-
Genomomfattande associationsanalys
Genomomfattande associationsstudie (GWAS) syftar till att identifiera genetiska varianter (genotyp) som förknippas med specifika egenskaper (fenotyp).GWAS-studien undersöker genetiska markörer som korsar hela genomet hos ett stort antal individer och förutsäger genotyp-fenotypassociationer genom statistisk analys på populationsnivå.Det har använts i stor utsträckning i forskning om mänskliga sjukdomar och funktionell genutvinning på komplexa egenskaper hos djur eller växter.
-
Enkelkärniga RNA-sekvensering
Framstegen inom encellsfångande och individuell bibliotekskonstruktionsteknik i kombination med högkapacitetssekvensering möjliggör genuttrycksstudier på cell-för-cell-basis.Det möjliggör en djupare och komplett systemanalys av komplexa cellpopulationer, där den i stort sett undviker att maskera deras heterogenitet genom att ta medelvärdet av alla celler.
Vissa celler är dock inte lämpliga att göra om till encellssuspension, så andra provberedningsmetoder – kärnextraktion från vävnader behövs, det vill säga kärnan extraheras direkt från vävnader eller cell och prepareras till enkärnssuspension för enkel- cellsekvensering.
BMK tillhandahåller 10× Genomics ChromiumTM-baserad encellig RNA-sekvenseringstjänst.Denna tjänst har använts i stor utsträckning i studier av sjukdomsrelaterade studier, såsom immuncellsdifferentiering, tumörheterogenitet, vävnadsutveckling, etc.
Spatiellt transkriptomchip: 10× Genomics
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvensering av hela genomet av växter/djur
Återsekvensering av hela genomet, även känd som WGS, möjliggör avslöjande av både vanliga och sällsynta mutationer i hela genomet inklusive Single Nucleotide Polymorphism (SNP), InDel-deletion (InDel), Strukturvariation (SV) och Copy Number Variation (CNV) ).SV:er utgör en större del av variationsbasen än SNP:er och har en större inverkan på genomet, vilket har en betydande effekt på levande organismer.Långläst omsekvensering möjliggör mer exakt identifiering av stora fragment och komplicerade variationer eftersom långa avläsningar gör det mycket lättare att kromosomala korsningar över komplicerade regioner som tandemupprepningar, GC/AT-rika regioner och hypervariabla regioner.
Plattform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Rumslig organisation av celler spelar en avgörande roll i olika biologiska processer, såsom immuninfiltration, embryonutveckling, etc. Spatial transkriptomsekvensering, som indikerar genuttrycksprofilering samtidigt som information om rumslig position bibehålls, har gett stora insikter i vävnadsarkitektur på transkriptomnivå.Med utvecklingen av teknik måste den ultraklara vävnadsmorfologin och den verkliga strukturella skillnaden mellan rumsligt molekylärt uttryck studeras med högre upplösning.BMKGENE tillhandahåller omfattande, one-stop rumslig transkriptomsekvenseringstjänst från prover till biologiska insikter.
Spatial transcriptomics-teknologier gav nya perspektiv i olika forskningsarenor genom att lösa genuttrycksprofil med rumsligt innehåll i heterogena prover.
Spatiellt transkriptomchip: BMKMANU S1000
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression är en vanlig spatial transkriptomsekvenseringsteknologi för klassificering av vävnad baserat på totalt mRNA.Kartlägg hela transkriptomet med morfologiskt sammanhang för att upptäcka nya insikter om normal utveckling, sjukdomspatologi och klinisk translationell forskning.BMKGENE tillhandahåller omfattande, one-stop rumslig transkriptomsekvenseringstjänst från prover till biologiska insikter.
Spatial transcriptomics-teknologier gav nya perspektiv på olika forskningsarenor genom att lösa genuttrycksprofil med rumsligt innehåll i heterogena prover.
Spatiellt transkriptomchip: 10x Genomics Visium
Plattform:Illumina NovaSeq 6000
-
Fullängds mRNA-sekvensering-Nanopore
RNA-sekvensering har varit ett ovärderligt verktyg för omfattande transkriptomanalys.Utan tvivel har traditionell kortläst sekvensering uppnått många viktiga utvecklingar här.Ändå stöter det ofta på begränsningar i fullängds isoformidentifieringar, kvantifiering, PCR-bias.
Nanopore-sekvensering skiljer sig från andra sekvenseringsplattformar genom att nukleotiderna läses direkt utan DNA-syntes och genererar långa avläsningar vid tiotals kilobaser.Detta möjliggör direkt läsning som korsar fullängdsutskrifter och tar itu med utmaningarna i studier på isoformnivå.
Plattform:Nanopore PromethION
Bibliotek:cDNA-PCR
-
Fullängds mRNA-sekvensering -PacBio
De novofullängds transkriptomsekvensering, även känd somDe novoIso-Seq utnyttjar fördelarna med PacBio-sequencer i läslängd, vilket möjliggör sekvensering av fullängds cDNA-molekyler utan några avbrott.Detta undviker helt alla fel som genereras i transkriptmonteringsstegen och konstruerar unigenuppsättningar med upplösning på isoformnivå.Dessa unigenuppsättningar ger kraftfull genetisk information som "referensgenom" på transkriptomnivå.Dessutom, i kombination med nästa generations sekvenseringsdata, möjliggör denna tjänst en korrekt kvantifiering av uttryck på isoformnivå.
Plattform: PacBio Sequel IIBibliotek: SMRT bell library -
Eukaryot mRNA Sequencing-Illumina
mRNA-sekvensering möjliggör profilering av alla mRNA som transkripterats från celler under specifika förhållanden.Det är en kraftfull teknologi för att avslöja genuttrycksprofil, genstrukturer och molekylära mekanismer för vissa biologiska processer.Hittills har mRNA-sekvensering använts i stor utsträckning inom grundforskning, klinisk diagnostik, läkemedelsutveckling, etc.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Icke-referensbaserad mRNA Sequencing-Illumina
mRNA-sekvensering använder nästa generations sekvenseringsteknik (NGS) för att fånga budbärar-RNA (mRNA) från eukaryot vid en viss period som vissa speciella funktioner aktiveras.Det längsta transkriptet splitsade kallades "Unigene" och användes som referenssekvens för efterföljande analys, vilket är ett effektivt sätt att studera artens molekylära mekanism och reglerande nätverk utan referens.
Efter transkriptomdatasammansättning och unigen funktionell annotering
(1)SSR-analys, CDS-prediktion och genstruktur kommer att utföras.
(2) Kvantifiering av unigen uttryck i varje prov kommer att utföras.
(3) Differentiellt uttryckta unigener mellan prover (eller grupper) kommer att upptäckas baserat på unigenexpression
(4)Klustering, funktionell annotering och anrikningsanalys av differentiellt uttryckta unigener kommer att utföras
-
Lång icke-kodande sekvensering-Illumina
Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är en typ av RNA-molekyler med en längd som överstiger 200 nt, som kännetecknas av extremt låg kodningspotential.LncRNA, som en nyckelmedlem i icke-kodande RNA, finns huvudsakligen i kärna och plasma.Utvecklingen inom sekvenseringsteknologi och bioinformtik möjliggör identifiering av många nya lncRNA och associerar dem med biologiska funktioner.Ackumulativa bevis tyder på att lncRNA är brett involverat i epigenetisk reglering, transkriptionsreglering och post-transkriptionsreglering.
