Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Servicespecifikationer
Plattform: NovaSeq-plattform, PE150
Bibliotekstyp: 200-400 bp insatt bisulfitbehandlat DNA-bibliotek
Sekvenseringsstrategi: Paired-End 150 bp
Rekommenderad datautgång: 10 Gb rådata/prov
Exempel på krav
DNA-mängd: ≥ 2 ug
DNA-koncentration:≥ 20ng/μl.
Renhet: OD260/280 = 1,8 till 2,0 utan nedbrytning eller RNA-kontamination
Bioinformatik analys
Service Arbetsflöde
Provleverans
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
a.Referensstatistik för genomanpassning
Statistik över kartläggning
Sstatistik för sekvenseringsdjup och täckning av C-plats
Aackumulerad täckning
Duppslutningseffektiviteten för varje prov
b.Detektering av metyleringsställen
Lista över metyleringsnivåer vid C-stället
BS omvandling
Metylerat cytosin
Metyleringsnivåfördelning
c.Metyleringskarta
Genomomfattande
Genome element
d.Jämförelse av metyleringsnivåer mellan prover
Pluftvis Korrelation av CG-metylering
PCA-CG-metylering
Clyster av CG-metylering
d.Differentiell metyleringsanalys
Sstatistik för DMR
DMR längdfördelning
Häta karta
DMR-fördelning i målregionen
