Sequenziamentu di l'RNA procarioticu
Funziunalità
● U trattamentu di i campioni d'ARN hà implicatu a deplezione di l'ARNr seguita da a preparazione di a biblioteca d'ARN direzionale.
● Analisi bioinformatica basata annantu à l'allineamentu à un genomu di riferimentu
● L'analisi include l'espressione genica è i DEG, ma ancu a struttura di i trascritti è l'analisi di l'sRNA
Vantaghji di u serviziu
●Cuntrollu di qualità rigorosuImplementemu punti di cuntrollu fundamentali in tutte e tappe, da a preparazione di campioni è biblioteche à u sequenziamentu è a bioinformatica. Stu monitoraghju meticulosu garantisce a consegna di risultati di alta qualità in modu consistente.
●Dati di sequenziamentu specifichi di u filamentu: per via di a preparazione di a biblioteca di RNA chì hè direzionale, chì permette l'identificazione di trascritti antisenso.
●Analisi cumpleta adattata à i trascrittomi procarioti: a pipeline bioinformatica include micca solu l'analisi di l'espressione genica, ma ancu l'analisi di a struttura di a trascrizione, cumprese l'identificazione di operoni, UTR è promotori. Include ancu l'analisi di sRNA, vale à dì l'annotazione è a previsione di a struttura secundaria è di i bersagli.
●Assistenza post-venditaU nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
Requisiti di Campione è Cunsegna
| Biblioteca | Strategia di sequenziamentu | Dati cunsigliati | Cuntrollu di qualità |
| Biblioteca direzionale impoverita di rRNA | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Requisiti di u campione:
| Cunc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Cuntaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | RIN≥6.5 |
Cunsegna di Campioni Raccomandata
Contenitore: Tubu di centrifuga di 2 ml (Ùn hè micca cunsigliatu l'usu di foglia d'aluminiu)
Etichettatura di mostra: Raggruppamentu + replicazione per esempiu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizioni:
1. Ghiacciu seccu: I campioni devenu esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
2. Tubi RNAstabili: I campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di l'RNA (per esempiu, RNAstable®) è spediti à temperatura ambiente.
Flussu di travagliu di serviziu
Cunsegna di campioni
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Flussu di travagliu di l'analisi bioinformatica
Include l'analisi seguente:
● Cuntrollu di a qualità di i dati grezzi
● Allineamentu cù u genomu di riferimentu
● Valutazione di a qualità di a biblioteca: aleatorietà di a frammentazione di l'ARN, dimensione di l'insertu è saturazione di u sequenziamentu
● Annotazione funzionale di i geni codificanti previsti
● Analisi di l'espressione: currelazione è Analisi di i cumpunenti principali (PCA)
● Espressione Genica Differenziale (DEG)
● Annotazione funzionale è arricchimentu di DEG
● Analisi di sRNA: predizione, annotazione, bersagliu è predizione di struttura secundaria
● Analisi di a Struttura di u Trascrittu: operoni, pusizioni di partenza è di fine, regione micca tradotta (UTS), promotore è analisi SNP/InDel
Saturazione di sequenziamentu
Annotazione funzionale di i geni codificanti
Correlazione trà i campioni
Analisi di Geni Espressi Differenziali (DEG)
Analisi di arricchimentu funzionale
Annotazione di l'sRNA
Esplora i progressi facilitati da i servizii di sequenziamentu di l'ARNm à lunghezza cumpleta Nanopore di BMKGene in questa publicazione presentata.
Guan, CP et al. (2018) 'Cambiamenti di u trascrittoma glubale di Staphylococcus epidermidis chì forma biofilm in risposta à l'alcaloidi tutali di Sophorea alopecuroides',Rivista Polacca di Microbiologia, 67 (2), p. 223. doi : 10.21307/PJM-2018-024.
