Sequenza di fragmentu amplificata à locu specificu (SLAF-Seq)
U flussu di travagliu
Schema Tecnicu
Funzioni di serviziu
● Sequenza nantu à NovaSeq cù PE150.
● Preparazione di a libreria cù doppia codice à barre, chì permette a cumminazione di più di 1000 campioni.
● Sta tecnica pò esse usata cù o senza genoma di riferimentu, cù diverse pipeline bioinformatiche per ogni casu:
Cù genoma di riferimentu: scuperta SNP è InDel
Senza genoma di riferimentu: clustering di campioni è scuperta SNP
● In uin silicoU stadiu pre-disegnu combinazioni multiple di enzimi di restrizione sò schermate per truvà quelli chì generanu una distribuzione uniforme di tag SLAF longu u genoma.
● Durante u pre-sperimentu, trè cumminazzioni enzyme sò pruvati in 3 campioni per generà 9 biblioteche SLAF, è questa informazione hè aduprata per sceglie a combinazione ottima di l'enzima di restrizzione per u prugettu.
Vantaghji di serviziu
●Scuperta di marcatura genetica alta: L'integrazione di un sistema di codici à barre à doppia velocità permette a sequenza simultanea di grande populazione, è l'amplificazione specifica di locu aumenta l'efficienza, assicurendu chì i numeri di tag rispondenu à e diverse esigenze di diverse dumande di ricerca.
● Bassa dipendenza da u genoma: Pò esse appiicata à spezie cù o senza genoma di riferenza.
●Disegnu di schema flessibile: A digestione di una sola enzima, dual-enzyme, multi-enzyme, è diversi tipi di enzimi ponu esse selezziunati per risponde à diversi scopi di ricerca o spezie. Uin silicopre-design hè realizatu per assicurà un disignu enzima ottimali.
● Alta efficienza in a digestione enzimatica: A cunduzzione di anin silicopre-design è un pre-esperimentu assicuratu un disignu ottimale cù distribuzione uniforme di tag SLAF nantu à u cromusomu (1 tag SLAF / 4Kb) è sequenza ripetitiva ridotta (<5%).
●Vasta Competenza: A nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu, cù un record di chjude più di 5000 prughjetti SLAF-Seq nantu à centinaie di spezie, cumprese piante, mammiferi, uccelli, insetti è organismi acquatici.
● Flussu di travagliu bioinformaticu auto-sviluppatu: BMKGENE hà sviluppatu un flussu di travagliu bioinformaticu integratu per SLAF-Seq per assicurà l'affidabilità è l'accuratezza di l'output finali.
Specificazioni di serviziu
| Tipu di analisi | Scala di pupulazione cunsigliata | Strategia di sequenza | |
| Prufundità di sequenza di tag | numeru tag | ||
| Carte genetiche | 2 genitori è più di 150 figlioli | Genitori: 20x WGS Cuscenza: 10x | Dimensione di u genoma: <400 Mb: WGS hè cunsigliatu <1Gb: 100K tags 1-2 Gb:: 200K tags > 2 Gb: 300K tags Max 500.000 etichette |
| Studii di l'Associazione Genome-Wide (GWAS) | ≥ 200 campioni | 10x | |
| Evoluzione genetica | ≥30 campioni, cù> 10 campioni da ogni sottugruppu | 10x | |
Requisiti di serviziu
Concentrazione ≥ 5 ng/µL
Cantu tutale ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Gel d'agarose: nulla o limitata degradazione o contaminazione
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Contenitore: tubu da centrifuga da 2 ml
(Per a maiò parte di i campioni, ricumandemu micca di priservà in etanolu)
Etichettatura di campioni: I campioni anu da esse chjaramente etichettati è identici à a forma d'infurmazione di mostra presentata.
Spedizione: Ghiaccio secco: I campioni anu da esse imballati in sacchetti prima è intarrati in ghiaccio seccu.
U flussu di travagliu di serviziu
Esempiu QC
Esperimentu pilotu
Esperimentu SLAF
Preparazione di a biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Include l'analisi seguente:
- Sequenza di dati QC
- Sviluppu di tag SLAF
Cartografia à u genoma di riferimentu
Senza un genoma di riferimentu: clustering
- Analisi di i tag SLAF.: statistiche, distribuzione in u genoma
- Scuperta di marcatori: SNP, InDel, SNV, CV calling and annotation
Distribuzione di tag SLAF nantu à i cromusomi:
Distribuzione di SNP nantu à i cromusomi:
annotazione SNP
| Annu | Journal | IF | Titulu | Applicazioni |
| 2022 | Comunicazioni di natura | 17.694 | A basa genomica di i giga-cromusomi è giga-genomu di a peonia d'arburu Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitologu novu | 7.433 | L'impronte di domesticazione ancoranu e regioni genomiche d'impurtanza agronomica in soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgressioni artificiali di u genoma di Gossypium barbadense in G. hirsutum revelanu lochi superiore per a migliione simultanea di a qualità è u rendiment di a fibra di cuttuni tratti | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Pianta Molecular | 10.81 | L'analisi genomica di a pupulazione è l'Assemblea De Novo revelanu l'origine di Weedy Rice cum'è un ghjocu evolutivu | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Genetica di a natura | 31.616 | Sequence genomique et diversité génétique de la carpe commune, Cyprinus carpio | Mappa SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetica di a natura | 25.455 | U genoma di l'arachide cultivata furnisce una visione di i cariotipi di legumi, poliploidi evoluzione è domesticazione di i culturi. | Mappa SLAF-Linkage |
| 2022 | Rivista di Biotecnologia vegetale | 9.803 | L'identificazione di ST1 palesa una selezzione chì implica l'autostop di a morfologia di sementi è u cuntenutu di l'oliu durante a domesticazione di soia | Sviluppu SLAF-Marker |
| 2022 | Rivista Internaziunale di Scienze Moleculari | 6.208 | Identificazione è sviluppu di marcatori di DNA per un Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Sostituzione di cromosomi disomicu | Sviluppu SLAF-Marker |
| Annu | Journal | IF | Titulu | Applicazioni |
| 2023 | Frontiere in a scienza vegetale | 6.735 | Cartografia QTL è analisi transcriptome di u cuntenutu di zuccaru durante a maturazione di frutti di Pyrus pyrifolia | Mappa genetica |
| 2022 | Rivista di Biotecnologia vegetale | 8.154 | L'identificazione di ST1 revela una selezzione chì implica l'autostop di a morfologia di sementi è u cuntenutu di l'oliu durante a domesticazione di soia.
| SNP chjama |
| 2022 | Frontiere in a scienza vegetale | 6.623 | Mappatura di l'Associazione Genome-Wide di Fenotipi Appena Hulless in Ambiente di Seca.
| GWAS |
