Sequencing Genome De Novo Plant/Animal
De NovuU sequenziamentu si riferisce à a custruzzione di u genomu sanu di una spezia aduprendu tecnulugie di sequenziamentu in assenza di un genomu di riferimentu. L'introduzione è l'adozione diffusa di u sequenziamentu di terza generazione, chì presenta letture più lunghe, anu migliuratu significativamente l'assemblaggio di u genomu aumentendu a sovrapposizione trà e letture. Questu miglioramentu hè particularmente pertinente quandu si tratta di genomi difficili, cum'è quelli chì presentanu una alta eterozigosità, un altu rapportu di regioni ripetitive, poliploidi è regioni cù elementi ripetitivi, cuntenuti GC anormali o alta cumplessità chì sò tipicamente mal assemblati aduprendu solu u sequenziamentu à lettura corta.
A nostra suluzione unica furnisce servizii di sequenziamentu integrati è analisi bioinformatica chì furniscenu un genomu assemblatu de novo di alta qualità. Un'indagine iniziale di u genomu cù Illumina furnisce stime di a dimensione è di a cumplessità di u genomu, è sta infurmazione hè aduprata per guidà u prossimu passu di sequenziamentu à longa lettura cù PacBio HiFi, seguitu dadi novuassemblaggio di contigs. L'usu susseguente di l'assemblaggio HiC permette l'ancoraggio di i contigs à u genomu, ottenendu un assemblaggio à livellu di cromusomu. Infine, u genomu hè annotatu per predizione di geni è per sequenziamentu di geni espressi, ricorrendu à trascrittomi cù letture corte è lunghe.
Funzioni di serviziu
● Integrazione di parechji servizii di sequenziamentu è bioinformatica in una suluzione unica:
Studiu di u genomu cù Illumina per stimà a dimensione di u genomu è guidà i passi successivi;
Sequenziamentu di lettura longa perdi novuassemblea di contigs;
Sequenziamentu Hi-C per l'ancoraggio di i cromosomi;
sequenziamentu di l'mRNA per l'annotazione di i geni;
Validazione di l'assemblea.
● Serviziu adattatu per a custruzzione di novi genomi o u migliuramentu di genomi di riferimentu esistenti per e spezie d'interessu.
Vantaghji di u serviziu
Sviluppu di piattaforme di sequenziamentu è bioinformatica indi novuassemblaggio di u genomu
(Amarasinghe SL et al.,Biologia di u Genomu, 2020)
●Ampia cumpetenza è registru di publicazioniBMKGene hà accumulatu una sperienza massiccia in l'assemblementu di genomi di alta qualità di diverse spezie, cumpresi genomi diploidi è genomi assai cumplessi di spezie poliploidi è allopoliploidi. Dapoi u 2018, avemu cuntribuitu à più di300 publicazioni di grande impattu, è più di 20 di elle sò publicate in Nature Genetics.
● Soluzione unicaU nostru approcciu integratu combina parechje tecnulugie di sequenziamentu è analisi bioinformatiche in un flussu di travagliu coesivu, furnendu un genomu assemblatu di alta qualità.
●Adattatu à i vostri bisogniU nostru flussu di travagliu di serviziu hè persunalizabile, chì permette l'adattazione per i genomi cù diverse caratteristiche è bisogni di ricerca specifichi. Questu include l'adattazione di genomi giganti, genomi poliploidi, genomi altamente eterozigoti è assai di più.
●Squadra di Bioinformatica è di Laboratoriu Altamente QualificataCù una grande sperienza sia in u fronte sperimentale sia in quellu bioinformaticu di l'assemblaggi di genomi cumplessi è una seria di brevetti è diritti d'autore di software.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
Specifiche di serviziu
| Inchiesta di u genomu | Assemblea di u genomu | À livellu di cromosomi | Annotazione di u Genomu |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X letture PacBio CCS HiFi | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opzionale) PacBio RNA-seq di lunghezza cumpleta 40 Gb o Nanopore 12 Gb |
Requisiti di serviziu
Per Genome Survey, Genome Assembly è Hi-C Assembly:
| Tessuti o acidi nucleici estratti | Inchiesta di u Genomu | Assemblea di u Genomu cù PacBio | Assemblea Hi-C |
| Visceri d'animali | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Musculu animale | ≥ 5 g | ||
| Sangue di Mammiferi | 1,5 mL
| ≥ 5 mL | ≥2 mL |
| Sangue di pollame/pesce | ≥ 0,5 mL | ||
| Pianta - Foglia Fresca | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Cellule cultivate |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insettu | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA estrattu | Cuncentrazione: ≥1 ng/ µL Quantità ≥ 30 ng Degradazione o contaminazione limitata o inesistente | Cuncentrazione: ≥ 50 ng/ µL Quantità: 10 µg/cella di flussu/campione OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Degradazione o contaminazione limitata o inesistente |
-
|
Per l'annotazione di u genomu cù a trascrittomica:
| Tessuti o acidi nucleici estratti | Trascrittoma di l'Illumina | Trascrittoma di PacBio | Trascrittoma di nanopori |
| Pianta - Radice/Stelu/Petalu | 450 mg | 600 mg | |
| Pianta – Foglia/Seme | 300 mg | 300 mg | |
| Pianta - Fruttu | 1,2 g | 1,2 g | |
| Core/Intestinu di l'animale | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera/Cervellu Animale | 240 mg | 240 mg | |
| Musculu animale | 450 mg | 450 mg | |
| Ossa/Capelli/Pelle d'animali | 1 g | 1 g | |
| Artropodu - Insettu | 6 | 6 | |
| Artropodu - Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Sangue interu | 1 tubu | 1 tubu | |
| RNA estrattu | Cuncentrazione: ≥ 20 ng/ µL Quantità ≥ 0,3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Concentrazione: ≥ 100 ng/µL Quantità ≥ 0,75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Concentrazione: ≥ 100 ng/µL Quantità ≥ 0,75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7,5 5≥28S/18S≥1 |
Cunsegna di Campioni Raccomandata
Contenitore: Tubu di centrifuga di 2 ml (Ùn hè micca cunsigliatu l'usu di foglia d'aluminiu)
(Per a maiò parte di i campioni, ricumandemu di ùn cunservà micca in etanolu.)
Etichettatura di i campioni: I campioni devenu esse chjaramente etichettati è identichi à u furmulariu d'infurmazioni di u campione presentatu.
Spedizioni: Ghiacciu seccu: I campioni devenu esse prima imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
Flussu di travagliu
Flussu di travagliu di serviziu
Cuncepimentu di l'esperimentu
Cunsegna di campioni
Estrazione di DNA
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Analisi bioinformatica cumpleta, divisa in 4 tappe:
1) Studiu di u genomu, basatu annantu à l'analisi k-mer cù letture NGS:
Stima di a dimensione di u genomu
Stima di l'eterozigosità
Stima di e regioni ripetitive
2) Assemblea di u genomu cù PacBio HiFi:
Di novuassemblea
Valutazione di l'assemblaggio: cumprese l'analisi BUSCO per a cumpletezza di u genomu è a mappatura di e letture NGS è PacBio HiFi
3) Assemblaggio Hi-C:
QC di a biblioteca Hi-C: stima di l'interazioni Hi-C valide
Assemblaggio Hi-C: raggruppamentu di contigs in gruppi, seguitu da l'ordinamentu di contigs in ogni gruppu è l'assegnazione di l'orientazione di i contigs
Valutazione Hi-C
4) Annotazione di u genomu:
Previsione di l'ARN non codificante
Identificazione di sequenze ripetitive (trasposoni è ripetizioni in tandem)
Previsione di geni
§Di novualgoritmi ab initio
§ Basatu annantu à l'omologia
§ Basatu annantu à u trascrittoma, cù letture lunghe è corte: e letture sòdi novuassemblatu o mappatu à u genomu di bozza
§ Annotazione di geni previsti cù parechje basi di dati
1) Sondaggio di u Genomu - analisi k-mer
2) Assemblea di u Genomu
2) Assemblea di u Genomu - PacBio HiFi leghje a mappatura à l'assemblea di bozza
2) Assemblaggio Hi-C - stima di e coppie d'interazione valide Hi-C
3) Valutazione Hi-C dopu l'assemblaggio
4) Annotazione di u Genomu - integrazione di i geni previsti
4) Annotazione di u genomu - annotazione di i geni previsti
Esplora i progressi facilitati da i servizii di assemblaggio di genomi de novo di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni:
Li, C. et al. (2021) 'E sequenze di u genomu rivelanu rotte di dispersione glubale è suggerenu adattazioni genetiche convergenti in l'evoluzione di i cavallucci marini', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'I cambiamenti cromosomichi à grande scala portanu à alterazioni di l'espressione à livellu di u genomu, adattamentu ambientale è speciazione in u Gayal (Bos frontalis)', Molecular Biology and Evolution, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Assemblaggio di u genomu è dissezione genetica di un germoplasma di mais resistente à a siccità prominente', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Rivelendu l'evoluzione di a biosintesi di l'alcaloidi tropanici analizendu dui genomi in a famiglia Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Studi di casi sfidanti:
Assemblaggio telomero-telomero:Fu, A. et al. (2023) 'L'assemblea di u genomu telomeru-telomeru di u melone amaru (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) rivela u sviluppu di u fruttu, a cumpusizione è e caratteristiche genetiche di maturazione', Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Assemblaggio di l'aplotipi:Hu, W. et al. (2021) 'U genomu definitu da alleli rivela a differenziazione biallelica durante l'evoluzione di a cassava', Molecular Plant, 14(6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Assemblaggio di genomu gigante:Yuan, J. et al. (2022) 'Base genomica di i giga-cromosomi è di u giga-genoma di a peonia arborea Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Assemblaggio di u genomu poliploide:Zhang, Q. et al. (2022) 'Approfondimenti genomichi nantu à a recente riduzione cromosomica di a canna da zuccheru autopoliploide Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
