Esasanam uly ilatyň arasynda ýokary geçişli genotip ýazmak, genomyň işleýşiniň genetiki esaslaryny üpjün edýän genetiki birleşigiň gözleginde esasy ädimdir, genomyň çuňňur yzygiderliliginiň deregine genleriň yzygiderliligini peseldýär (RRGS genetiki markeriň tapylmagynda ýeterlik netijeliligi saklamak bilen, her nusga üçin yzygiderlilik bahasyny azaltmak üçin girizilýär.Bu, adatça çäklendirilen wekilçilik kitaphanasy (RRL) diýlip atlandyrylýan ululykdaky çäklendiriş böleklerini çykarmak arkaly gazanylýar.Aýry-aýry güýçlendirilen bölekleriň yzygiderliligi (SLAF-Seq), täze SNP-ni açmak we köp ilatyň SNP genotipini düzmek üçin özbaşdak işlenip düzülen strategiýa.
Tehniki iş prosesi
SLAF vs Bar bolan RRL usullary
SLAF-nyň artykmaçlyklary
Genokary genetiki marker tapmagyň netijeliligi- -okary geçiş yzygiderliligi tehnologiýasy bilen utgaşyp, SLAF-Seq, dürli genomyň üsti bilen ýüze çykarylan ýüzlerçe müň belliklere ýa-da salgylanma genomy bilen dürli gözleg taslamalarynyň islegini ýerine ýetirip biler.
Custöriteleşdirilen we çeýe eksperimental dizaýn- Dürli gözleg maksady ýa-da görnüşleri üçin bir ferment, goşa ferment we köp ferment siňdiriş ýaly dürli ferment siňdiriş strategiýasy bar.Iň oňat ferment dizaýnyny üpjün etmek üçin silikoda iýmit siňdiriş strategiýasy öňünden baha berler.
Enzimatiki siňdirişde ýokary netijelilik- Öňünden düzülen ferment siňdirişi, hromosomada has deň paýlanan SLAF-lary üpjün edýär.Bölekleri ýygnamak 95% -den ýokary bolup biler.
Gaýtalanýan yzygiderlilikden gaça duruň- SLAF-Seq maglumatlarynda gaýtalanýan yzygiderliligiň göterimi, esasanam bugdaý, mekgejöwen we ş.m. ýaly gaýtalanýan elementleri ýokary bolan görnüşlerde 5% -den peseldilýär.
Özbaşdak döredilen bioinformatiki iş prosesi- BMK, soňky çykyşyň ygtybarlylygyny we takyklygyny üpjün etmek üçin SLAF-Seq tehnologiýasyna ulanylýan toplumlaýyn bioinformatiki iş prosesini döretdi.
SLAF-yň ulanylyşy
Genetiki baglanyşyk kartasy
Highokary dykyzlykly genetiki kartanyň gurluşy we Hrizantemada gül görnüşine gözegçilik edýän loki kesgitlemek (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Journalurnal: Bagbançylyk boýunça gözleg Çap edilen: 2020.7
GWAS
Genom giňişligini we baglanyşyk kartasyny ulanyp, soýa tohumynda izofawon düzümi bilen baglanyşykly kandidat genini kesgitlemek.
: Urnal: Ösümlik Journalurnaly Çap edilen: 2020.08
Ewolýusiýa genetikasy
Ilatyň genom seljermesi we de-nowo ýygnanyşygy otly tüwiniň ewolýusiýa oýny hökmünde gelip çykyşyny açýar
Journalurnal: Molekulýar ösümlik Çap edilen: 2019.5
Bulgur Segregant Analiz (BSA)
Sulfotransferazy kodlaýan GmST1, soýa mozaika wirusynyň G2 we G3 ştammlaryna garşylygy görkezýär
Journalurnal: Ösümlik, öýjük we daşky gurşaw Çap edilen: 2021.04
Salgylanma
Gün X, Liu D, Çang X we ş.m.SLAF-Seq: uly göwrümli SNP tapmagyň we ýokary geçiş yzygiderliligini ulanyp genotip ýazmagyň täsirli usuly [J].Birinji ýer, 2013, 8 (3): e58700
Aýdym X, Su Y, Gao K we ş.m.Highokary dykyzlykly genetiki kartanyň gurluşy we Hrizantemada gül görnüşine gözegçilik edýän loki kesgitlemek (Hrizanthem × morifolium Ramat.)Hortic Res.2020; 7: 108.
Wu D, Li D, Zhao X we ş.m.Genom giň birleşmesini we baglanyşyk kartasyny ulanyp, soýa tohumynda izoflawonyň düzümi bilen baglanyşykly kandidat genini kesgitlemek.Zawod J. 2020;104 (4): 950-963.
Gün J, Ma D, Tang L we ş.m.Ilatyň genom seljermesi we De Nowo Assambleýasy ot-çöpleriň gelip çykyşyny ewolýusiýa oýny hökmünde görkezýär.Mol zawody.2019; 12 (5): 632-647.Mol zawody.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z we ş.m.Sulfotransferazy kodlaýan GmST1, soýa mozaika wirusynyň G2 we G3 ştamlaryna garşylygy görkezýär.Ösümlik öýjük gurşawy.2021; 10.1111 / pce.14066
Iş wagty: -anwar-04-2022