Sequenza metagenomica-TGS
Un metagenome hè una cullizzioni di u materiale geneticu di una cumunità mista d'organisimi, cum'è metagenomi ambientali è umani. Contene genomi di i microorganisimi cultivabili è incultivabili. A sequenza metagenomica permette u studiu di sti paisaghji genomici intricati incrustati in campioni ecologichi fornendu più di prufilu tassonomichi. Offre ancu una perspettiva di genomica funzionale esplorendu i geni codificati è i so roli putativi in i prucessi ambientali. Mentre chì l'avvicinamenti tradiziunali di fucile cù sequencing Illumina sò stati largamente utilizati in studii metagenomici, l'avventu di Nanopore è PacBio sequencing longu di leghje anu cambiatu u campu. A tecnulugia Nanopore è PacBio migliora l'analisi bioinformatiche in a valle, in particulare l'assemblea di metagenoma, assicurendu assemblei più cuntinui. I rapporti indicanu chì a metagenomica basata in Nanopore è PacBio hà generatu cun successu genomi batterichi cumpleti è chjusi da microbiomi cumplessi (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). L'integrazione di letture Nanopore cù letture Illumina furnisce un approcciu strategicu per a correzione di l'errore, mitigendu a bassa precisione inerente di Nanopore. Questa cumminazione sinergica sfrutta i punti di forza di ogni piattaforma di sequenza, offre una soluzione robusta per superà e limitazioni potenziali è avanzendu a precisione è l'affidabilità di l'analisi metagenomiche.
Piattaforma: Nanopore PromethION 48, Illumia è PacBio Revio
Funzioni di serviziu
● Sequenza di lettura longa nantu à Nanopore P48 (biblioteca 10Kb); PacBio Revio (biblioteca 8Kb)
● Correzione di errore: sequenza nantu à Illumina NovaSeq (biblioteca PE150)
Vantaghji di serviziu
●Assemblea di Metagenoma di Alta Qualità:Cù menu contigs chì anu una continuità più altu.
●Precisione più alta:Identificazione di spezie è predizione di geni funzionali.
●Assemblea Migliurata: Facilità l'isolamentu di u genoma bacteriale è l'analisi comparativa di metagenoma.
●Analisi Bioinformatica Comprensiva:A nostra analisi hè focu micca solu nantu à a diversità tassonomica, ma ancu in a diversità funziunale di a cumunità.
●Vasta Esperienza: A nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu, cù una storia di chjude cù successu multiplici di prughjetti di metagenomica in diversi domini di ricerca è trasfurmà più di 200 000 campioni, a nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu.
Specificazioni di serviziu
| Piattaforma di sequenza | Strategia di sequenza | Dati cunsigliatu |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6/10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10/20 Gb |
Requisiti di mostra
| Concentrazione (ng/µL) | Quantità totale (µg) | Volume (µL) | |
| Biblioteca Illumina PE150 | ≥1 | ≥ 0,03 | ≥20 |
| Biblioteca Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Libreria PacBio 8 kb | ≥50 | 10 µg/cellule | ≥20 |
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
Include l'analisi seguente:
● Sequencing Data Control Quality
● Assemblea Metagenome è Predizione Gene
● Gene Annotation
● Taxonomic Alpha Diversity Analysis
● Analisi Funziunale di a Cumunità: Funzione Biologica, Metabolica, Resistenza Antibiotica
● Analisi di a diversità Funziunale è Tassonomica :
Analisi di a diversità Beta
Analisi intergruppu
Analisi di correlazione: trà fatturi ambientali è cumpusizioni OUT è diversità
Distribuzione di l'insieme di geni non redundante:
Annotazione genetica: via KEGG
Annotazione genetica: eggNOG
Annotazione genetica: carboidrati CAZY
Rete di correlazione di spezie:
Esplora l'avanzamenti facilitati da u serviziu di sequencing metagenomica di BMKGene cù Nanopore + Illumina cù sta publicazione presentata:
Jin, H. et al. (2023) "Un cumpendiu di genomu d'alta qualità di u microbioma intestinale umanu di i Mongoli Interni", Nature Microbiology 2023 8: 1, 8 (1), pp. 150-161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
