Sequenziamentu di l'ARNm à lunghezza cumpleta -PacBio
Funziunalità
● Sintesi di cDNA da mRNA di poli-A seguita da preparazione di a biblioteca
● Sequenziamentu in modu CCS, generazione di letture HiFi
● Sequenziamentu di e trascrizioni cumplete
● L'analisi ùn richiede micca un genomu di riferimentu; tuttavia, pò esse aduprata
● L'analisi bioinformatica permette l'analisi di l'isoforme di i trascritti lncRNA, di e fusioni geniche, di a poliadenilazione è di a struttura genica.
Vantaghji di u serviziu
●Alta precisioneLetture HiFi cù una precisione >99,9% (Q30), paragunabile à NGS
● Analisi di Splicing Alternativu: u sequenziamentu di i trascritti interi permette l'identificazione è a caratterizazione di l'isoforme
●Una vasta cumpetenzaCù una sperienza di più di 1100 prughjetti di trascrittoma PacBio cumpleti è di trasfurmazione di più di 2300 campioni, a nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu.
●Assistenza post-venditaU nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
Requisiti di Campione è Cunsegna
| Biblioteca | Strategia di sequenziamentu | Dati cunsigliati | Cuntrollu di qualità |
| Libreria CCS di mRNA arricchita cù PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Requisiti di u campione:
Nucleotidi:
● Piante:
Radice, fustu o petalu: 450 mg
Foglia o Seme: 300 mg
Frutta: 1,2 g
● Animale:
Core o Intestinu: 300 mg
Viscera o Cervellu: 240 mg
Musculu: 450 mg
Ossa, Capelli o Pelle: 1g
● Artropodi:
Insetti: 6g
Crustacei: 300 mg
● Sangue interu1 tubu
● Cellule: 106 cellule
| Cunc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Cuntaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Per e piante: RIN≥7.5; Per l'animali: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; elevazione di basa limitata o inesistente |
Cunsegna di Campioni Raccomandata
Cuntenitore: Tubu di centrifuga di 2 ml (ùn hè micca cunsigliatu l'usu di foglia d'aluminiu)
Etichettatura di mostra: Raggruppamentu + replicazione per esempiu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizioni:
1. Ghiacciu seccu: I campioni devenu esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
2. Tubi RNAstabili: I campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di l'RNA (per esempiu, RNAstable®) è spediti à temperatura ambiente.
Flussu di travagliu di serviziu
Cuncepimentu di l'esperimentu
Cunsegna di campioni
Estrazione di ARN
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Include l'analisi seguente:
● Cuntrollu di a qualità di i dati grezzi
● Analisi di Poliadenilazione Alternativa (APA)
● Analisi di trascrizione di fusione
● Analisi di Splicing Alternativu
● Analisi di Benchmarking di Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
● Nuova analisi di trascrizioni: predizione di sequenze codificanti (CDS) è annotazione funzionale
● Analisi di lncRNA: predizione di lncRNA è di bersagli
● Identificazione di Microsatelliti (SSR)
Analisi BUSCO
Analisi di Splicing Alternativu
Analisi di Poliadenilazione Alternativa (APA)
Annotazione funzionale di e trascrizioni di novi testi
Esplora i progressi facilitati da i servizii di sequenziamentu di l'ARNm à lunghezza cumpleta Nanopore di BMKGene in questa publicazione presentata.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analisi cumparativa di i metudi di sequenziamentu di l'ARN PacBio è ONT per l'identificazione di u velenu di Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'A dinamica di sviluppu di u trascrittoma di u fustu Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Cambiamenti dinamici in u cuntenutu di l'acidu ascorbicu durante u sviluppu è a maturazione di i frutti di Actinidia latifolia (una cultura di frutti ricca di ascorbatu) è i meccanismi moleculari assuciati', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Previsione efficace di i geni di a via biosintetica implicati in e polifilline bioattive in Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Analisi cumminata di PacBio Iso-Seq è Illumina RNA-Seq di u trascrittoma di Tuta absoluta (Meyrick) è di i geni di u citocromu P450', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Un studiu di a cumplessità di u trascrittoma utilizendu l'analisi in tempu reale di una sola molecula di PacBio cumminata cù u sequenziamentu di l'ARN Illumina per una megliu comprensione di a biosintesi di l'acidu ricinoleicu in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
