Sequenza di RNA procariota
Features
● U prucessu di mostra di RNA implicava a depletion di rRNA seguita da a preparazione di a libreria di RNA direzionale.
● Analisi bioinformatica basata nantu à l'allinjamentu à un genoma di riferimentu
● L'analisi include l'espressione genica è i DEG, ma ancu a struttura di trascrizione è l'analisi sRNA
Vantaghji di serviziu
●Rigurosu cuntrollu di qualità: implementemu punti di cuntrollu di core in tutte e tappe, da a preparazione di campioni è biblioteca à a sequenza è a bioinformatica. Stu surviglianza meticulosa assicura a consegna di risultati sempre di alta qualità.
●Dati di Sequencing specifichi di Strand: a causa di a preparazione di a biblioteca di RNA chì hè direzionale, chì permette l'identificazione di trascrizioni anti-sensu.
●Analisi cumpleta adattata à i transcriptomi procarioti: u pipeline bioinformaticu include micca solu l'analisi di l'espressione genica, ma ancu l'analisi di a struttura di trascrizione, cumprese l'identificazione di operoni, UTR è promotori. Include ancu l'analisi di sRNAs, vale à dì l'annotazione è a prediczione di a struttura secundaria è i miri.
●Assistenza post-vendita: u nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prugettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
Requisiti di mostra è consegna
| Biblioteca | Strategia di sequenza | Dati cunsigliatu | Controlu di qualità |
| Biblioteca direzionale impoverita di rRNA | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Requisiti di mostra:
| Conc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1,8-2,0 OD260/230 = 1,0-2,5 Cuntaminazione limitata o micca di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | RIN≥6,5 |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Contenitore: Tubu da centrifuga da 2 ml (Un fogliu di stagno ùn hè micca cunsigliatu)
Esempiu di etichettatura: Gruppu + replicate per esempiu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
spedizione:
1. Ghiaccio seccu: I campioni deve esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
2. Tubi RNAstable: i campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di RNA (per esempiu, RNAstable®) è spedite in a temperatura di l'ambienti.
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Flussu di travagliu di l'analisi bioinformatica
Include l'analisi seguente:
● cuntrollu di qualità di dati crudu
● Allineamentu à u genoma di riferenza
● Valutazione di a qualità di Biblioteca: randomness di frammentazione di RNA, dimensione di inserimentu è saturazione di sequenza
● Annotazione funzionale di geni codificanti previsti
● Analisi d'espressione: correlazione è analisi di cumpunenti principali (PCA)
● Espressione genica differenziale (DEG)
● Annotazione funzionale è arricchimentu di DEG
● sRNA Analysis: prediction, annotation, target, è prediction di struttura secundaria
● Analisi di a Struttura di Trascrizione: operoni, pusizioni iniziali è finali, regione non tradutta (UTS), promotore è analisi SNP/InDel
Saturazione di sequenza
Annotazione funzionale di geni codificanti
Correlazione trà i campioni
Analisi di Differential Expressed Genes (DEGs).
Analisi di arricchimentu funziunale
annotazione sRNA
Esplora l'avanzamenti facilitati da i servizii di sequenza di mRNA Nanopore di BMKGene in questa pubblicazione presentata.
Guan, CP et al. (2018) "Cambiamenti di transcriptoma globale di Staphylococcus epidermidis formatore di biofilm che rispondono agli alcaloidi totali di Sophorea alopecuroides",Journal Polacco di Microbiologia, 67 (2), p. 223. doi : 10.21307/PJM-2018-024.
