Assemblea di u Genomu Basata nantu à Hi-C
Hi-C hè un metudu cuncipitu per catturà a cunfigurazione di i cromusomi cumbinendu l'interazzione basata nantu à a vicinanza è u sequenziamentu à altu rendimentu. Si crede chì l'intensità di queste interazzione hè correlata negativamente cù a distanza fisica nantu à i cromusomi. Dunque, i dati Hi-C sò aduprati per guidà u raggruppamentu, l'ordinamentu è l'orientazione di e sequenze assemblate in un genomu in bozza è l'ancuramentu di queste nantu à un certu numeru di cromusomi. Sta tecnulugia permette un assemblaggio di genomu à livellu di cromusomi in assenza di una mappa genetica basata nantu à a pupulazione. Ogni genomu hà bisognu di un Hi-C.
Funzioni di serviziu
● Sequenziamentu nant'à Illumina NovaSeq cù PE150.
● U serviziu richiede campioni di tessuti, invece di acidi nucleichi estratti, per reticulà cù a formaldeide è cunservà l'interazioni DNA-proteina.
● L'esperimentu Hi-C implica a restrizione è a riparazione di l'estremità appiccicose cù biotina, seguita da a circularizazione di l'estremità smussate risultanti cunservendu l'interazioni. U DNA hè tandu tiratu in ghjò cù perle di streptavidina è purificatu per a successiva preparazione di a biblioteca.
Vantaghji di u serviziu
Panoramica di Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Scienza, 2009)
●Eliminà a necessità di dati genetichi di a pupulazione:Hi-C sustituisce l'infurmazioni essenziali necessarie per l'ancoraggio contig.
●Alta densità di marcatori:cunduce à un altu rapportu d'ancoraggio di contig sopra u 90%.
●Vasta cumpetenza è registri di publicazioni:BMKGene hà una vasta sperienza cù più di 2000 casi di assemblaggio di genomi Hi-C da 1000 spezie diverse è vari brevetti. Più di 200 casi publicati anu un fattore d'impattu accumulativu di più di 2000.
●Squadra di bioinformatica altamente qualificata:Cù brevetti interni è diritti d'autore di software per esperimenti Hi-C è analisi di dati, u software di visualizazione di dati sviluppatu da l'impresa permette u muvimentu manuale di blocchi, l'inversione, a revoca è a ripetizione.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
●Annotazione cumpleta: usemu parechje basi di dati per annotà funziunalmente i geni cù variazioni identificate è realizà l'analisi d'arricchimentu currispundente, furnendu insights nantu à parechji prughjetti di ricerca.
Specifiche di serviziu
| Preparazione di a biblioteca | Strategia di sequenziamentu | Output di dati cunsigliatu | cuntrollu di qualità |
| Biblioteca Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisiti di Campione
| Tissutu | Quantità necessaria |
| Visceri d'animali | ≥ 2 g |
| Musculu animale | |
| Sangue di Mammiferi | ≥ 2 mL |
| Sangue di pollame/pesce | |
| Pianta - Foglia Fresca | ≥ 3 g |
| Cellule cultivate | ≥ 1x107 |
| Insettu | ≥ 2 g |
Flussu di travagliu di serviziu
Cuncepimentu di l'esperimentu
Cunsegna di campioni
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
1) QC di dati grezzi
2) QC di a biblioteca Hi-C: stima di l'interazioni Hi-C valide
3) Assemblaggio Hi-C: raggruppamentu di contigs in gruppi, seguitu da l'ordinamentu di contigs in ogni gruppu è l'assegnazione di l'orientazione di i contigs
4) Valutazione Hi-C
QC di a biblioteca Hi-C - stima di e coppie d'interazione valide Hi-C
Assemblea Hi-C - statistiche
Valutazione dopu l'assemblea - mappa di calore di l'intensità di u signale trà i bins
Esplora i progressi facilitati da i servizii di assemblaggio Hi-C di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Tian, T. et al. (2023) 'Assemblaggio di u genomu è dissezione genetica di un germoplasma di mais prominente resistente à a siccità', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Un assemblaggio à scala cromosomica di u genomu di l'ape asiatica Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Rivelendu l'evoluzione di a biosintesi di l'alcaloidi tropanici analizendu dui genomi in a famiglia Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'I genomi di l'arburu di banianu è di a vespa impollinatrice furniscenu infurmazioni nantu à a coevoluzione fico-vespa', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
