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Interazione di cromatina basata nantu à Hi-C
Hi-C hè un metudu cuncipitu per catturà a cunfigurazione genomica cumbinendu l'interazzione basate nantu à a prossimità è u sequenziamentu à altu rendimentu. U metudu hè basatu annantu à a reticolazione di a cromatina cù a formaldeide, seguita da a digestione è a riligazione in modu chì solu i frammenti chì sò ligati covalentemente formeranu prudutti di ligazione. Sequenziendu questi prudutti di ligazione, hè pussibule studià l'urganizazione 3D di u genomu. Hi-C permette di studià a distribuzione di e porzioni di u genomu chì sò ligeramente impacchettate (compartimenti A, eucromatina) è più propensi à esse trascrizionalmente attive, è e regioni chì sò più strettamente impacchettate (compartimenti B, Eterocromatina). Hi-C pò ancu esse adupratu per individuà i Domini Topologicamente Associati (TAD), regioni di u genomu chì anu strutture piegate è sò propensi à avè mudelli d'espressione simili, è per identificà i loop di cromatina, regioni di DNA chì sò ancorate inseme da proteine è chì sò spessu arricchite in elementi regulatori. U serviziu di sequenziamentu Hi-C di BMKGene permette à i circadori di esplorà e dimensioni spaziali di a genomica, aprendu novi vie per capisce a regulazione di u genomu è e so implicazioni in a salute è a malatia.
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Sequenziamentu di l'immunoprecipitazione di a cromatina (ChIP-seq)
L'immunoprecipitazione di a cromatina (CHIP) hè una tecnica chì sfrutta l'anticorpi per arricchisce selettivamente e proteine leganti à u DNA è i so currispondenti bersagli genomichi. A so integrazione cù NGS permette a prufilatura à livellu di genomu di bersagli di DNA assuciati à a mudificazione di l'istoni, i fattori di trascrizione è altre proteine leganti à u DNA. Questu approcciu dinamicu permette paragoni di siti di legame trà diversi tipi di cellule, tessuti o cundizioni. L'applicazioni di ChIP-Seq spazianu da u studiu di a regulazione trascrizionale è di e vie di sviluppu à l'elucidazione di i meccanismi di e malatie, rendendulu un strumentu indispensabile per capisce i paisaghji di regulazione genomica è fà avanzà l'intuizioni terapeutiche.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Sequenziamentu di u bisulfitu di u genomu interu (WGBS)
Sta tecnica, basata annantu à u trattamentu di u DNA cù bisulfitu per induce a cunversione di citosine non metilate in uracile (C à U), lascendu invariate e citosine metilate, si prisenta cum'è a metodologia di punta per una esplorazione approfondita di a metilazione di u DNA, in particulare a quinta pusizione in a citosina (5-mC), un regulatore pivotale di l'espressione genica è di l'attività cellulare.
Sta tecnica offre una risoluzione à basa unica, chì permette à i circadori d'investigà in modu cumpletu u metiloma è di scopre mudelli di metilazione anormali in i campioni. Impieghendu WGBS, i scientifichi ponu ottene insights senza paragone in i paisaghji di metilazione à livellu di u genomu, furnendu una cumprensione sfumata di i miccanismi epigenetichi chì sò à a basa di diversi prucessi biologichi è malatie.
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Saggio per a Cromatina Accessibile à a Transposasi cù Sequenziamentu à Alta Rendimentu (ATAC-seq)
ATAC-seq hè una tecnica di sequenziamentu à altu rendimentu aduprata per l'analisi di l'accessibilità di a cromatina à livellu di u genomu. U so usu furnisce una cunniscenza più profonda di i meccanismi cumplessi di u cuntrollu epigeneticu glubale di l'espressione genica. U metudu usa una trasposasi Tn5 iperattiva per frammentà è etichettà simultaneamente e regioni di cromatina aperte inserendu adattatori di sequenziamentu. L'amplificazione PCR successiva porta à a creazione di una biblioteca di sequenziamentu, chì permette l'identificazione cumpleta di e regioni di cromatina aperte in cundizioni spazio-tempurali specifiche. ATAC-seq furnisce una visione olistica di i paisaghji di cromatina accessibili, à u cuntrariu di i metudi chì si focalizanu solu nantu à i siti di legame di i fattori di trascrizione o regioni specifiche mudificate da istoni. Sequenziendu queste regioni di cromatina aperte, ATAC-seq rivela regioni più propensi à avè sequenze regulatorie attive è potenziali siti di legame di i fattori di trascrizione, offrendu preziose informazioni nantu à a modulazione dinamica di l'espressione genica in tuttu u genomu.
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Sequenziamentu di Bisulfiti à Rappresentazione Ridotta (RRBS)
U sequenziamentu à ridutta rapprisentazione di bisulfitu (RRBS) si basa nantu à l'arricchimentu di e regioni ricche di l'isule CpG per via di a scissione di MspI seguita da a selezzione di a dimensione di frammenti di 200-500/600 bps. Di cunsiguenza, solu e regioni prossimali à l'isule CpG sò sequenziate, mentre chì quelle cù isule CpG distanti sò escluse da l'analisi. Stu prucessu, cumminatu cù u sequenziamentu di bisulfitu, permette una rilevazione à alta risoluzione di a metilazione di u DNA, è l'approcciu di sequenziamentu, PE150, si concentra specificamente nantu à l'estremità di l'inserti piuttostu chè nantu à u mezu, aumentendu l'efficienza di a prufilazione di metilazione.
Sta tecnica hè diventata un'alternativa efficace è à bon pattu à u Sequenziamentu di u Bisulfitu di u Genomu Interu (WGBS) in a ricerca di metilazione di u DNA. Mentre u WGBS furnisce insights cumpleti esaminendu u genomu interu à una risoluzione di basa unica, u so costu elevatu pò esse un fattore limitante, chì u RRBS mitiga strategicamente sta sfida analizendu selettivamente una parte rappresentativa di u genomu. Sta metodologia hè un strumentu preziosu chì permette una ricerca efficace in termini di costi nantu à a metilazione di u DNA è avanza a cunniscenza di i meccanismi epigenetici.
