Heltranskriptomsekvensering – Illumina
Drag
● Generering av dubbelbibliotek för att sekvensera hela transkriptomet: rRNA-utarmningsbibliotek och beredning av litet RNA-bibliotek.
● Fullständig bioinformatisk analys av mRNA, lncRNA, circRNA och miRNA i separata bioinformatiska rapporter, plus en gemensam analys med allt RNA-uttryck kombinerat, inklusive analys av ceRNA-nätverk.
Servicefördelar
●Omfattande expertisVi har bearbetat över 2100 kompletta transkriptomprojekt, som spänner över olika provtyper. Vi bidrar med vår breda expertis till varje projekt.
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från provberedning till biblioteksberedning, sekvensering och bioinformatik. Vår noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
●Omfattande annoteringVi använder flera databaser för att funktionellt annotera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalyser. Denna omfattande metod ger insikter i de cellulära och molekylära processer som ligger bakom transkriptomresponsen, vilket säkerställer att du får all möjlig information om ditt experiments data.
●Djupgående analys av regleringsnätverkceRNA-nätverksanalys möjliggörs genom gemensam sekvensering av mRNA, lncRNA, circRNA och miRNA samt genom ett uttömmande bioinformatiskt arbetsflöde.
●Support efter försäljningVi förstår hur viktigt det är att vara närvarande, därför sträcker sig vårt engagemang bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| rRNA utarmat | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Storlek vald | Illumina SE50 | 10–20 miljoner läsningar |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | RIN≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Bioinformatik
Utöver all analys av varje variant kombineras de fyra typerna av RNA i vår gemensamma analys:
- Samuttrycksanalys mellan alla olika typer av RNA-data
- Översikt över RNA-uttryck
- Översikt över differentialuttryck
- CeRNA-nätverket
- Viktiga gener integrerade i signalvägen
- Bevarandeanalys
- Målgruppsrelationer
Översikt över RNA-uttryck
Differentiellt uttryckta gener
ceRNA-analys
Differentiellt uttryckta miRNA och relaterade RNA
Utforska de forskningsframsteg som möjliggörs av BMKGene:s tjänster för transkriptomsekvensering genom en kuraterad samling publikationer.
Dai, Y. et al. (2022) 'Omfattande uttrycksprofiler av mRNA, lncRNA och miRNA vid Kashin-Becks sjukdom identifierade genom RNA-sekvensering',Molekylär omik, 18(2), s. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Fullständig transkriptomanalys av köldresistens hos Apis cerana i Changbai-berget under övervintringsperioden.'Gen, 830, s. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omiks-integrationsbaserad prioritering av konkurrerande endogena RNA-regleringsnätverk i småcellig lungcancer: Molekylära egenskaper och läkemedelskandidater',Gränser inom onkologi, 12, sid. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Integrerad analys av lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-uttrycksprofilerna avslöjar nya insikter i potentiella mekanismer som svar på rotknutnematoder i jordnötter',BMC-genomik, 23(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Heltranskriptom-RNA-sekvensering belyser de molekylära mekanismer som är associerade med upprätthållandet av kvaliteten efter skörd hos broccoli genom bestrålning med röd LED',Biologi och teknologi efter skörd, 188, s. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
