Metagenomics (NGS)

Shotgun metagenomics med Illumina är ett populärt verktyg för att studera mikrobiomer genom att direkt sekvensera DNA från komplexa prover, vilket möjliggör studier av både taxonomisk och funktionell mångfald. BMKCloud metagenomic (NGS) pipeline börjar med kvalitetskontroll och metagenommontering, varifrån gener förutsägs och klustras till icke-redundanta datauppsättningar som är kommenterade för funktion och taxonomi med hjälp av flera databaser. Denna information används för att analysera taxonomisk mångfald inom urvalet (alfa-diversitet) och diversitet mellan urvalet (beta-diversitet). Differentialanalys mellan grupper finner OTU och biologiska funktioner som skiljer sig mellan de två grupperna med både parametriska och icke-parametriska tester, medan korrelationsanalys relaterar dessa skillnader till miljöfaktorer.