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Sequencing Genome

  • Analisi di l'Associazione Genome-wide

    Analisi di l'Associazione Genome-wide

    L'obiettivu di i Studi di l'Associazione Genome-Wide (GWAS) hè di identificà varianti genetichi (genotipi) ligati à tratti specifichi (fenotipi). Scrutinendu i marcatori genetichi in tuttu u genoma in un gran numaru d'individui, GWAS extrapola l'associazioni genotipu-fenotipu attraversu analisi statistiche à livellu di pupulazione. Sta metodulugia trova applicazioni estensive in a ricerca di e malatie umane è l'esplorazione di geni funzionali ligati à tratti cumplessi in animali o piante.

    À BMKGENE, offremu duie strade per a realizazione di GWAS nantu à grandi populazioni: impiegendu a Sequenza di Genoma Interu (WGS) o optendu per un metudu di sequenziamentu di genoma di rapprisentazione ridutta, u Frammentu Amplificatu di Locu Specificu (SLAF) sviluppatu in casa. Mentre WGS si adatta à i genomi più chjuchi, SLAF emerge cum'è una alternativa economica per studià pupulazioni più grandi cù genomi più longu, minimizendu in modu efficace i costi di sequenza, mentre chì guarantiscenu una alta efficienza di scuperta di marcatori genetichi.

  • Sequenza di genoma interu vegetale / animali

    Sequenza di genoma interu vegetale / animali

    A sequenza di u genoma tutale (WGS), cunnisciuta ancu com'è resequencing, si riferisce à a sequenza di genoma sanu di e diverse individui di spezie cù genomi di riferimentu cunnisciuti. Nant'à sta basa, e sferenze genomiche di l'individui o pupulazioni ponu esse identificate più. WGS permette l'identificazione di u Polimorfismu Nucleotidu Singulu (SNP), l'eliminazione di l'inserzione (InDel), a variazione di struttura (SV) è a variazione di u numeru di copia (CNV). I SV comprendenu una parte più grande di a basa di variazione cà i SNP è anu un impattu più grande nantu à u genomu, affettendu sustinienzialmente l'organi viventi. Mentre a resequenza di lettura corta hè efficace per identificà SNP è InDels, a resequenza di lettura longa permette una identificazione più precisa di frammenti grossi è variazioni complicate.

  • Genetica Evolutiva

    Genetica Evolutiva

    A Genetica Evolutiva hè un serviziu di sequenza cumpletu cuncepitu per offre una interpretazione insightful di l'evoluzione in un grande gruppu di individui, basatu annantu à variazioni genetiche, cumprese SNPs, InDels, SVs è CNVs. Stu serviziu include tutte l'analisi essenziali necessarie per elucidare i cambiamenti evolutivi è e caratteristiche genetiche di e pupulazioni, cumprese valutazioni di a struttura di a pupulazione, a diversità genetica è e relazioni filogenetiche. Inoltre, approfondisce studii nantu à u flussu di geni, chì permette stima di a dimensione di a pupulazione efficace è u tempu di divergenza. I studii di genetica evoluzionistiche rendenu insights preziosi nantu à l'urighjini è l'adattazioni di e spezie.

    In BMKGENE, offremu duie strade per a realizazione di studii di genetica evolutiva nantu à grandi populazioni: impiegà a sequenza di genoma interu (WGS) o optendu per un metudu di sequencing di genoma di rapprisentazione ridutta, u Frammentu Amplificatu di Locus Specificu (SLAF) sviluppatu in casa. Mentre WGS si adatta à i genomi più chjuchi, SLAF emerge cum'è una alternativa à u costu per studià pupulazioni più grande cù genomi più longu, minimizendu in modu efficace i costi di sequenza.

  • Genomica Comparativa

    Genomica Comparativa

    A genomica comparativa implica l'esame è a comparazione di e sequenze di genomu sanu è strutture trà e diverse spezie. Stu campu cerca di svelà l'evoluzione di e spezie, decodificà e funzioni genetiche, è elucidate i miccanismi di regulazione genetica identificendu strutture è elementi di sequenza conservati o divergenti in diversi organismi. Un studiu di genomica comparativa cumpleta include analisi cum'è famiglie di geni, sviluppu evolutivu, avvenimenti di duplicazione di genoma sanu, è l'impattu di pressioni selettivi.

  • Assemblea Genome Basata in Hi-C

    Assemblea Genome Basata in Hi-C

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    Hi-C hè un metudu cuncepitu per catturà a cunfigurazione cromusomica cumminendu interazzione basata in a vicinanza di sonda è sequenza di alta produzzione. L'intensità di sti interazzione hè crede esse correlata negativamente cù a distanza fisica nantu à i cromusomi. Per quessa, i dati Hi-C sò usati per guidà l'aggregazione, l'urdinamentu è l'orientazione di sequenze assemblate in un genoma di bozza è ancorandu quelli nantu à un certu numaru di cromusomi. Sta tecnulugia permette un assemblea di genoma à livellu di cromusomu in l'absenza di una mappa genetica basata in a pupulazione. Ogni genoma hà bisognu di un Hi-C.

  • Sequencing Genome De Novo Plant/Animal

    Sequencing Genome De Novo Plant/Animal

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    De Novosequencing si riferisce à a custruzzione di u genoma sanu di una spezia utilizendu tecnulugii di sequenza in l'absenza di un genoma di riferimentu. L'introduzione è l'adopzione generalizata di a sequenza di terza generazione, cù letture più lunghe, anu rinfurzatu significativamente l'assemblea di u genoma aumentendu a sovrapposizione trà e letture. Questa rinfurzà hè particularmente pertinente quandu si tratta di genomi sfidanti, cum'è quelli chì mostranu alta eterozigosità, un altu rapportu di regioni ripetitive, poliploidi è regioni cù elementi ripetitivi, cuntenutu anormali di GC, o alta cumplessità chì sò tipicamente assemblati pocu cù sequenza di lettura corta. solu.

    A nostra soluzione one-stop furnisce servizii di sequencing integrati è analisi bioinformatiche chì furniscenu un genoma assemblatu de novo di alta qualità. Una indagine iniziale di u genoma cù Illumina furnisce stima di a dimensione è a cumplessità di u genoma, è questa informazione hè aduprata per guidà u prossimu passu di a sequenza longa di lettura cù PacBio HiFi, seguita dade novoassemblea di cunti. L'usu sussegwente di l'assemblea HiC permette l'ancorazione di i contigs à u genoma, ottenendu un assemblea à livellu di cromusomu. Infine, u genoma hè annotatu da a predizione di geni è da a sequenza di geni espressi, ricorrendu à i transcriptomi cù letture brevi è longu.

  • Sequenza di l'exoma tutale umanu

    Sequenza di l'exoma tutale umanu

    A sequenza di l'esome umanu tutale (hWES) hè largamente ricunnisciuta cum'è un approcciu di sequenza efficace è putente per identificà mutazioni chì causanu malatie. Malgradu chì custituiscenu solu circa 1.7% di tuttu u genoma, l'esoni ghjucanu un rolu cruciale riflettendu direttamente u prufilu di e funzioni di a proteina tutale. In particulare, in u genoma umanu, più di u 85% di e mutazioni ligati à e malatie si manifestanu in e regioni codificanti di a proteina. BMKGENE offre un serviziu cumpletu è flessibile di sequenza di l'esome umanu tutale cù duie strategie diverse di cattura di l'esone dispunibili per scuntrà diversi scopi di ricerca.

  • Sequenza di fragmentu amplificata à locu specificu (SLAF-Seq)

    Sequenza di fragmentu amplificata à locu specificu (SLAF-Seq)

    Genotyping high-throughput, in particulare in pupulazioni à grande scala, hè un passu fundamentale in i studii di l'associazione genetica è furnisce una basa genetica per a scuperta di geni funzionali, l'analisi evoluzione, ecc.Sequencing Genome Rappresentazione Ridotta (RRGS)hè spessu impiegatu in questi studii per minimizzà u costu di sequenza per mostra mentre mantene una efficienza raghjone in a scuperta di marcatura genetica. RRGS ottene questu digerindu l'ADN cù enzimi di restrizione è cuncentrazione nantu à un intervallu di taglia di frammentu specificu, sequenziandu cusì solu una frazione di u genoma. Trà e diverse metodologie RRGS, a Sequenza di Frammenti Amplificati Specific-Locus (SLAF) hè un approcciu persunalizabile è di alta qualità. Stu metudu, sviluppatu indipindentamente da BMKGene, ottimizza l'enzima di restrizzione per ogni prughjettu. Questu assicura a generazione di un numeru sustanziale di tag SLAF (regioni 400-500 bps di u genoma chì sò sequenziati) chì sò distribuiti uniformemente in u genoma mentre evitendu in modu efficace e regioni ripetitive, assicurendu cusì a scuperta di u megliu marcatore geneticu.

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