Long non-coding sequencing-Illumina
Vantaghji di serviziu
● Vantaggi di serviziu
● Cellulari è tissutu specifichi
● Tappa specifichi sprime è presenta cambiamentu di espressione dinamica
● Modelli precisi di spressione tempu è spaziu
● Analisi cumuna cù dati mRNA.
● Consegna di risultati basatu in BMKCloud: Data mining persunalizata dispunibule nantu à a piattaforma.
● Servizii post-vendita validu per 3 mesi dopu à a fine di u prugettu
Requisiti di mostra è consegna
| Biblioteca | Piattaforma | Dati cunsigliatu | Dati QC |
| depletion de l'ARNr | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Cuntaminazione limitata o micca di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Per i pianti: RIN≥6.5; Per l'animali: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitazione o senza elevazione di basa |
Nucleotidi:
Tissu: Pesu (secu): ≥1 g
* Per i tissuti più chjuchi di 5 mg, ricumandemu di mandà un campione di tissutu congelatu (in nitrogenu liquidu).
Suspension cellula: Conte di cellula = 3 × 107
* Hè cunsigliatu di spedite lisatu di cellule congelate.In casu chì a cellula conta più chjuca di 5 × 105, Flash congelatu in nitrogenu liquidu hè cunsigliatu.
Campioni di sangue:
PA×geneBloodRNATube;
6 mLTRIzol è 2 mL di sangue (TRIzol: Sangue = 3:1)
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Contenitore: Tubu da centrifuga da 2 ml (Un fogliu di stagno ùn hè micca cunsigliatu)
Esempiu di etichettatura: Gruppu + replicate per esempiu A1, A2, A3;B1, B2, B3....
spedizione:
1.Dry-ice: Samples deve esse imballatu in sacchetti è intarratu in seccu-ghiacciu.
2. Tubi RNAstable: i campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di RNA (per esempiu RNAstable®) è spediti in a temperatura di l'ambienti.
Flussu di travagliu di serviziu
Prughjettu di cuncepimentu
Consegna di mostra
estrazione di RNA
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Bioinformatica
1.LncRNA classificazione
LncRNA previstu da i quattru software sopra sò stati classificati in categurie 4: lincRNA, anti-sensu-LncRNA, intrronic-LncRNA;sensu-LncRNA.A classificazione di LncRNA hè stata mostrata in l'istogramma sottu.
Classificazione LncRNA
2.Cis-targeted genes di DE-lncRNA analisi arricchimentu
ClusterProfiler hè statu impiegatu in l'analisi di arricchimentu GO nantu à i geni cis-targeted di lncRNA espressi differenzialmente (DE-lncRNA), in termini di prucessi biologichi, funzioni moleculari è cumpunenti cellulari.L'analisi di arricchimentu GO hè un prucessu per identificà i termini GO significativamente arricchiti diretti da DEG cumparatu cù u genoma sanu.I termini arricchiti sò stati presentati in histogram, bubble chart, etc.
Geni Cis-targeted di l'analisi di arricchimentu DE-lncRNA - Graficu di bolle
3. Paragunendu a lunghezza, u numeru di l'esone, l'ORF è l'espressione quantità di mRNA è lncRNA, pudemu capisce e sferenze in a struttura, a sequenza è cusì trà elli, è verificate ancu s'ellu u lncRNA rumanzu previstu da noi cunforma à e caratteristiche generale.
Casu BMK
U prufilu d'espressione di lncRNA deregulated in l'adenocarcinoma di u pulmone di u mouse cù mutazione KRAS-G12D è knockout P53
Publicatu:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Strategia di sequenza
Illumina
Raccolta di campioni
E cellule NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) è cellule di cuntrollu negativu (sh-Scr) sò stati ottenuti u ghjornu 6 di una infezzjoni virali specifica.
I risultati chjave
Stu studiu investiga i lncRNAs espressi in modo aberrante in l'adenocarcinoma di u pulmone di u mouse cù knockout P53 è a mutazione KrasG12D.
1.6424 lncRNAs sò stati espressi di manera differenziale (≥ 2-fold change, P <0.05).
2.Tra tutti i 210 lncRNAs (FC≥8), l'espressione di 11 lncRNAs hè stata regulata da P53, 33 lncRNAs da KRAS è 13 lncRNAs da ipoxia in i celluli KP primari, rispettivamente.
3.NONMMUT015812, chì era notevolmente up-regulated in l'adenocarcinoma di u pulmone di u mouse è regulatu negativamente da a re-espressione P53, hè stata rilevata per analizà a so funzione cellulare.
4.Knockdown di NONMMUT015812 da shRNAs diminuite a proliferazione è a capacità di migrazione di e cellule KP.NONMMUT015812 era un oncogenu potenziale.
 Analisi di via KEGG di i geni espressi di manera differenziale in e cellule KP di knockdown NONMMUT015812 |  Analisi di l'ontologia genica di i geni espressi di manera differenziale in e cellule KP NONMMUT015812-knockdown |
Riferimentu
U prufilu d'espressione di lncRNA deregulated in l'adenocarcinoma di u pulmone di u mouse cù mutazione KRAS-G12D è knockout P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI： 10.1111/jcmm.14584
