Icke-referensbaserad mRNA-sekvensering-NGS
Drag
● Infångning av poly-mRNA före biblioteksberedning
● Oberoende av referensgenom: baserat på de novo-sammansättning av transkript, generering av en lista över unikener som är annoterade med flera databaser (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Omfattande bioinformatisk analys av genuttryck och transkriptstruktur
Servicefördelar
●Omfattande expertisMed en meritlista av att bearbeta över 600 000 prover på BMKGENE, som spänner över olika provtyper som cellkulturer, vävnader och kroppsvätskor, bidrar vårt team med en mängd erfarenhet till varje projekt. Vi har framgångsrikt avslutat över 100 000 mRNA-Seq-projekt inom olika forskningsområden.
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från prov- och biblioteksberedning till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
● Omfattande annoteringVi använder flera databaser för att funktionellt annotera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter i de cellulära och molekylära processer som ligger bakom transkriptomsvaret.
●Support efter försäljningVårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| Poly A-berikad | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | För växter: RIN≥4,0; För djur: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 300 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 450 mg
Ben, hår eller hud: 1 g
● Leddjur:
Insekter: 6 g
Kräftdjur: 300 mg
● Helblod1 rör
● Celler: 106 celler
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Bioinformatik
Transkriptommontering och unikenval
Unigene-annotering
Provkorrelation och bedömning av biologiska replikat
Differentiellt uttryckta gener (DEG)
Funktionell annotering av DEG:er
Funktionell anrikning av DEG
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes eukaryota NGS mRNA-sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transkriptomsammansättning och könsförvrängt genuttryck i gonaderna hos amurmal (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), s. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptomanalys av sackarosmetabolism under löksvullnad och utveckling hos lök (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (september), s. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo-sammansättning, karakterisering och annotering för transkriptomet hos Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transkriptomanalys ger insikter i salttoleransen hos Podocarpus macrophyllus under saltstress', BMC Plant Biology, 21(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
