Jämförande genomik
Servicefördelar
●Omfattande expertis och publikationshistorikAckumulerat har BMKGene slutfört över 90 jämförande genomikprojekt, med en kumulativ effektfaktor på 900.
●Omfattande bioinformatisk analysAnalyspaketet innehåller de åtta vanligaste analyserna, vilket ger väl utformade publiceringsklara siffror och möjliggör en enkel tolkning av resultaten.
●Mycket kompetent bioinformatikteam och kort analyscykelMed stor erfarenhet av jämförande genomisk analys uppfyller BMKGenes team olika personliga analysbehov på kort tid.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Servicespecifikationer
| Beräknad leveranstid | Antal arter | Analyser |
| 30 arbetsdagar | 6–12 | Genfamiljekluster Genfamiljens expansion och sammandragning Fylogenetisk trädkonstruktion Uppskattning av divergenstid (fossilkalibrering krävs) LTR-insättningstid (för växter) Helgenomduplikation (för växter) Selektivt tryck Syntenyanalys |
Bioinformatiska analyser
● Genfamilj
● Fylogenetik
● Divergenstid
● Selektivt tryck
● Syntenianalys
Provkrav och leverans
Exempelkrav:
Vävnad eller DNA för genomsekvensering och sammansättning
För vävnad
| Art | Vävnad | Undersökning | PacBio CCS |
| Djur | Visceral vävnad | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Muskelvävnad | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Däggdjursblod | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Blod från fjäderfä/fisk | |||
| Plantera | Färska blad | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Kronblad/Stjälk | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Rot/frö | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Celler | Odlad cell | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Genomsekvensfiler (.fasta) och annoteringsfiler (.gff3) för närbesläktade arter
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
*Demoresultaten som visas här är alla från genom publicerade med Biomarker Technologies
1. Uppskattning av LTR-insättningstid: Figuren visar en unik bimodal fördelning av LTR-RT-insättningstider i Weining råggenomet, jämfört med andra arter. Den senaste toppen inträffade för cirka 0,5 miljoner år sedan.
Li Guang m.fl.,Naturgenetik, 2021
2. Fylogeni och genfamiljeanalys av chayote (Sechium edule): Genom att analysera chayote och de andra 13 besläktade arterna i genfamiljen, fann man att chayote var närmast besläktad med ormkalebassen (Trichosanthes anguina). Chayote härstammar från ormkalebassen för cirka 27-45 miljoner år sedan och helgenomduplikation (WGD) observerades i chayote för 25 ± 4 miljoner år sedan, vilket är den tredje WGD-händelsen hos cucuibitaceae.
Fu A m.fl.,Trädgårdsforskning, 2021
3. Syntenanalys: Vissa gener relaterade till fytohormoner i fruktutveckling hittades i chayote, ormgurka och squash. Korrelationen mellan chayote och squash är något högre än den mellan chayote och ormgurka.
Fu A m.fl.,Trädgårdsforskning, 2021
4. Genfamiljeanalys: KEGG-anrikning av genfamiljeexpansion och -kontraktion i G.thurberi- och G.davidsonii-genom visade att gener relaterade till steroidbiosyntes och brassinosteroidbiosyntes expanderade.
Yang Z m.fl.,BMC-biologi, 2021
5. Analys av helgenomduplikation: 4DTV- och Ks-distributionsanalys visade duplikationshändelser i helgenom. Toppar inom arter visade duplikationshändelser. Toppar mellan arter visade artbildningshändelser. Analysen indikerade att O. europaea, jämfört med de andra tre närbesläktade arterna, genomgick en storskalig genduplicering på senare tid.
Rao G m.fl.Trädgårdsforskning, 2021
BMK-fallet
Ros utan tagg: genomiska insikter kopplade till fuktanpassning
Publicerad: Nationell vetenskapsöversikt, 2021
Sekvenseringsstrategi:
BasyesTaggfri' (R.)Wichurainan) genom:
Cirka 93 X PacBio + cirka 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Viktiga resultat
1. Ett högkvalitativt R.wichuraiana-genom konstruerades med hjälp av långtidssekvenseringstekniker, vilket gav en sammansättning på 530,07 Mb (uppskattad genomstorlek var cirka 525,9 Mb med flödescytometri och 525,5 Mb med genomundersökning; heterozygositeten var cirka 1,03 %). BUSCO:s uppskattade poäng var 93,9 %. Jämfört med "Old blush" (haploOB) bekräftades kvaliteten och fullständigheten hos detta genom genom basnoggrannhet för enskilda baser och LTR-sammansättningsindex (LAI = 20,03). R.wichuraiana-genomet innehåller 32 674 proteinkodande gener.
2. Multiomik-gemensam analys, bestående av jämförande genomik, transkriptomik och QTL-analys av den genetiska populationen, avslöjade den avgörande artbildningen mellan R. wichuraiana och Rosa chinensis. Dessutom var uttrycksvariationer av besläktade gener i QTL sannolikt associerade med stamtaggmönster.
Jämförande genomisk analys mellan Basye's Thornless och Rosa chinensis, inklusive syntenianalys, genfamiljekluster, expansions- och kontraktionsanalys, avslöjade ett stort antal variationer relaterade till avgörande egenskaper hos rosor. Den unika expansionen i NAC- och FAR1/FRS-genfamiljen var mycket sannolikt associerad med resistens mot svartfläck.
Jämförande genomanalys mellan BT- och haploOB-genom.
Zhong, M., et al. ”Ros utan tagg: genomiska insikter kopplade till fuktanpassning”Nationell vetenskapsöversikt, 2021;, nwab092.
