessa skillnader till miljöfaktorer.