Hela transkriptomsekvensering – Illumina
Funktioner
● Dubbelt bibliotek för att sekvensera hela transkriptomet: rRNA-utarmning följt av PE150-biblioteksberedning och storleksval följt av SE50-biblioteksberedning
● Komplett bioinformatikanalys av mRNA, lncRNA, circRNA och miRNA i separata bioinformatikrapporter
● Gemensam analys av allt RNA-uttryck i kombinerad rapport, inklusive analys av ceRNA-nätverk.
Servicefördelar
●Fördjupad analys av regulatoriska nätverk: ceRNA-nätverksanalys möjliggörs av gemensam sekvensering av mRNA, lncRNA, circRNA och miRNA och av ett uttömmande bioinformatiskt arbetsflöde.
●Omfattande anteckning: vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter om de cellulära och molekylära processerna som ligger till grund för transkriptomsvaret.
●Omfattande expertis: med en meritlista av att framgångsrikt avsluta över 2000 hela transkriptomprojekt inom olika forskningsdomäner, tillför vårt team en mängd erfarenhet till varje projekt.
●Rigorös kvalitetskontroll: vi implementerar kärnkontrollpunkter i alla stadier, från prov- och biblioteksförberedelser till sekvensering och bioinformatik.Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av konsekvent högkvalitativa resultat.
● Omfattande anteckning: vi använder flera databaser för att funktionellt kommentera de differentiellt uttryckta generna (DEG) och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter om de cellulära och molekylära processerna som ligger till grund för transkriptomsvaret.
●Support efter försäljning: Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning.Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Data rekommenderas | Kvalitetskontroll |
| rRNA utarmat | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85 % |
| Storlek vald | Illumina SE50 | 10-20M läsningar |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | Växter: RIN≥6,5 Djur: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
Rekommenderad provleverans
Behållare:
2 ml centrifugrör (stålfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sändning:
1.Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2.RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Service arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Bioinformatik
Översikt över RNA-uttryck
Differentiellt uttryckta gener
ceRNA-analys
Differentiellt uttryckta miRNA och relaterade RNA
Utforska forskningsframstegen som underlättas av BMKGene's hela transkriptomsekvenseringstjänster genom en kurerad samling publikationer.
Dai, Y. et al.(2022) "Omfattande uttrycksprofiler av mRNA, lncRNA och miRNA i Kashin-Becks sjukdom identifieras genom RNA-sekvensering", Molecular Omics, 18(2), s. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Fullängds-transkriptomanalys av köldresistens hos Apis cerana i Changbai-berget under övervintringsperioden', Gene, 830, s. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics integrationsbaserad prioritering av konkurrerande nätverk för endogen RNA-reglering i småcellig lungcancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, sid.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) "Integrerad analys av lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-expressionsprofilerna avslöjar nya insikter om potentiella mekanismer som svar på rotknutnematoder i jordnöt", BMC Genomics, 23(1), s. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURE/7.
Yan, Z. et al.(2022) "Heltranskriptom-RNA-sekvensering belyser de molekylära mekanismer som är förknippade med upprätthållandet av efterskördkvalitet i broccoli genom röd LED-bestrålning", Postharvest Biology and Technology, 188, sid.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
