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Analisi di l'Associazione Genome-wide
U studiu di l'associazione di u genoma (GWAS) hà u scopu di identificà varianti genetichi (genotipu) chì sò assuciati cù caratteristiche specifiche (fenotipu).U studiu GWAS investiga i marcatori genetichi chì attraversanu u genoma sanu di un gran numaru di individui è predice l'associazioni genotipu-fenotipu per analisi statistiche à livellu di pupulazione.Hè stata largamente appiicata in a ricerca nantu à e malatie umane è l'estrazione di geni funzionali nantu à tratti cumplessi di animali o piante.
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Sequenza di RNA à un nucleu
L'avanzata in a cattura di una sola cellula è a tecnica di custruzzione di biblioteche individuali cumminata cù a sequenza d'alta produzzione permette studii d'espressione genica in basa di cellula per cellula.Permette un analisi di sistema più profonda è cumpleta nantu à e populazioni di cellule cumplesse, in u quale evita largamente a maschera di a so eterogeneità pigliendu una media di tutte e cellule.
Tuttavia, alcune cellule ùn sò micca adattate per esse fatte in una sospensione di una sola cellula, cusì altri metudi di preparazione di mostra - l'estrazione di u nucleu da i tessuti sò necessarii, vale à dì, u nucleu hè direttamente estratto da i tessuti o di a cellula è preparatu in una sospensione di un unicu nucleu per un unicu nucleu. sequenza cellulare.
BMK furnisce 10 × Genomics Chromium TM basatu à un serviziu di sequencing RNA unicellulare.Stu serviziu hè statu largamente utilizatu in studii nantu à studii in relazione à e malatie, cum'è a differenziazione di e cellule immune, l'eterogeneità di tumore, u sviluppu di tissuti, etc.
Chip di transcriptome spaziale: 10 × Genomica
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenza di genoma interu vegetale / animali
A re-sequenza di u genoma tutale, cunnisciuta ancu cum'è WGS, permette a rivelazione di mutazioni cumuni è rari in tuttu u genoma, cumpresu u polimorfismu di nucleotidi unicu (SNP), l'eliminazione di inserzione (InDel), a variazione di struttura (SV) è a variazione di u numeru di copia (CNV). ).I SV custituiscenu una parte più grande di a basa di variazione cà SNP è anu un impattu maiò in u genoma, chì hà un effettu significativu nantu à l'organi viventi.A resequenza di lettura longa permette una identificazione più precisa di frammenti grandi è variazioni complicate perchè e letture longu facenu assai più faciule l'attraversu cromosomicu nantu à e regioni complicate cum'è ripetizioni in tandem, regioni ricche di GC / AT è regioni ipervariabili.
Piattaforma: Illumina, PacBio, Nanopore
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BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
L'urganizazione spaziale di e cellule ghjoca un rolu vitale in diversi prucessi biologichi, cum'è l'infiltrazione immune, u sviluppu di l'embriione, etc. A sequenza di u transcriptome spaziale, chì indica u prufilu di l'espressione genica, mantenendu l'infurmazioni di a pusizione spaziale, hà furnitu grandi insights in l'architettura di tissuti à livellu di transcriptome.Cù u sviluppu di a tecnulugia, a morfologia di u tissue ultra-chiaru è a vera differenza strutturale di l'espressione moleculare spaziale deve esse studiata cù una risoluzione più alta.BMKGENE furnisce un serviziu di sequenza di trascriptoma spaziale cumpletu, unicu, da campioni à insights biologichi.
I tecnulugii di trascriptomica spaziale anu abilitatu prospettive novi in diverse arena di ricerca risolvendu u prufilu di espressione genica cù cuntenutu spaziale in campioni eterogenei.
Chip trascrittoma spaziale: BMKMANU S1000
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression hè una tecnulugia di sequenza di trascriptoma spaziale mainstream per classificà i tessuti basatu annantu à l'ARNm totale.Mapu tuttu u transcriptome cù u cuntestu morfologicu per scopre novi insights in u sviluppu normale, a patologia di a malatia è a ricerca clinica translazionale.BMKGENE furnisce un serviziu di sequenza di trascriptoma spaziale cumpletu, unicu, da campioni à insights biologichi.
I tecnulugii di trascriptomica spaziale anu abilitatu novi prospettive in una diversa arena di ricerca risolvendu u prufilu di espressione genica cù cuntenutu spaziale in campioni eterogenei.
Chip di trascrittoma spaziale: 10x Genomics Visium
Piattaforma:Piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenza di mRNA di lunghezza completa-Nanopore
A sequenza di l'RNA hè statu un strumentu inestimabile per l'analisi di transcriptoma cumpleta.Senza dubbitu, a sequenza tradiziunale di lettura corta hà ottinutu numerosi sviluppi impurtanti quì.Tuttavia, spessu scontra limitazioni in l'identificazione di isoforme full-length, quantificazione, bias PCR.
A sequenza di Nanopore si distingue da altre piattaforme di sequenza, in chì i nucleotidi sò letti direttamente senza sintesi di DNA è genera una lettura longa à decine di kilobases.Questu permette a lettura diretta incruciate e trascrizioni integrali è affruntà e sfide in studii à livellu isoforme.
Piattaforma:Nanopore PromethION
Biblioteca:cDNA-PCR
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Sequenza di l'ARNm à tutta a lunghezza -PacBio
De novosequenza di transcriptome full-length, canusciutu macari comuDe novoIso-Seq piglia i vantaghji di u sequencer PacBio in a durata di lettura, chì permette a sequenza di molécule d'ADNc di lunghezza completa senza pause.Questu evita cumplettamente qualsiasi errori generati in i passi di l'assemblea di a trascrizione è custruisce insemi unigene cù una risoluzione à livellu isoforme.Stu set unigene furnisce una infurmazione genetica putente cum'è "genoma di riferimentu" à livellu di transcriptome.Inoltre, cumminendu cù dati di sequenza di a prossima generazione, stu serviziu permette una quantificazione precisa di l'espressione à livellu isoforme.
Piattaforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: SMRT bell library -
Sequenza di mRNA eucarioti-Illumina
A sequenza di mRNA permette a profilazione di tutti i mRNA trascritti da cellule in cundizioni specifiche.Hè una tecnulugia putente per revelà u prufilu di l'espressione genica, strutture genetiche è miccanismi molecolari di certi prucessi biologichi.A data, a sequenza di mRNA hè stata largamente impiegata in a ricerca fundamentale, diagnostichi clinichi, sviluppu di droghe, etc.
Piattaforma: piattaforma Illumina NovaSeq
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Sequenza di mRNA-Illumina basata senza riferimentu
A sequenza di mRNA adotta a tecnica di sequenza di a prossima generazione (NGS) per catturà l'RNA di messageria (mRNA) forma Eucariota in un periodu specificu chì alcune funzioni speciali sò attivate.A trascrizione più longa spliced hè stata chjamata "Unigene" è usata cum'è a sequenza di riferimentu per l'analisi sussegwente, chì hè un mezzu efficace per studià u mecanismu moleculare è a reta regulatoria di a spezia senza riferimentu.
Dopu l'assemblea di dati di transcriptoma è l'annotazione funzionale unigene
(1) L'analisi SSR, a prediczione di CDS è a struttura di geni seranu preformati.
(2) A quantificazione di l'espressione unigene in ogni mostra serà realizata.
(3) L'unigeni espressi di manera differenziale trà i campioni (o gruppi) seranu scuperti basatu annantu à l'espressione unigene
(4) A clustering, l'annotazione funzionale è l'analisi di arricchimentu di l'unigeni espressi in modu differenziale seranu realizati
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Long non-coding sequencing-Illumina
Long non-coding RNAs (lncRNAs) sò un tipu di molécule di RNA cù una lunghezza di più di 200 nt, chì sò carattarizati da un putenziale di codificazione estremamente bassu.LncRNA, cum'è un membru chjave in RNAs non codificanti, si trova principalmente in u nucleu è u plasma.U sviluppu in a tecnulugia di sequenza è a bioinformatica permette l'identificazione di numerosi lncRNA novi è associà quelli cù funzioni biologiche.L'evidenza cumulativa suggerenu chì lncRNA hè largamente implicatu in a regulazione epigenetica, a regulazione di a trascrizione è a regulazione post-trascrizione.
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Small RNA sequencing-Illumina
Small RNA si riferisce à una classa di molécule di RNA non codificanti chì sò generalmente menu di 200nt in lunghezza, cumpresu micro RNA (miRNA), RNA interferenza chjucu (siRNA) è RNA piwi-interacting (piRNA).
MicroRNA (miRNA) hè una classa di RNA endogenu chjucu cù una lunghezza di circa 20-24nt, chì ghjoca una varietà di roli regulatori impurtanti in e cellule.miRNA implicatu in parechji prucessi di vita chì rivelanu un tissutu - specificu è stage - espressione specifica è altamente cunservatu in diverse spezie.
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circRNA sequencing-Illumina
I CircRNAs (RNA Circulari) sò una classe di molécule di RNA non codificanti chì sò brevi di 5' end cap è 3' end poly(A) tail.I CircRNAs realizanu una struttura circular da u ligame covalente chì hè statutu contr'à a digestione di RNA exonuclease.circRNA ghjoca un rolu impurtante in u crescita è u sviluppu di l'organisimi è a so resistenza à l'ambiente esternu.
CircRNA hà parechje funzioni, chì ponu cumpetitivamente ligà miRNA, esercitanu a funzione regulatoria di ceRNA, per regulà l'espressione genica.Nta l'ultimi anni, hè statu ancu truvatu chì hè strettamente ligatu à l'occurrence è u sviluppu di e malatie, è hà grandi perspettivi d'applicazione in a direzzione di marcatori di diagnosi di malatie è cusì.
