Metagenomisk sekvensering -NGS
Ett metagenom är en samling av det totala genetiska materialet från en blandad gemenskap av organismer, såsom miljö- och mänskliga metagenom. Det innehåller genom från både odlingsbara och icke-odlingsbara mikroorganismer. Hagelgevärsmetagenomsekvensering med NGS möjliggör studier av dessa invecklade genomiska landskap inbäddade i miljöprover genom att ge mer än taxonomisk profilering, utan också ge detaljerade insikter i artsdiversitet, förekomstdynamik och komplexa populationsstrukturer. Utöver taxonomiska studier erbjuder hagelgevärsmetagenomik också ett funktionellt genomiskt perspektiv, vilket möjliggör utforskning av kodade gener och deras förmodade roller i ekologiska processer. Slutligen bidrar etableringen av korrelationsnätverk mellan genetiska element och miljöfaktorer till en helhetsförståelse av det invecklade samspelet mellan mikrobiella samhällen och deras ekologiska bakgrund. Sammanfattningsvis står metagenomsekvensering som ett centralt instrument för att reda ut de genomiska invecklade detaljerna hos olika mikrobiella samhällen och belysa de mångfacetterade relationerna mellan genetik och ekologi inom dessa komplexa ekosystem.
Plattformar: Illumina NovaSeq och DNBSEQ-T7
Servicefördelar
●Isolerings- och odlingsfri metod för profilering av mikrobiella samhällsgrupperMöjliggör sekvensering av genetiskt material från oodlingsbara organismer.
●Hög upplösningDetektera arter med låg förekomst i miljöprover.
●Omfattande bioinformatisk analys:Fokuserade inte bara på taxonomisk mångfald utan även på samhällets funktionella mångfald.
●Omfattande erfarenhet:Med en meritlista av att framgångsrikt avsluta flera metagenomikprojekt inom olika forskningsområden och bearbeta över 200 000 prover, bidrar vårt team med en mängd erfarenhet till varje projekt.
Servicespecifikationer
| Sekvenseringsplattform | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| Illumina NovaSeq eller DNBSEQ-T7 | PE150 | 6–20 GB | Q30≥85% |
Servicekrav
| Koncentration (ng/µL) | Totalbelopp (ng) | Volym (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Jord/slam: 2–3 g
● Tarminnhåll - djur: 0,5–2 g
● Tarminnehåll - insekt: 0,1–0,25 g
● Växtyta (anrikat sediment): 0,5–1 g
● Fermenteringsbuljongberikat sediment): 0,2–0,5 g
● Avföring (stora djur): 0,5–2 g
● Avföring (mus): 3–5 korn
● Pulmonell alveolär lavagevätska: filterpapper
● Vaginalprovtagning: 5–6 provtagningspinnar
● Hud-/genitalprov/salivprov/mjukvävnadsprov från munnen/svalgprov/rektalprov: 2–3 prover
● Ytmikroorganism: 5–6 provtagningspinnar
● Vattenmassa/luft/biofilm: filterpapper
● Endofyter: 2–3 g
● Plack: 0,5–1 g
Servicearbetsflöde
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Metagenomsammansättning och genprediktion
● Genannotering
● Taxonomisk alfadiversitetsanalys
● Funktionell analys av samhället: biologisk funktion, metabolisk, antibiotikaresistens
● Analys av både funktionell och taxonomisk mångfald:
Betadiversitetsanalys
Intergruppsanalys
Korrelationsanalys: mellan miljöfaktorer och OUT-sammansättning och mångfald
Funktionell analys: CARD-antibiotikaresistens
Differentiell analys av KEGG-metabolismvägar: värmekarta över signifikanta vägar
Alfadiversitet i taxonomisk distribution: ACE-index
Betadiversitet av taxonomisk distribution: PCoA
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes metagenomsekvenseringstjänster med Illumina genom en kuraterad samling publikationer.
Hai, Q. et al. (2023) 'Metagenomisk och metabolomisk analys av förändringar i tarminnehållet hos regnbågsforell (Oncorhynchus mykiss) infekterad med infektiöst hematopoetisk nekrosvirus vid olika odlingsvattentemperaturer',Gränser inom mikrobiologi, 14, s. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Mikrobiella samhällen, resistensgener och resistomrisker i urbana sjöar med olika trofiska tillstånd: Interna kopplingar och externa influenser',Tidskrift för framsteg inom farliga material9, sid. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Metagenomisk analys avslöjade skillnader i sammansättning och funktion mellan vätskeassocierade och fastassocierade mikroorganismer i fårvom',Gränser inom mikrobiologi, 13, s. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Fet Ningxiang-gris-deriverad mikrobiota omprogrammerar karnitinmetabolismen för att främja muskelfettsyraavsättning hos magra, livstruande grisar',Innovationen4(5), sid. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenomiska insikter i de potentiella riskerna med representativ bio/icke-nedbrytbar plast och icke-plastiskt avfall i de övre och nedre delarna av Haihe-mynningen, Kina',Vetenskapen om den totala miljön887, sid. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
