Fulllängds mRNA-sekvensering - Nanopore
Drag
● Infångning av poly-A mRNA följt av cDNA-syntes och biblioteksberedning
● Sekvensering av transkripten i full längd
● Bioinformatisk analys baserad på anpassning till ett referensgenom
● Bioinformatisk analys inkluderar inte bara uttryck på gen- och isoformnivå utan även analys av lncRNA, genfusioner, polyadenylering och genstruktur
Servicefördelar
●Kvantifiering av uttryck på isoformnivåmöjliggör detaljerad och noggrann expressionsanalys, vilket avslöjar förändringar som kan maskeras vid analys av hela genuttrycket
●Minskade databehov:Jämfört med nästa generations sekvensering (NGS) uppvisar nanoporesekvensering lägre datakrav, vilket möjliggör motsvarande nivåer av genuttryckskvantifieringsmättnad med mindre data.
●Högre noggrannhet i uttryckskvantifieringbåde på gen- och isoformnivå
●Identifiering av ytterligare transkriptomisk informationalternativ polyadenylering, fusionsgener och lcnRNA och deras målgener
●Omfattande expertisVårt team bidrar med en mängd erfarenhet till varje projekt, efter att ha slutfört över 850 Nanopore-transkriptomprojekt i full längd och bearbetat över 8 000 prover.
●Support efter försäljningVårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| Poly A-berikad | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Genomsnittlig kvalitetspoäng: Q10 |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | För växter: RIN≥7,0; För djur: RIN ≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 300 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 450 mg
Ben, hår eller hud: 1 g
● Leddjur:
Insekter: 6 g
Kräftdjur: 300 mg
● Helblod1 rör
● Celler: 106 celler
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Nukleotider:
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Servicearbetsflöde
Vävnad:
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
● Bearbetning av rådata
● Identifiering av transkription
● Alternativ skarvning
● Uttryckskvantifiering på gennivå och isoformnivå
● Differentiell uttrycksanalys
● Funktionsannotering och anrikning (DEG och DET)
Alternativ skarvningsanalys
Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
lncRNA-prediktion
Annotering av nya gener
Kluster av DET:er
Protein-proteinnätverk i DEG
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes Nanopore mRNA-sekvenseringstjänster i full längd genom en kuraterad samling publikationer.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetisk och transkriptionell aktivering av det sekretoriska kinaset FAM20C som en onkogen i gliom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Fulllängdstranskriptomsekvensering av lymfocyter som svarar på IFN-γ avslöjar ett Th1-snedvridet immunsvar hos flundra (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, s. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Jämförande analys av PacBio- och ONT-RNA-sekvenseringsmetoder för identifiering av gift hos Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-seq-analys avslöjar olika funktionella tendenser mellan exosomer och mikrovesiklar härledda från hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), s. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
