Metagenomisk sekvensering -NGS
Servicefördelar
● Isolering och odlingsfri för profilering av mikrobiell gemenskap
● Hög upplösning vid detektering av arter med låg förekomst i miljöprover
● Idén om ”meta-” integrerar alla biologiska egenskaper på funktionsnivå, artnivå och gennivå, vilket speglar en dynamisk syn som ligger närmare verkligheten.
● BMK samlar enorm erfarenhet av olika provtyper med över 10 000 bearbetade prover.
Servicespecifikationer
| Plattform | Sekvensering | Rekommenderad data | Handläggningstid |
| Illumina NovaSeq-plattformen | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 arbetsdagar |
Bioinformatikanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● Metagenommontage
● Icke-redundant genuppsättning och anteckning
● Artmångfaldsanalys
● Genetisk funktionsdiversitetsanalys
● Intergruppsanalys
● Associationsanalys mot experimentella faktorer
Exempel på krav och leverans
Exempelkrav:
FörDNA-extrakt:
| Provtyp | Belopp | Koncentration | Renhet |
| DNA-extrakt | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
För miljöprover:
| Provtyp | Rekommenderat provtagningsförfarande |
| Jord | Provtagningsmängd: ca.5 g;Återstående vissnat ämne måste avlägsnas från ytan;Mal stora bitar och passera genom 2 mm filter;Alikvotera prover i sterilt EP-rör eller cyrotub för reservation. |
| Avföring | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera prover i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation. |
| Tarminnehåll | Prover måste bearbetas under aseptiska förhållanden.Tvätta uppsamlad vävnad med PBS;Centrifugera PBS och samla upp fällningsmedlet i EP-rör. |
| Slam | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera slamprov i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation |
| Vattenkropp | För prov med begränsad mängd mikrobiella, såsom kranvatten, brunnsvatten, etc., Samla upp minst 1 L vatten och passera genom 0,22 μm filter för att berika mikrobiella på membranet.Förvara membranet i sterilt rör. |
| Hud | Skrapa försiktigt hudytan med en steril bomullspinne eller kirurgiskt blad och placera den i ett sterilt rör. |
Rekommenderad provleverans
Frys in proverna i flytande kväve i 3-4 timmar och förvara i flytande kväve eller -80 grader till långtidsreservation.Provfrakt med torris krävs.
Service Arbetsflöde
Provleverans
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
1. Histogram: Artfördelning
2. Funktionella gener kommenterade till KEGG metaboliska vägar
3. Värmekarta: Differentialfunktioner baserade på relativ genförekomst
4. Circos of CARD antibiotikaresistensgener
BMK Fall
Prevalensen av antibiotikaresistensgener och bakteriella patogener längs jord-mangroverotkontinuumet
Publicerad:Journal of Hazardous Materials, 2021
Sekvenseringsstrategi:
Material: DNA-extrakt av fyra fragment av mangroverotsassocierade prover: oplanterad jord, rhizosfär, episfär och endosfäravdelningar
Plattform: Illumina HiSeq 2500
Mål: Metagenom
16S rRNA gen V3-V4 region
Nyckelresultat
Metagenomisk sekvensering och metabarcoding profilering på jord-rot kontinuum av mangrove plantor bearbetades för att studera spridningen av antibiotikaresistensgener (ARG) från jord till växter.Metagenomiska data avslöjade att 91,4% av antibiotikaresistensgenerna ofta identifierades i alla fyra jordfack som nämns ovan, vilket visade ett kontinuerligt sätt.16S rRNA amplikonsekvensering genererade 29 285 sekvenser, representerande 346 arter.I kombination med artprofilering genom amplikonsekvensering visade sig denna spridning vara oberoende av rotassocierad mikrobiota, men den kunde underlättas av mobila genetiska element.Denna studie identifierade flödet av ARG och patogener från jord till växterna genom sammankopplade jord-rot kontinuum.
Referens
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Prevalensen av antibiotikaresistensgener och bakteriella patogener längs jord-mangroverotkontinuumet.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
