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Assemblea di u Genomu T2T | Sequenziamentu Ultra Longu
U Genomu T2T (Telomere-to-Telomere) hè u standard d'oru per l'assemblementu di genomi d'alta qualità, riferendu si à a ricustruzione di u genomu senza gap o senza gap, à scala cromosomica, chì si estende da un telomeru à l'altru, è chì rompe i limiti di frammentazione di l'assemblementu di genomi convenzionale.
Alimentata da u sequenziamentu di lettura ultra-longa core ONT è integrata cù u sequenziamentu prufondu multipiattaforma è pipeline bioinformatiche ottimizzate, a suluzione BMKGENE T2T Genome hà cum'è mira e "regioni scure" genomiche più intrattabili - telomeri (complessi nucleoproteici specializati à l'estremità di i cromosomi eucarioti), centromeri di organismi superiori (array di ripetizione in tandem massivi) è altre regioni di aplotipi eterozigoti è ripetizioni cumplesse, chì sò state dapoi longu irrisolvibili per u sequenziamentu di lettura longa standard. À u cuntrariu di e letture lunghe convenzionali chì ùn riescenu micca à attraversà queste regioni è causanu un collassu di sequenza o contig chimerichi, e letture ultra-lunghe ONT ponu abbraccià lacune inassemblabili è regioni cumplesse. BMKGene s'impegna à furnisce genomi T2T senza lacune o senza lacune, di alta qualità per diverse spezie.
A custruzzione di un genomu T2T sblocca regioni genomiche cumplesse prima inaccessibili, riempie lacune critiche di ricerca è furnisce dati fundamentali solidi è di alta precisione per studii approfonditi cumpresi l'evoluzione di e spezie, l'estrazione di geni funzionali, a ripruduzzione moleculare, a medicina di precisione è altre ricerche scientifiche d'avanguardia.
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Pruteomica
A proteomica si cuncentra nantu à e proteine - l'esecutori di l'attività vitali chì ghjocanu un rolu cruciale in a regulazione di a trascrizione di l'organisimu. Analiza a cumpusizione, i livelli d'espressione è i stati di mudificazione di tutte e proteine chì cambianu dinamicamente in i tessuti o e cellule, affrontendu l'impattu significativu di a dinamica di l'abbundanza di proteomi nantu à diversi prucessi vitali. Applicata largamente in medicina, agricultura è zootecnia. A proteomica qualitativa utilizza a tecnulugia d'identificazione di e proteine HPLC-MS/MS per identificà i campioni, cumpresi strisce di gel, IP è campioni CO-IP/Pull down. A proteomica quantitativa ottene una quantificazione è identificazione accurate di tutte e proteine espresse da un genomu o in un sistema mistu cumplessu. L'attuali tecnulugie proteomiche quantitative sò principalmente classificate in approcci marcati (TMT) è senza marcatura (Label Free, DIA, PRM). BMKGENE furnisce suluzioni proteomiche multipiattaforma è multitecnologiche.
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Metabolomica
A metabolomica, una disciplina à valle di a genomica, si rivolge principalmente à e sostanze à piccule molecule cù un pesu moleculare inferiore à 1500 Da. Permette à i metaboliti di riflette e risposte di l'organismi à stimuli esterni è cambiamenti fisiologichi/patologichi in modu più sensibile. I cambiamenti di u livellu di i metaboliti indotti da variazioni genetiche sò ancu in u so scopu di ricerca, furnendu una nova perspettiva di ricerca.
BMKGENE offre una gamma cumpleta di servizii di metabolomica, cumprese a metabolomica micca mirata, a metabolomica largamente mirata è a metabolomica mirata. Usendu a cromatografia liquida-spettrometria di massa (LC-MS) o a cromatografia gassosa-spettrometria di massa (GC-MS), si ponu rilevà i cambiamenti dinamichi in a maiò parte di i metaboliti di piccule molecule in l'organismi prima è dopu a stimulazione esterna. U core di sti servizii stà in l'identificazione di metaboliti cù differenze significative trà i gruppi sperimentali è di cuntrollu è in l'esplorazione ulteriore di a so currelazione cù i cambiamenti fisiologichi/patologichi è i meccanismi sottostanti.
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Sequenziamentu di mRNA/LncRNA/CircRNA esosomale-Illumina
L'esosomi sò piccule vescicule secrete da e cellule, chì varianu tipicamente in diametru da 30 à 100 nanometri. Queste vescicule cuntenenu diversi RNA. Si crede chì l'esosomi ghjucanu un rollu cruciale in a cumunicazione intercellulare, e risposte immunitarie è u sviluppu di e malatie, è ponu esse disseminati in altre parti di u corpu attraversu fluidi curpurei cum'è plasma, saliva è urina. Portanu biomolecule specifiche per regulà e funzioni di e cellule riceventi, influenzendu i stati fisiologichi cellulari. Si cunsidereghja ancu chì l'esosomi ghjucanu un rollu chjave in u sviluppu di e malatie, cumpresi i cancri, e malatie neurodegenerative è e cundizioni infiammatorie. A ricerca nantu à l'esosomi offre novi intuizioni è metudi per a diagnosi, u trattamentu è a prevenzione di e malatie.
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Sequenziamentu di Picculi RNA Esosomali-Illumina
L'esosomi sò piccule vescicule secrete da e cellule, tipicamente cù un diametru chì varieghja da 30 à 100 nanometri. Queste vescicule cuntenenu diversi RNA. Frà i tipi di RNA in l'esosomi, u più cumunu è studiatu ampiamente hè u microRNA (miRNA). U miRNA hè una classa di picculi RNA non codificanti di circa 18-25 nucleotidi di lunghezza. Medianu u silenziamentu geneticu post-trascrizionale legandosi à a regione 3′ non tradotta (3′ UTR) di l'mRNA bersagli, regulendu cusì l'espressione genica. Per esempiu, l'esosomi secrete da certe cellule tumorali cuntenenu miRNA specifichi, cum'è miR-126 è miR-92a. Questi miRNA ponu influenzà l'espressione genica in e cellule riceventi è prumove l'angiogenesi tumorale (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
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BMKMANU S3000_Trascrittoma Spaziale
A trascrittomica spaziale hè una tecnica chì ci permette di catturà è visualizà l'espressione genica in i tessuti. Questu pò esse cruciale per capisce cumu interagiscenu e cellule.
Ci sò diverse piattaforme per questu approcciu. À questu puntu, BMKGene hà sviluppatu u chip di trascrittomu spaziale BMKManu 3000, una piattaforma chì aumenta e prestazioni di a tecnica, righjunghjendu una risoluzione subcellulare è permettendu un paràmetru di risoluzione multilivello.
Stu chip cuntene 4,2 milioni di macchie aduprendu una tecnulugia brevettata di micropozzi stratificati cù perle caricate cù sonde cù codice à barre spaziale. Cù stu metudu, dopu a cattura è l'amplificazione, ottenemu una biblioteca di cDNA arricchita cù i campioni cù codice à barre chì hè cumpatibile cù Illumina.
Nantu à i dati, a cumbinazione di codici à barre spaziali è UMI garantisce a precisione è a specificità di i dati generati. Cumbinendu tuttu ciò chì hè statu dettu sopra, BMKManu furnisce un paràmetru di dati estremamente versatile.
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Biblioteche predefinite DNBSEQ
DNBSEQ, sviluppata da MGI, hè una tecnulugia NGS innovativa chì hè riescita à riduce ulteriormente i costi di sequenziamentu è à aumentà u rendimentu. A preparazione di e biblioteche DNBSEQ implica a frammentazione di u DNA, a preparazione di ssDNA è l'amplificazione di cerchi rotanti per ottene e nanoball di DNA (DNB). Queste sò poi caricate nantu à una superficia solida è successivamente sequenziate per sintesi combinatoria Probe-Anchor (cPAS). A tecnulugia DNBSEQ combina i vantaghji di avè un bassu tassu d'errore di amplificazione cù l'usu di mudelli d'errore ad alta densità cù nanoball, risultendu in un sequenziamentu cù un rendimentu è una precisione più elevati.
U nostru serviziu di sequenziamentu di biblioteche predefinite permette à i clienti di preparà biblioteche di sequenziamentu Illumina da diverse fonti (mRNA, genomu interu, amplicone, biblioteche 10x, frà altre), chì sò cunvertite in biblioteche MGI in i nostri laboratorii per esse sequenziate in DNBSEQ-T7, permettendu quantità elevate di dati à costi più bassi.
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Interazione di cromatina basata nantu à Hi-C
Hi-C hè un metudu cuncipitu per catturà a cunfigurazione genomica cumbinendu l'interazzione basate nantu à a prossimità è u sequenziamentu à altu rendimentu. U metudu hè basatu annantu à a reticolazione di a cromatina cù a formaldeide, seguita da a digestione è a riligazione in modu chì solu i frammenti chì sò ligati covalentemente formeranu prudutti di ligazione. Sequenziendu questi prudutti di ligazione, hè pussibule studià l'urganizazione 3D di u genomu. Hi-C permette di studià a distribuzione di e porzioni di u genomu chì sò ligeramente impacchettate (compartimenti A, eucromatina) è più propensi à esse trascrizionalmente attive, è e regioni chì sò più strettamente impacchettate (compartimenti B, Eterocromatina). Hi-C pò ancu esse adupratu per individuà i Domini Topologicamente Associati (TAD), regioni di u genomu chì anu strutture piegate è sò propensi à avè mudelli d'espressione simili, è per identificà i loop di cromatina, regioni di DNA chì sò ancorate inseme da proteine è chì sò spessu arricchite in elementi regulatori. U serviziu di sequenziamentu Hi-C di BMKGene permette à i circadori di esplorà e dimensioni spaziali di a genomica, aprendu novi vie per capisce a regulazione di u genomu è e so implicazioni in a salute è a malatia.
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Soluzione di mRNA à lunghezza piena PacBio 2+3
Mentre u sequenziamentu di l'mRNA basatu annantu à NGS hè un strumentu versatile per quantificà l'espressione genica, a so dipendenza da letture corte limita a so efficacia in analisi trascrittomiche cumplesse. D’altronde, u sequenziamentu PacBio (Iso-Seq) impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette u sequenziamentu di trascritti di mRNA à lunghezza cumpleta. Questu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni geniche è poli-adenilazione, ancu s'ellu ùn hè micca a scelta primaria per a quantificazione di l'espressione genica. A cumbinazione 2+3 colma u fossu trà Illumina è PacBio basendu si nantu à e letture PacBio HiFi per identificà l'inseme cumpletu di isoforme di trascrizione è u sequenziamentu NGS per quantificà l'isoforme identiche.
Piattaforme: PacBio Revio è Illumina NovaSeq
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Analisi di l'Associazione à livellu di u genomu
L'obiettivu di i Studi d'Associazione à u Genomu Interu (GWAS) hè di identificà varianti genetiche (genotipi) ligate à tratti specifichi (fenotipi). Esaminendu i marcatori genetichi in tuttu u genomu in un gran numeru d'individui, i GWAS extrapolanu l'associazioni genotipu-fenotipu per mezu di analisi statistiche à livellu di pupulazione. Sta metodologia trova ampie applicazioni in a ricerca di e malatie umane è in l'esplorazione di geni funziunali ligati à tratti cumplessi in animali o piante.
À BMKGENE, offremu duie vie per realizà GWAS nantu à grande pupulazioni: impiegà u Sequenziamentu di u Genomu Interu (WGS) o optà per un metudu di sequenziamentu di u genomu à rapprisentazione ridutta, u Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) sviluppatu internamente. Mentre chì WGS hè adattatu à i genomi più chjuchi, SLAF emerge cum'è una alternativa à bon pattu per studià pupulazioni più grande cù genomi più longhi, minimizendu efficacemente i costi di sequenziamentu, pur garantendu una alta efficienza di scuperta di marcatori genetichi.
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Sequenziamentu di RNA à nucleu unicu
U sviluppu di tecniche di cattura di cellule singole è di custruzzione di biblioteche persunalizate, accumpagnatu da u sequenziamentu à altu rendimentu, hà rivoluzionatu i studii di l'espressione genica à u livellu cellulare. Questa scuperta permette un'analisi più profonda è cumpleta di pupulazioni cellulari cumplesse, superendu i limiti assuciati à a media di l'espressione genica nantu à tutte e cellule è priservendu a vera eterogeneità in queste pupulazioni. Mentre u sequenziamentu di l'ARN di cellule singole (scRNA-seq) hà vantaghji innegabili, incontra sfide in certi tessuti induve a creazione di una sospensione di cellule singole si rivela difficiule è richiede campioni freschi. In BMKGene, affrontemu questu ostaculu offrendu u sequenziamentu di l'ARN di nucleu unicu (snRNA-seq) utilizendu a tecnulugia 10X Genomics Chromium di punta. Questu approcciu allargisce u spettru di campioni suscettibili di analisi di trascrittoma à u livellu di cellule singole.
L'isolamentu di i nuclei hè realizatu per mezu di l'innovativu chip 10X Genomics Chromium, chì presenta un sistema microfluidicu à ottu canali cù doppii incruciamenti. In questu sistema, e perle di gel chì incorporanu codici à barre, primer, enzimi è un unicu nucleu sò incapsulate in gocce d'oliu di a dimensione di nanolitri, furmendu Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Dopu a furmazione di GEM, a lisi cellulare è u rilasciu di codici à barre si verificanu in ogni GEM. Successivamente, e molecule di mRNA subiscenu una trascrizione inversa in cDNA, chì incorporanu codici à barre 10X è Identificatori Moleculari Unichi (UMI). Questi cDNA sò poi sottumessi à a custruzzione di una biblioteca di sequenziamentu standard, facilitendu una esplorazione robusta è cumpleta di i profili d'espressione genica à u livellu di una sola cellula.
Piattaforma: 10× Piattaforma Genomica di Cromu è Illumina NovaSeq
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Sequenziamentu di u Genomu Interu di Piante/Animali
U Sequenziamentu di u Genomu Interu (WGS) hè una tecnica aduprata per determinà a sequenza cumpleta di DNA di u genomu di un urganisimu in un solu mumentu.
Di solitu, u serviziu hè divisu in dui gruppi diffirenti secondu l'esistenza di un genomu di riferimentu:
- Di novusequenziamentu di u genomu interu.In questa situazione, u genomu da sequenzià ùn hà micca un genomu di riferimentu dispunibule, è per questa ragione, l'ughjettivu di stu sequenziamentu hè di generallu (o di migliurà unu esistente). Sta tecnica hà bisognu di utilizà sia i dati Illumina sia u sequenziamentu à longa lettura per migliurà l'assemblea di u genomu creendu una sovrapposizione trà e letture.
- Risequenziamentu.Si riferisce à u sequenziamentu di u genomu sanu di diversi individui di spezie cù genomi di riferimentu cunnisciuti. Nantu à sta basa, e differenze genomiche di l'individui o di e pupulazioni ponu esse identificate più in dettagliu.
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Sequenziamentu di mRNA à lunghezza cumpleta - Nanopore
Mentre u sequenziamentu di l'mRNA basatu annantu à NGS hè un strumentu versatile per quantificà l'espressione genica, a so dipendenza da letture corte limita a so efficacia in analisi trascrittomiche cumplesse. D’altronde, u sequenziamentu di nanopori impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette u sequenziamentu di trascritti di mRNA di lunghezza cumpleta. Questu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni geniche, poli-adenilazione è quantificazione di isoformi di mRNA.
U sequenziamentu di i nanopori, un metudu chì si basa nantu à i signali elettrichi in tempu reale di una sola molecula di nanopori, furnisce risultati in tempu reale. Guidatu da e proteine motorie, u DNA à doppia catena si lega à e proteine di i nanopori incorporate in un biofilm, srotolendu si mentre passa per u canale di i nanopori sottu una differenza di tensione. I signali elettrichi distintivi generati da diverse basi nantu à a catena di DNA sò rilevati è classificati in tempu reale, facilitendu un sequenziamentu di nucleotidi precisu è continuu. Questu approcciu innovativu supera e limitazioni di lettura corta è furnisce una piattaforma dinamica per analisi genomiche intricate, cumpresi studii trascrittomici cumplessi, cù risultati immediati.
Piattaforma: Nanopore PromethION 48
