-
T2T-genomsamling | Ultralång sekvensering
T2T-genomet (Telomer-till-Telomer) är guldstandarden för högkvalitativ genomsammansättning, och hänvisar till gapfri eller gaplös genomrekonstruktion på kromosomskala som sträcker sig från en telomer till en annan, och bryter fragmenteringsgränserna för konventionell genomsammansättning.
Drivs av ONT:s ultralånga lässekvensering och integrerad med djupsekvensering på flera plattformar och optimerade bioinformatiska pipelines, riktar BMKGENES T2T-genomlösning in sig på de mest svårhanterliga genomiska "mörka regionerna" – telomerer (specialiserade nukleoproteinkomplex vid eukaryota kromosomändar), högre organismcentromerer (massiva tandemupprepningsarrayer) och andra komplexa upprepnings- och heterozygota haplotypregioner, vilka länge har varit oupplösliga för standard långläsningssekvensering. Till skillnad från konventionella långläsningar som inte korsar dessa regioner och orsakar sekvenskollaps eller chimära contigs, kan ONT:s ultralånga läsningar spänna över oassemblerbara gap och komplexa regioner. BMKGene har åtagit sig att leverera gapfria eller gaplösa, högkvalitativa T2T-genom för olika arter.
Konstruktionen av ett T2T-genom låser upp tidigare oåtkomliga komplexa genomiska regioner, fyller kritiska forskningsluckor och ger solida, högprecisionsbaserade data för djupgående studier inklusive artutveckling, funktionell genutvinning, molekylär förädling, precisionsmedicin och annan banbrytande vetenskaplig forskning.
-
Proteomik
Proteomik fokuserar på proteiner – utförarna av livsaktiviteter som spelar en avgörande roll i regleringen av organismers transkription. Den analyserar sammansättningen, uttrycksnivåerna och modifieringstillstånden hos alla dynamiskt föränderliga proteiner i vävnader eller celler, och tar itu med den betydande inverkan av proteomförbrukningsdynamiken på olika livsprocesser. Används i stor utsträckning inom medicin, jordbruk och djurhållning. Kvalitativ proteomik använder HPLC-MS/MS-proteinidentifieringsteknik för att identifiera prover, inklusive gelremsor, IP- och CO-IP/Pulldown-prover. Kvantitativ proteomik uppnår noggrann kvantifiering och identifiering av alla proteiner som uttrycks av ett genom eller i ett komplext blandat system. Nuvarande kvantitativa proteomiktekniker kategoriseras huvudsakligen i märkta (TMT) och märkningsfria (märkningsfria, DIA, PRM) metoder. BMKGENE tillhandahåller proteomiklösningar för flera plattformar och teknologier.
-
Metabolomik
Metabolomik, en nedströmsdisciplin inom genomik, inriktar sig huvudsakligen på småmolekylära substanser med en molekylvikt på mindre än 1500 Da. Den gör det möjligt för metaboliter att mer känsligt återspegla organismers reaktioner på externa stimuli och fysiologiska/patologiska förändringar. Genetiska variationer-inducerade förändringar i metabolitnivåer ligger också inom dess forskningsområde, vilket ger ett nytt forskningsperspektiv.
BMKGENE erbjuder ett komplett utbud av metabolomiktjänster, inklusive icke-riktad metabolomik, brett riktad metabolomik och riktad metabolomik. Med hjälp av vätskekromatografi-masspektrometri (LC-MS) eller gaskromatografi-masspektrometri (GC-MS) kan de dynamiska förändringarna i de flesta småmolekylära metaboliter i organismer före och efter extern stimulering detekteras. Kärnan i dessa tjänster ligger i att identifiera metaboliter med signifikanta skillnader mellan experiment- och kontrollgrupper och vidare utforska deras korrelation med fysiologiska/patologiska förändringar och de underliggande mekanismerna.
-
Exosomalt mRNA/LncRNA/CircRNA-sekvensering – Illumina
Exosomer är små vesiklar som utsöndras av celler, vanligtvis med en diameter från 30 till 100 nanometer. Dessa vesiklar innehåller olika RNA. Exosomer tros spela avgörande roller i intercellulär kommunikation, immunsvar och sjukdomsutveckling, och kan spridas till andra delar av kroppen genom kroppsvätskor som plasma, saliv och urin. De bär specifika biomolekyler för att reglera mottagarcellernas funktioner och påverka cellulära fysiologiska tillstånd. Exosomer anses också spela nyckelroller i sjukdomsutveckling, inklusive cancer, neurodegenerativa sjukdomar och inflammatoriska tillstånd. Forskning om exosomer erbjuder nya insikter och metoder för diagnos, behandling och förebyggande av sjukdomar.
-
Exosomal liten RNA-sekvensering - Illumina
Exosomer är små vesiklar som utsöndras av celler, vanligtvis med en diameter från 30 till 100 nanometer. Dessa vesiklar innehåller olika RNA. Bland RNA-typerna i exosomer är det vanligaste och mest studerade mikroRNA (miRNA). miRNA är en klass av icke-kodande små RNA som är ungefär 18–25 nukleotider långa. De medierar posttranskriptionell gensläckning genom att binda till den 3'-otranslaterade regionen (3' UTR) hos mål-mRNA, och därigenom reglera genuttryck. Till exempel innehåller exosomer som utsöndras av vissa tumörceller specifika miRNA, såsom miR-126 och miR-92a. Dessa miRNA kan påverka genuttryck i mottagarceller och främja tumörangiogenes (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Spatial Transkriptom
Spatial transkriptomik är en teknik som låter oss fånga och visualisera genuttryck i vävnader. Detta kan vara avgörande för att förstå hur celler interagerar.
Det finns olika plattformar för denna metod. BMKGene har utvecklat BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, en plattform som förbättrar teknikens prestanda, når subcellulär upplösning och möjliggör en upplösningsinställning på flera nivåer.
Detta chip omsluter 4,2 miljoner fläckar med hjälp av en patenterad teknik med mikrobrunnar lager av pärlor laddade med rumsligt streckkodade prober. Med denna metod erhåller vi, efter infångning och amplifiering, ett cDNA-bibliotek berikat med de streckkodade proverna som är Illumina-kompatibelt.
Kombinationen av spatial streckkod och UMI:er säkerställer att de genererade uppgifterna är noggranna och specifica. Genom att kombinera allt ovanstående erbjuder BMKManu en extremt mångsidig datainställning.
-
DNBSEQ-förberedda bibliotek
DNBSEQ, utvecklat av MGI, är en innovativ NGS-teknik som har lyckats minska sekvenseringskostnaderna ytterligare och öka genomströmningen. Beredning av DNBSEQ-bibliotek innefattar DNA-fragmentering, beredning av ssDNA och rullande cirkelamplifiering för att erhålla DNA-nanokulor (DNB). Dessa laddas sedan på en fast yta och sekvenseras därefter med kombinatorisk Probe-Anchor Synthesis (cPAS). DNBSEQ-tekniken kombinerar fördelarna med att ha en låg amplifieringsfelfrekvens med användning av högdensitetsfelmönster med nanokulor, vilket resulterar i sekvensering med högre genomströmning och noggrannhet.
Vår färdiga bibliotekssekvenseringstjänst gör det möjligt för kunder att förbereda Illumina-sekvenseringsbibliotek från olika källor (mRNA, helgenom, amplikon, 10x-bibliotek, bland annat), vilka konverteras till MGI-bibliotek i våra laboratorier för att sekvenseras i DNBSEQ-T7, vilket möjliggör stora datamängder till lägre kostnader.
-
Hi-C-baserad kromatininteraktion
Hi-C är en metod utformad för att fånga genomkonfiguration genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och högkapacitetssekvensering. Metoden är baserad på kromatintvärbindning med formaldehyd, följt av digestion och religering på ett sätt som gör att endast fragment som är kovalent länkade bildar ligeringsprodukter. Genom att sekvensera dessa ligeringsprodukter är det möjligt att studera genomets 3D-organisation. Hi-C möjliggör studier av fördelningen av de delar av genomet som är lätt packade (A-fack, eukromatin) och mer sannolikt är transkriptionellt aktiva, och de regioner som är mer tätt packade (B-fack, heterokromatin). Hi-C kan också användas för att lokalisera topologiskt associerade domäner (TAD), regioner i genomet som har veckade strukturer och sannolikt har liknande uttrycksmönster, och för att identifiera kromatinöglor, DNA-regioner som är förankrade tillsammans av proteiner och som ofta är berikade med reglerande element. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänst ger forskare möjlighet att utforska de rumsliga dimensionerna av genomik, vilket öppnar nya vägar för att förstå genomreglering och dess implikationer för hälsa och sjukdom.
-
PacBio 2+3 mRNA-lösning i full längd
Medan NGS-baserad mRNA-sekvensering är ett mångsidigt verktyg för att kvantifiera genuttryck, begränsar dess beroende av korta avläsningar dess effektivitet i komplexa transkriptomiska analyser. Å andra sidan använder PacBio-sekvensering (Iso-Seq) långläsningsteknik, vilket möjliggör sekvensering av mRNA-transkript i full längd. Denna metod underlättar en omfattande utforskning av alternativ splitsning, genfusioner och polyadenylering, även om det inte är det primära valet för kvantifiering av genuttryck. 2+3-kombinationen överbryggar klyftan mellan Illumina och PacBio genom att förlita sig på PacBio HiFi-avläsningar för att identifiera den kompletta uppsättningen transkriptisoformer och NGS-sekvensering för att kvantifiera identiska isoformer.
Plattformar: PacBio Revio och Illumina NovaSeq
-
Genomomfattande associationsanalys
Syftet med genomomfattande associationsstudier (GWAS) är att identifiera genetiska varianter (genotyper) kopplade till specifika egenskaper (fenotyper). Genom att granska genetiska markörer över hela genomet hos ett stort antal individer extrapolerar GWAS genotyp-fenotyp-associationer genom statistiska analyser på populationsnivå. Denna metod finner omfattande tillämpningar inom forskning om mänskliga sjukdomar och utforskande av funktionella gener relaterade till komplexa egenskaper hos djur eller växter.
På BMKGENE erbjuder vi två vägar för att utföra GWAS på stora populationer: att använda helgenomsekvensering (WGS) eller att välja en genomsekvenseringsmetod med reducerad representation, det egenutvecklade Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Medan WGS passar mindre genom, framstår SLAF som ett kostnadseffektivt alternativ för att studera större populationer med längre genom, vilket effektivt minimerar sekvenseringskostnaderna och garanterar en hög effektivitet i upptäckten av genetiska markörer.
-
Enkelkärnig RNA-sekvensering
Utvecklingen av encellsinfångning och anpassade bibliotekskonstruktionstekniker, i kombination med högkapacitetssekvensering, har revolutionerat genuttrycksstudier på cellnivå. Detta genombrott möjliggör djupare och mer omfattande analys av komplexa cellpopulationer, vilket övervinner de begränsningar som är förknippade med att medelvärdesberäkna genuttryck över alla celler och bevarar den verkliga heterogeniteten inom dessa populationer. Även om encells-RNA-sekvensering (scRNA-seq) har obestridliga fördelar, stöter den på utmaningar i vissa vävnader där skapandet av en encellssuspension visar sig vara svårt och kräver färska prover. På BMKGene tar vi itu med detta hinder genom att erbjuda encells-RNA-sekvensering (snRNA-seq) med hjälp av den toppmoderna 10X Genomics Chromium-tekniken. Denna metod breddar spektrumet av prover som är mottagliga för transkriptomanalys på encellsnivå.
Isoleringen av cellkärnor sker med hjälp av det innovativa 10X Genomics Chromium-chippet, som har ett åttakanaligt mikrofluidiksystem med dubbla korsningar. Inom detta system inkapslas gelkulor som innehåller streckkoder, primers, enzymer och en enda cellkärna i nanoliterstora oljedroppar, vilket bildar Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Efter GEM-bildning sker cellys och frisättning av streckkoder i varje GEM. Därefter genomgår mRNA-molekyler omvänd transkription till cDNA, som innehåller 10X-streckkoder och unika molekylära identifierare (UMI). Dessa cDNA utsätts sedan för standardsekvenseringsbibliotekskonstruktion, vilket underlättar en robust och omfattande undersökning av genuttrycksprofiler på encellsnivå.
Plattform: 10× Genomics Chromium och Illumina NovaSeq-plattform
-
Helgenomsekvensering av växter/djur
Helgenomsekvensering (WGS) är en teknik som används för att bestämma hela DNA-sekvensen i en organisms genom vid ett och samma tillfälle.
Vanligtvis delas tjänsten in i två olika grupper beroende på förekomsten av ett referensgenom:
- På nytthelgenomsekvensering.I den här situationen har det genom som ska sekvenseras inget referensgenom tillgängligt, och av den anledningen är syftet med sekvenseringen att generera det (eller att förbättra ett befintligt). Denna teknik behöver använda både Illumina-data och långtidssekvensering för att förbättra genomsammansättningen genom att skapa en överlappning mellan läsningarna.
- Omsekvensering.Det hänvisar till helgenomsekvensering av olika individer av arter med kända referensgenom. På grundval av detta kan de genomiska skillnaderna mellan individer eller populationer identifieras ytterligare.
-
Fulllängds mRNA-sekvensering - Nanopore
Medan NGS-baserad mRNA-sekvensering är ett mångsidigt verktyg för att kvantifiera genuttryck, begränsar dess beroende av korta avläsningar dess effektivitet i komplexa transkriptomiska analyser. Å andra sidan använder nanoporesekvensering långa avläsningstekniker, vilket möjliggör sekvensering av mRNA-transkript i full längd. Denna metod underlättar en omfattande utforskning av alternativ splitsning, genfusioner, polyadenylering och kvantifiering av mRNA-isoformer.
Nanoporesekvensering, en metod som bygger på realtidselektriska signaler från enskilda nanoporemolekyler, ger resultat i realtid. Styrt av motorproteiner binder dubbelsträngat DNA till nanoporeproteiner inbäddade i en biofilm och rullas upp när det passerar genom nanoporekanalen under en spänningsskillnad. De distinkta elektriska signaler som genereras av olika baser på DNA-strängen detekteras och klassificeras i realtid, vilket underlättar noggrann och kontinuerlig nukleotidsekvensering. Denna innovativa metod övervinner begränsningar med kort avläsning och tillhandahåller en dynamisk plattform för komplicerad genomanalys, inklusive komplexa transkriptomiska studier, med omedelbara resultat.
Plattform: Nanopore PromethION 48
