Icke-referensbaserad mRNA Sequencing-Illumina

Icke-referensbaserad mRNA-sekvensering-Illumina utvald bild

mRNA-sekvensering använder nästa generations sekvenseringsteknik (NGS) för att fånga budbärar-RNA (mRNA) från eukaryot vid en viss period som vissa speciella funktioner aktiveras.Det längsta transkriptet splitsade kallades "Unigene" och användes som referenssekvens för efterföljande analys, vilket är ett effektivt sätt att studera artens molekylära mekanism och reglerande nätverk utan referens.

Efter transkriptomdatasammansättning och unigen funktionell annotering

(1)SSR-analys, CDS-prediktion och genstruktur kommer att utföras.

(2) Kvantifiering av unigen uttryck i varje prov kommer att utföras.

(3) Differentiellt uttryckta unigener mellan prover (eller grupper) kommer att upptäckas baserat på unigenexpression

(4)Klustering, funktionell annotering och anrikningsanalys av differentiellt uttryckta unigener kommer att utföras

Kontakta oss

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demoresultat

Fallstudie

Funktioner

● Oberoende av referensgenom,

● Data kan användas för att analysera strukturen och uttrycket av transkriptioner

● Identifiera variabla klippplatser

Servicefördelar

● BMKCloud-baserad resultatleverans: Resultaten levereras som datafil och interaktiv rapport via BMKCloud-plattformen, vilket möjliggör användarvänlig läsning av komplexa analysresultat och anpassad datautvinning på grundval av standard bioinformatikanalys.

● Eftermarknadstjänster: Eftermarknadstjänster giltiga i 3 månader efter avslutat projekt, inklusive projektuppföljning, felsökning, resultat Frågor och svar, etc.

Exempel på krav och leverans

Exempelkrav:

Nukleotider:

Konc.(ng/μl)

Mängd (μg)

Renhet

Integritet

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen.

För växter: RIN≥6,5;

För djur: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

begränsad eller ingen baslinjehöjning

Vävnad: Vikt (torr): ≥1 g
*För vävnad som är mindre än 5 mg rekommenderar vi att du skickar snabbfryst (i flytande kväve) vävnadsprov.

Cellsuspension: Cellantal = 3×10⁷
*Vi rekommenderar att du skickar fruset cellysat.Om cellen räknas mindre än 5×10⁵, snabbfryst i flytande kväve rekommenderas.

Blodprover:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol och 2mL blod (TRIzol:Blod=3:1)

Rekommenderad provleverans

Behållare:
2 ml centrifugrör (stålfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Sändning:
1.Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2.RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.

Service Arbetsflöde

Experimentdesign

Provleverans

RNA-extraktion

Byggande av bibliotek

Sekvensering

Dataanalys

Service efter försäljning

Tidigare: Lång icke-kodande sekvensering-Illumina

Nästa: Eukaryot mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatik

1.mRNA(denovo) Monteringsprincip

Genom Trinity fragmenteras läsningar i mindre bitar, kända som K-mer.Dessa K-merer används sedan som frön för att förlängas till contigs och sedan komponent baserat på contig överlappningar.Slutligen användes De Bruijn här för att känna igen transkriptioner i komponenterna.

mRNA-(De-novo)-Översikt-av-Trinity

mRNA (De novo) Översikt över Trinity

2.mRNA (De novo) distribution av genuttrycksnivå

RNA-Seq kan uppnå en mycket känslig uppskattning av genuttryck.Normalt sträcker sig det detekterbara intervallet för transkriptuttryck FPKM från 10^-2 till 10^6

mRNA-(De-novo)-fördelning-av-FPKM-densitet-i-varje-prov

mRNA (De novo) Fördelning av FPKM-densitet i varje prov

3.mRNA (De novo) GO anrikningsanalys av DEG

Databasen GO (Gene Ontology) är ett strukturerat biologiskt anteckningssystem som innehåller ett standardordförråd över gen- och genprodukters funktioner.Den innehåller flera nivåer, där ju lägre nivån är, desto mer specifika är funktionerna.

mRNA-(De-novo)-GO-klassificering-av-DEGs-på-andra-nivå

mRNA (De novo) GO-klassificering av DEG på andra nivån

BMK Fall

Transkriptomanalys av sackarosmetabolism under bulbsvallning och utveckling i lök (Allium cepa L.)

Publicerad: gränser inom växtvetenskapen2016

Sekvenseringsstrategi

Illumina HiSeq2500

Provsamling

Utah Yellow Sweet Spain-kultivaren "Y1351" användes i denna studie.Antalet insamlade prover var
15:e dagen efter svullnad (DAS) av löken (2 cm diameter och 3–4 g vikt), 30:e DAS (5 cm diameter och 100–110 g vikt) och ~3 på den 40:e DAS (7 cm diameter och 260–300 gram).

Nyckelresultat

1. i Venn-diagrammet detekterades totalt 146 grader över alla tre par av utvecklingsstadier
2. "Kolhydrattransport och metabolism" representerades av endast 585 unigener (dvs. 7 % av den annoterade COG).
3. Unigenes som framgångsrikt annoterats till GO-databasen klassificerades i tre huvudkategorier för de tre olika stadierna av lökens utveckling.Mest representerade i huvudkategorin "biologisk process" var "metabolisk process", följt av "cellulär process".I huvudkategorin "molekylär funktion" var de två kategorierna mest representerade "bindande" och "katalytisk aktivitet".

Histogram av kluster av ortologa grupper (COG) klassificering

Histogram of genontology (GO) klassificering för unigener härledda från lökar i tre utvecklingsstadier

Venn-diagram som visar gener differentiellt uttryckta i två olika stadier av löklökutveckling

Referens

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transkriptomanalys av sackarosmetabolism under bulbsvallning och utveckling i lök (Allium cepa L.)[J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425