Sequencing Metagenomic-Nanopore
Vantaghji di serviziu
● High-di qualità assemblea-Enhancing accuratezza di identità spezie è prediction gene functional
● Isolamentu di genomu bacteriale chjusu
● Applicazione più putente è affidabile in diverse aree, per esempiu, rilevazione di microorganismi patogeni o geni di resistenza à l'antibiotici
● Analisi metagenome comparativa
Specificazioni di serviziu
| Piattaforma | Sequencing | Dati cunsigliatu | Tempu di turnaround |
| Nanoporu | ONT | 6 G/10 G | 65 ghjorni di travagliu |
Analisi bioinformatica
● cuntrollu di qualità di dati crudu
● Assemblea Metagenome
● Inseme di geni non redundant è annotazione
● Analisi di a diversità di spezie
● Analisi di diversità di funzione genetica
● Analisi inter-gruppu
● Analisi di associu contr'à fattori spirimintali
Requisiti di mostra è consegna
Esigenze di mostra è consegna
Requisiti di mostra:
Perestratti di DNA:
| Tipu di mostra | A quantità | Cuncentrazione | Purità |
| estratti di DNA | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Per i campioni ambientali:
| Tipu di mostra | Prucedura di campionamentu cunsigliatu |
| Terra | Quantità di campionamentu: ca.5 g;A sostanza secca restante deve esse eliminata da a superficia;Macinate pezzi grossi è passanu per un filtru di 2 mm;Campioni aliquotati in EP-tube sterile o cyrotube per a riservazione. |
| Feces | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote i campioni in un tubo EP sterile o un criotubo per prenotazione. |
| Cuntenuti intestinali | I campioni anu da esse processati in cundizioni asettiche.Lavà u tissutu cullatu cù PBS;Centrifugare le PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP. |
| Sludge | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote di campione di fango in un tubo EP sterile o un cryotube per prenotazione |
| Corpu d'acqua | Per a mostra cù una quantità limitata di microbica, cum'è l'acqua di u robba, l'acqua di pozzu, etc., Raccoglie almenu 1 L d'acqua è passa per un filtru di 0,22 μm per arricchisce microbial nantu à a membrana.Mantene a membrana in un tubu sterile. |
| A pelle | Raschiate cù cura a superficia di a pelle cù un tampone di cuttuni sterile o una lama chirurgica è mette in un tubu sterile. |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Freeze i campioni in nitrogenu liquidu per l'ora di 3-4 è almacenà in nitrogenu liquidu o -80 gradi à riservazione longu.U trasportu di mostra cù ghiaccio seccu hè necessariu.
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
1.Heatmap: Raggruppamentu di ricchezza di spezie
2.Geni funzionali annotati à i viaghji metabolichi KEGG
3.Species reta correlation
4.Circos di CARD genes resistenza antibiotici
Casu BMK
A metagenomica di Nanopore permette un diagnosticu clinicu rapidu di l'infezzione bacteriana respiratoria inferiore
Publicatu:Biotecnologia di a natura, 2019
Highlights tecnichi
Sequenza: Nanopore MinION
Bioinformatica metagenomica clinica: Depletion DNA Host, analisi WIMP è ARMA
Rilevazione rapida: 6 ore
Alta sensibilità: 96,6%
I risultati chjave
In u 2006, l'infezzione respiratoria inferiore (LR) hà causatu 3 milioni di morti umani in u mondu.U metudu tipicu per a rilevazione di u patogenu LR1 hè a cultura, chì hà una sensibilità povira, un longu tempu di turnu è hè mancanza di guida in a terapia antibiotica iniziale.Un diagnosticu microbiale rapidu è precisu hè statu longu un bisognu urgente.U duttore Justin da l'Università di East Anglia è i so cumpagni hà sviluppatu successu un metudu metagenomicu basatu in Nanopore per a rilevazione di patogeni.Sicondu u so flussu di travagliu, u 99,99% di l'ADN di l'ospite pò esse sbulicatu.A rilevazione di i patogeni è di i geni resistenti à l'antibiotici pò esse finitu in 6 ore.
Riferimentu
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J. .(2019).A metagenomica di Nanopore permette un diagnosticu clinicu rapidu di l'infezzione bacteriana respiratoria inferiore.Biotecnologia di a natura, 37 (7), 1.
