Sequenziamentu di Frammenti Amplificati à Locu Specificu (SLAF-Seq)
Flussu di travagliu
U serviziu hà qualchì pre-cuncepimentu in silico per guarantisce a selezzione ottima di l'enzimi nantu à a preparazione di a biblioteca.
Schema Tecnicu
Funzioni di serviziu
● Sequenziamentu nant'à NovaSeq cù PE150.
● Preparazione di a biblioteca cù doppiu codice à barre, chì permette a raggruppazione di più di 1000 campioni.
● Indipendente da u genomu di riferimentu:
Cù u genomu di riferimentu: scuperta di SNP è InDel
Senza genomu di riferimentu: raggruppamentu di campioni è scuperta di SNP
● In uin silicoE cumminazzioni multiple di enzimi di restrizione in a fase di pre-cuncepimentu sò screening per truvà quelle chì generanu una distribuzione uniforme di tag SLAF longu u genomu.
● Durante u pre-esperimentu, trè cumminazzioni d'enzimi sò testate in 3 campioni per generà 9 biblioteche SLAF, è sta infurmazione hè aduprata per sceglie a cumminazzioni d'enzimi di restrizione ottima per u prugettu.
Vantaghji di u serviziu
●Scuperta di Marcatori Genetici AltiIntegremu un sistema di doppiu codice à barre à altu rendimentu chì permette u sequenziamentu simultaneu di grandi pupulazioni, è l'amplificazione specifica di u locu chì migliora l'efficienza, assicurendu chì i numeri di tag rispondenu à i diversi requisiti di varie dumande di ricerca.
● Bassa dipendenza da u genomuPò esse applicatu à e spezie cù o senza genomu di riferimentu.
●Cuncepimentu di Schema FlessibileA digestione à enzima unicu, à enzima duale, à enzimi multipli è diversi tipi d'enzimi ponu esse tutti selezziunati per risponde à diversi obiettivi di ricerca o spezie.
● Alta efficienza in a digestione enzimaticaA cunduzione di unin silicoUn pre-cuncepimentu è un pre-esperimentu assicuranu un cuncepimentu ottimale cù una distribuzione uniforme di i tag SLAF nantu à u cromusomu (1 tag SLAF / 4Kb) è una sequenza ripetitiva ridutta (<5%).
●Una vasta cumpetenzaPurtemu una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu, cù una sperienza di chjusura di più di 5000 prughjetti SLAF-Seq nantu à centinaie di spezie, cumprese piante, mammiferi, acelli, insetti è organismi acquatichi.
● Flussu di travagliu bioinformaticu sviluppatu da sè stessuAvemu sviluppatu un flussu di travagliu bioinformaticu integratu per SLAF-Seq per assicurà l'affidabilità è a precisione di u risultatu finale.
Specifiche di serviziu
| Tipu d'analisi | Scala di pupulazione cunsigliata | Strategia di sequenziamentu | |
| Prufundità di sequenziamentu di tag | Numeru di tag | ||
| Carte Genetiche | 2 genitori è >150 discendenti | Parenti: 20x WGS Pruduzzione: 10x | Dimensione di u genomu: <400 Mb: WGS hè cunsigliatu <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K etichette Massimu 500k tag |
| Studi d'Associazione à u Genomu Interu (GWAS) | ≥200 campioni | 10 volte | |
| Evoluzione Genetica | ≥30 campioni, cù >10 campioni da ogni sottogruppu | 10 volte | |
Requisiti di serviziu
Cuncentrazione ≥ 5 ng/µL
Quantità tutale ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel d'agarosa: nisuna o limitata degradazione o contaminazione
Cunsegna di Campioni Raccomandata
Contenitore: Tubu di centrifuga di 2 ml
(Per a maiò parte di i campioni, ricumandemu di ùn cunservà micca in etanolu)
Etichettatura di i campioni: I campioni devenu esse chjaramente etichettati è identichi à u furmulariu d'infurmazioni di u campione presentatu.
Spedizioni: Ghiacciu seccu: I campioni devenu esse prima imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
Flussu di travagliu di serviziu
Campione di QC
Esperimentu pilotu
Esperimentu SLAF
Preparazione di a Biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di i dati
Servizii dopu à a vendita
A nostra analisi bioinformatica comprende:
QC di i dati è taglio di i dati per rimuovere letture ricche di N, letture di adattatori o letture di bassa qualità.
Un secondu cuntrollu di qualità di e letture pulite per verificà a distribuzione di e basi, a qualità di a sequenza è una valutazione di i dati, ma ancu per verificà l'efficienza di a digestione è l'inserti ottenuti.
Una volta chì e letture sò state verificate, ci sò duie opzioni:
- Mappatura à u genomu di riferimentu
- Senza un genomu di riferimentu: clustering
Dopu questu, l'analisi di i tag SLAF hè aduprata per fà qualchì chjama di varianti per aiutà cù a scuperta di marcatori: SNP, InDel, SNV, chjama CV è annotazione.
Distribuzione di i tag SLAF nantu à i cromusomi:
Distribuzione di SNP nantu à i cromusomi:
Annotazione SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X è Shi C (2023) Mappatura QTL è analisi di u trascrittoma di u cuntenutu di zuccheru durante a maturazione di i frutti diPyrus pyrifolia.Fronte. Scienze Vegetali.14: 1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). L'identificazione di st1 palesa una selezzione chì implica l'autostop di a morfologia di i graneddi è di u cuntenutu d'oliu durante a domesticazione di a soia.Rivista di Biotecnologia Vegetale, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.è altri.Sequenza di u genomu è diversità genetica di a carpa cumuna,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.è altri.U genomu di l'arachide cultivata furnisce informazioni nantu à i cariotipi di leguminose, l'evoluzione poliploide è a domesticazione di e culture.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Annu | Ghjurnale | IF | Titulu | Applicazioni |
| 2022 | Cumunicazioni di natura | 17.694 | Base genomica di i giga-cromosomi è di u giga-genoma di a peonia arborea Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novu Fitologu | 7.433 | L'impronte di domesticazione ancoranu e regioni genomiche d'impurtanza agronomica in soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Rivista di Ricerca Avanzata | 12.822 | Introgressioni artificiali à livellu di genomu di Gossypium barbadense in G. hirsutum rivelanu loci superiori per un miglioramentu simultaneu di a qualità è di u rendimentu di a fibra di cuttuni tratti | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Pianta moleculare | 10.81 | L'analisi genomica di a pupulazione è l'assemblea De Novo rivelanu l'origine di Weedy U risu cum'è un ghjocu evolutivu | SLAF-Genetica evolutiva |
| 2019 | Genetica di a Natura | 31.616 | Sequenza di u genomu è diversità genetica di a carpa cumuna, Cyprinus carpio | Carta di cunnessione SLAF |
| 2014 | Genetica di a Natura | 25.455 | U genomu di l'arachide cultivata furnisce infurmazioni nantu à i cariotipi di e leguminose, i poliploidi evoluzione è addomesticazione di e culture. | Carta di cunnessione SLAF |
| 2022 | Rivista di Biotecnologia Vegetale | 9.803 | L'identificazione di ST1 rivela una selezzione chì implica l'autostop di a morfologia di i semi. è u cuntenutu d'oliu durante a domesticazione di a soia | Sviluppu di marcatori SLAF |
| 2022 | Rivista Internaziunale di Scienze Moleculari | 6.208 | Identificazione è Sviluppu di Marcatori di DNA per un 2Ns (2D) di Granu-Leymus mollis Sustituzione di cromosomi disomici | Sviluppu di marcatori SLAF |
| Annu | Ghjurnale | IF | Titulu | Applicazioni |
| 2023 | Frontiere in a scienza vegetale | 6.735 | Mappatura QTL è analisi di u trascrittoma di u cuntenutu di zuccheru durante a maturazione di i frutti di Pyrus pyrifolia | Carta Genetica |
| 2022 | Rivista di Biotecnologia Vegetale | 8.154 | L'identificazione di ST1 rivela una selezzione chì implica l'autostop di a morfologia di i graneddi è di u cuntenutu d'oliu durante a domesticazione di a soia.
| Chjama SNP |
| 2022 | Frontiere in a scienza vegetale | 6.623 | Mappatura di l'Associazione à u Genomu di i Fenotipi Hulless Barely in Ambiente Siccu.
| GWAS |
