Reducerad representationsbisulfitsekvensering (RRBS)
Reducerad representationsbisulfitsekvensering (RRBS) bygger på anrikning av CpG-ö-rika regioner genom MspI-klyvning följt av storleksselektion av 200-500/600 bps-fragment. Följaktligen sekvenseras endast regioner proximala CpG-öar, medan de med avlägsna CpG-öar exkluderas från analysen. Denna process, i kombination med bisulfitsekvensering, möjliggör högupplöst detektion av DNA-metylering, och sekvenseringsmetoden, PE150, fokuserar specifikt på ändarna av insatserna snarare än mitten, vilket ökar effektiviteten i metyleringsprofileringen.
Denna teknik har framstått som ett kostnadseffektivt och effektivt alternativ till helgenombisulfitsekvensering (WGBS) inom DNA-metyleringsforskning. Medan WGBS ger omfattande insikter genom att undersöka hela genomet med en enda basupplösning, kan dess höga kostnad vara en begränsande faktor, vilket RRBS strategiskt mildrar denna utmaning genom att selektivt analysera en representativ del av genomet. Denna metod är ett ovärderligt verktyg som möjliggör kostnadseffektiv DNA-metyleringsforskning och fördjupar kunskapen om epigenetiska mekanismer.
Servicefunktioner
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
● Kräver ett referensgenom.
● Lambda-DNA används för att övervaka bisulfitomvandlingseffektiviteten.
● MspI-digereringseffektiviteten övervakas också.
● Dubbel enzymdigerering för växtprover.
Servicefördelar
●Kostnadseffektivt och effektivt alternativ till WGBSDet möjliggör att analysen kan utföras till en lägre kostnad och med lägre provbehov.
●Komplett plattform:Vi erbjuder en komplett och utmärkt service, från provbearbetning och bibliotekskonstruktion till bioinformatisk analys.
●Omfattande expertisVi har framgångar inom en mängd olika arter. BMKGENE har över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt support efter köpet.
Servicespecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautmatning | Kvalitetskontroll |
| MspI-digererat och bisulfitbehandlat bibliotek | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85 % Bisulfitkonvertering > 99 % MspI-skäreffektivitet > 95 % |
Exempelkrav
| Koncentration (ng/µL) | Total mängd (µg) |
| |
| Genomiskt DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Begränsad nedbrytning eller kontaminering |
Servicearbetsflöde
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
BI-analysen inkluderar:
● Kvalitetskontroll av råsekvensering;
● Mappning till referensgenom;
● Detektion av 5mC metylerade baser och motividentifiering;
● Analys av metyleringsfördelning och provjämförelse;
● Analys av differentiellt metylerade regioner (DMR);
● Funktionell annotering av gener associerade med DMR.
Kvalitetskontroll: matsmältningseffektivitet (vid genomkartläggning)
Kvalitetskontroll: bisulfitkonvertering (vid metyleringsinformationsextraktion)
Metyleringskarta: 5mC-metyleringsgenomfattande distribution
Exempeljämförelse: Analys av huvudkomponenter
Analys av differentiellt metylerade regioner (DMR): värmekarta
Utforska de forskningsframsteg som möjliggörs av BMKGenes tjänster för bisulfitsekvensering av hela genomet genom en kuraterad samling publikationer.
Li, Z. et al. (2022) 'Högkvalitativ omprogrammering till Leydig-liknande celler genom CRISPR-aktivering och parakrina faktorer',PNAS Nexus1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genomomfattande DNA-metyleringsanalys av kroppssammansättning hos kinesiska monozygota tvillingar',Europeisk tidskrift för klinisk undersökning53(11), sid. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-metylering och midje-höft-kvot: en epigenomfattande associationsstudie hos kinesiska monozygota tvillingar',Tidskrift för endokrinologisk undersökning, 45(12), s. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
