Assemblea de novo di u genoma fungicu
BMKGENE offre suluzioni versatili per i genomi fungini, rispondendu à diversi bisogni di ricerca è à a cumpletezza desiderata di u genomu. L'usu di u sequenziamentu Illumina à lettura corta permette solu a generazione di un genomu in bozza. U sequenziamentu à lettura corta è u sequenziamentu à lettura longa cù Nanopore o Pacbio sò cumminati per un genomu funginu più raffinatu cù contigs più longhi.
Funzioni di serviziu
Cù duie opzioni pussibuli da sceglie secondu u gradu desideratu di cumpletezza di u genomu:
● Opzione di Genomu Bozza: Sequenziamentu di lettura corta cù Illumina NovaSeq PE150.
● Opzione di Genomu Fine Funginu:
Studiu di u Genomu: Illumina NovaSeq PE150.
Assemblea di u Genomu: PacBio Revio (letture HiFi) o Nanopore PromethION 48.
Vantaghji di u serviziu
●Strategie di sequenziamentu multiple dispunibiliPer diversi scopi di ricerca è esigenze di cumpletezza di u genomu
●Flussu di travagliu cumpletu di bioinformatica:Questu include l'assemblea di u genomu è a predizione di parechji elementi genomichi, l'annotazione di geni funziunali è l'ancoraggio di contig.
●Una vasta cumpetenzaCù più di 12 000 genomi microbici assemblati, purtemu più di una decina d'anni di sperienza, una squadra d'analisi altamente qualificata, un cuntenutu cumpletu è un eccellente supportu post-vendita.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
Specifiche di serviziu
| Serviziu | Strategia di Sequenziamentu | Cuntrollu di qualità |
| Prughjettu di Genomu | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Genoma Fine | Studiu di u genomu: Illumina PE150 50 x Assemblaggio: PacBio HiFi 30x o Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellulare) contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellulare) contig N50 ≥500kb (Altri) |
Requisiti di serviziu
| Cuncentrazione (ng/µL) | Quantità tutale (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Fungu Unicellulare: ≥3.5x1010 cellule
Macrofungu: ≥10 g
Flussu di travagliu di serviziu
Cunsegna di campioni
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Include l'analisi seguente:
Inchiesta di u Genomu:
- Cuntrollu di qualità di i dati di sequenziamentu
- Stima di u genomu: dimensione, eterozigosità, elementi ripetitivi
Assemblea di u Genomu Fine:
- Cuntrollu di a qualità di i dati di sequenziamentu
- Di novuAssemblea
- Analisi di i cumpunenti di u genomu: Previsione di CDS è elementi genomichi multipli
- Annotazione funzionale cù parechje basi di dati generali (GO, KEGG, ecc.) è basi di dati avanzate (CARD, CAZy, ecc.)
Studiu di u genomu: distribuzione di k-mer
Assemblaggio di u genomu: annotazione omologa di u gene (base di dati NR)
Assemblaggio di u genomu: annotazione di u genu funziunale (GO)
Esplora i progressi facilitati da i servizii di assemblaggio di u genomu funginu di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Hao, J. et al. (2023) 'Prufilatura omica integrata di u fungu medicinale Inonotus obliquus in cundizioni immerse',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'U sequenziamentu di u genomu rivela l'evoluzione è i meccanismi patogeni di u patogenu di a macchia acuta di u granu Rhizoctonia cerealis',U Ghjurnale di e Culture, 11 (2), pp 405-416. doi : 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Risorse di u genomu per quattru spezie di Clarireedia chì causanu a macchia di dollaru nantu à diverse erbe erbose',Malattia di e piante, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Evidenza genetica è moleculare di un sistema di accoppiamentu tetrapolare in u fungu comestibile Grifola frondosa',Rivista di Funghi, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
