Assemblea Genome Basata in Hi-C
Hi-C hè un metudu cuncepitu per catturà a cunfigurazione cromusomica cumminendu interazzione basata in a vicinanza di sonda è a sequenza d'alta produzzione. L'intensità di sti interazzione hè crede esse correlata negativamente cù a distanza fisica nantu à i cromusomi. Per quessa, i dati Hi-C sò usati per guidà l'aggregazione, l'urdinamentu è l'orientazione di sequenze assemblate in un genoma di bozza è ancorandu quelli nantu à un certu numaru di cromusomi. Sta tecnulugia permette un assemblea di genoma à livellu di cromusomu in l'absenza di una mappa genetica basata in a pupulazione. Ogni genoma hà bisognu di un Hi-C.
Funzioni di serviziu
● Sequenza nantu à Illumina NovaSeq cù PE150.
● U serviziu richiede campioni di tissuti, invece di l'acidi nucleici estratti, per cross-link cù formaldehyde è cunservà l'interazzione DNA-proteina.
● L'esperimentu Hi-C implica a ristrizzione è a fine di a riparazione di l'estremità appiccicosa cù biotina, seguita da a circularizazione di l'estremità smussata resultanti mentre priservà l'interazzione. L'ADN hè allora tiratu cù perle di streptavidina è purificatu per a preparazione di a biblioteca successiva.
Vantaghji di serviziu
Panoramica di Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Scienza, 2009)
●Eliminazione di a Necessità di Dati di Populazione Genetica:Hi-C rimpiazza l'infurmazione essenziale necessaria per l'ancoraggio contig.
●Alta densità di marcatura:purtendu à un altu rapportu di ancoraggio contig sopra u 90%.
●Ampia Competenza è registri di pubblicazione:BMKGene hà una vasta sperienza cù più di 2000 casi di Hi-C Genome Assembly da 800 diverse spezie è diverse patenti. Più di 100 casi publicati anu un fattore di impattu cumulativu di più di 900.
●Squadra di bioinformatica altamente qualificata:cù patenti in-house è copyright di software per esperimenti Hi-C è analisi di dati, u software di dati di visualizazione auto-sviluppatu permette u muvimentu di bloccu manuale, inversione, revocazione è rifà.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prughjettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
●Annotation Comprehensive: usemu parechje basa di dati per annotà funziunalmente i geni cù variazioni identificate è eseguite l'analisi di arricchimentu currispundenti, furnisce insights nantu à parechji prughjetti di ricerca.
Specificazioni di serviziu
| Preparazione di a biblioteca | Strategia di sequenza | Risultato di dati cunsigliatu | Controlu di qualità |
| Biblioteca Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisiti di mostra
| Acidi nucleici tissuti o estratti | Quantità necessaria |
| Viscera animale | ≥ 2 g |
| Musculu animale | |
| Sangue di mammiferi | ≥ 2 mL |
| Sangue di pollame/pesce | |
| Pianta - Foglia fresca | ≥ 4 g |
| Cellule in coltura | ≥ 1x107 |
Flussu di travagliu di serviziu
Prughjettu di cuncepimentu
Consegna di mostra
estrazione di DNA
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
1) Raw data QC
2) QC libreria Hi-C: stima di interazzione Hi-C valida
3) Assemblea Hi-C: clustering di contigs in gruppi, seguitu da l'ordine contig in ogni gruppu è l'assignazione di l'orientazione contig
4) Valutazione Hi-C
Hi-C Library QC - stima di coppie d'interazione valide Hi-C
Assemblea Hi-C - statistiche
Valutazione post-assemblea - heatmap di l'intensità di u signale trà i bins
Esplora l'avanzamenti facilitati da i servizii di assemblea Hi-C di BMKGene attraversu una cullizzioni curata di publicazioni.
Tian, T. et al. (2023) "Genome assembly and genetic dissection of a prominente maze resistant germplasm", Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) "A Chromosome-Scale Assembly of the Asian Honeybee Apis cerana Genome", Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) "Revealing evolution of tropane alkaloid biosynthesis by analising two genomes in the Solanaceae family", Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) "Genomi di u Banyan Tree è Pollinator Wasp Furnisce Insights in Fig-Wasp Coevolution", Cell, 183 (4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
