Eukaryot mRNA-analys (referensbaserade och de novo-alternativ tillgängliga)
Denna pipeline använder NGS RNA-Seq-data som indata och producerar resultat från flera nedströmsanalyser inklusive men inte begränsat till: bedömning av kvaliteten på sekvenseringsdata,på nyttannotering av transkriptionsställen, variabel splitsningsanalys, differentiell uttrycksanalys, funktionsannotering och anrikningsanalys.
Lång icke-kodande RNA-analys
Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är icke-kodande transkript med längder längre än 200 nt och kända för att spela en roll i kromatinorganisation och reglering. Högkapacitetssekvenseringstekniker och bioinformatik har stärkt vår förståelse av lncRNA-sekvenser och positionsinformation för att identifiera lncRNA med avgörande reglerande funktioner. Denna pipeline tillhandahåller lncRNA-analys utöver analyser som nämns i pipeline för eukaryot mRNA-analys.
16S/18S/ITS amplikonsekvensering
Amplicon Sequencing-pipelinen för mikrobiell mångfaldsanalys utvecklades baserat på många års erfarenhet av projektanalys av mikrobiell mångfald. Pipelinen innehåller standardiserad grundanalys, som täcker det vanliga analysinnehållet i aktuell mikrobiell forskning och personlig analys. Analysrapporten är rik och omfattande, med möjlighet att utföra diverse personliga analyser. Dessutom kan prover och grupper modifieras under ledning för ytterligare anpassning och kontroll.
Analys av hagelgevärsmetagenomik
Pipelinen för Shotgun Metagenomic Analysis använder NGS-data från blandade genomiska material utvunna från miljöprover. Inkluderade analyser ger detaljerad information om artmångfald och förekomst, populationsstruktur, fylogenetiskt samband, funktionella gener och korrelationsnätverk med miljöfaktorer.
NGS-WGS-variantanalys
NGS-WGS Variant Analysis är en integrerad variantdetekteringspipeline som utför datakvalitetskontroll, sekvensjustering, annotering och genmutationsanalys. Pipelinen följer GATK:s bästa praxis för SNP- och InDel-detektion och använder Manta för strukturell variantanropning.
Genomomfattande associationsstudie (GWAS)
GWAS-pipelinen är en nedströmsanalys som tar tidigare genererade VCF-filer och motsvarande fenotypdata för en kohort av individer som input. Med hjälp av specifika statistiska metoder syftar GWAS till att avslöja genomomfattande nukleotidvariationer korrelerade med fenotypiska skillnader. Den spelar en avgörande roll i att utforska funktionella gener associerade med komplexa mänskliga sjukdomar och invecklade egenskaper hos växter och djur.
Bulksegregeringsanalys (BSA)
BSA-analys innebär att man samlar individer med extrema fenotypiska egenskaper från en segregerande population. Genom att jämföra differentiella loci mellan de poolade proverna identifierar denna metod snabbt nära sammanlänkade molekylära markörer associerade med målgener. Den används ofta vid genetisk kartläggning av växter och djur och är ett värdefullt verktyg för markörassisterad avel.
Evolutionär genetisk analys
Arbetsflödet för evolutionär genetisk analys utnyttjar BMKGENEs omfattande erfarenhet av genetiska evolutionsprojekt och inkluderar fylogenetisk trädkonstruktion, analys av kopplingsobalans, bedömning av genetisk mångfald, selektiv svepidentifiering, släktskapsanalys, analys av principala komponenttyper och karakterisering av populationsstruktur.
