Saggio per a Cromatina Accessibile à a Transposasi cù Sequenziamentu à Alta Rendimentu (ATAC-seq)
Funzioni di serviziu
● U serviziu richiede campioni di tessuti, invece di acidi nucleici estratti, per cunservà l'interazioni DNA-proteina.
● U metudu ATAC include a dissociazione di i tessuti, seguita da l'isolamentu di i nuclei, u trattamentu è a purificazione di Tn5, l'amplificazione PCR, a selezzione di a dimensione è u sequenziamentu.
● Sequenziamentu in Illumina NovaSeq
Vantaghji di u serviziu
●Alta Sensibilità:Una bassa quantità di cellule di partenza hè sufficiente per a preparazione è u sequenziamentu di a biblioteca.
●Tecnica Altamente Informativa: rivela simultaneamente e pusizioni genomiche di a cromatina aperta è l'elementi regulatori attivi cum'è i siti di ligame di i fattori di trascrizione.
●Bona Riproducibilità Sperimentale: e repliche tecniche mostranu una eccellente ripetibilità.
●Una vasta cumpetenzaCù centinaie di prughjetti di sequenziamentu ATAC cumpletati cù successu, BMKGENE porta più di una decina d'anni di sperienza, una squadra d'analisi altamente qualificata, un cuntenutu cumpletu è un eccellente supportu post-vendita.
●Pussibilità di cunghjuntà si cù l'analisi di trascrizionechì permette l'analisi integrata di ATAC seq cù altri dati omici cum'è RNA-seq.
● Analisi Bioinformatica Cumpleta: permette micca solu l'identificazione di e regioni aperte di a cromatina è a so funzionalità currispondente (promotori, UT, esoni, introni) ma ancu l'analisi di e differenze trà e regioni aperte di a cromatina trà i campioni.
Specifiche di serviziu
| Biblioteca | Strategia di Sequenziamentu | Output di dati cunsigliatu | cuntrollu di qualità |
| ATAC-seq | Illumina PE150 | > 20 milioni di letture Sicondu a dimensione di u genomu (Umanu: 50 M letture) | Q30≥85% |
Requisiti di Campione
Tipu di campioni: Tessuti, cellule vive o congelate, sangue
● Numeru di cellula: ≥ 106cellule
● Pesu di u tissutu: ≥ 200 mg di tissutu frescu
● Sangue: ≥ 4 mL
Flussu di travagliu di serviziu
Cuncepimentu di l'esperimentu
Cunsegna di campioni
Estrazione di DNA
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Include l'analisi seguente:
● Cuntrollu di qualità di i dati grezzi;
● Chjama di piccu basata annantu à a mappatura à u genomu di riferimentu;
● Annotazione di u genu nantu à a pusizione di u piccu;
● Analisi di i motivi: identificazione di i siti di legame di i fattori di trascrizione (TFBS);
● Analisi di picchi differenziali è annotazione.
1. A mappa di calore nantu à a distribuzione di e letture ATAC in TSS è in e regioni adiacenti (±3 kb)
2. Distribuzione di a regione aperta di a cromatina in diversi cumpunenti di u genomu
3. Chjama di piccu differenziale trà gruppi
Esplora i progressi di a ricerca facilitati da i servizii di sequenziamentu ATAC di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Fu, A.è altri.(2023) "L'assemblea di u genomu telomeru-telomeru di u melone amaru (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) rivela e caratteristiche genetiche di u sviluppu, a cumpusizione è a maturazione di i frutti",Ricerca in Orticultura, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.è altri.(2023) 'Attivazione epigenetica è trascrizionale di a chinasi secretoria FAM20C cum'è oncogene in u glioma',Rivista di Genetica è Genomica, 50 (6), pp. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ellu, Y.è altri.(2023) 'U butirratu inverte a resistenza à a ferroptosi in u cancru colorectal inducendu a soppressione di xCT dipendente da c-Fos',Biologia Redox, 65, p. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
