Sequenziamentu Metagenomicu-TGS
Un metagenoma hè una cullezzione di u materiale geneticu di una cumunità mista d'organismi, cum'è i metagenomi ambientali è umani. Cuntene genomi di microrganismi cultivabili è micca cultivabili. U sequenziamentu metagenomicu permette u studiu di sti paisaghji genomichi intricati integrati in campioni ecologichi furnendu più cà a prufilatura tassonomica. Offre ancu una perspettiva di genomica funzionale esplorendu i geni codificati è i so roli putativi in i prucessi ambientali. Mentre l'approcci tradiziunali di shotgun cù u sequenziamentu Illumina sò stati largamente aduprati in studii metagenomichi, l'avventu di u sequenziamentu à longa lettura Nanopore è PacBio hà cambiatu u campu. A tecnulugia Nanopore è PacBio migliora l'analisi bioinformatiche à valle, in particulare l'assemblaggio di metagenomi, assicurendu assemblaggi più cuntinui. I rapporti indicanu chì a metagenomica basata nantu à Nanopore è PacBio hà generatu cù successu genomi batterichi cumpleti è chjusi da microbiomi cumplessi (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). L'integrazione di letture Nanopore cù letture Illumina furnisce un approcciu strategicu per a currezzione di l'errori, mitigendu a bassa precisione inerente di Nanopore. Questa cumbinazione sinergica sfrutta i punti di forza di ogni piattaforma di sequenziamentu, offrendu una suluzione robusta per superà e limitazioni potenziali è avanzendu a precisione è l'affidabilità di l'analisi metagenomiche.
Piattaforma: Nanopore PromethION 48, Illumia è PacBio Revio
Funzioni di serviziu
● Sequenziamentu di lettura longa nantu à Nanopore P48 (libreria 10Kb); PacBio Revio (libreria 8Kb)
● Currezzione d'errore: sequenziamentu nantu à Illumina NovaSeq (libreria PE150)
Vantaghji di u serviziu
●Assemblaggio di Metagenoma di Alta Qualità:Cù menu contigs chì anu una cuntinuità più alta.
●Maggiore precisione:Identificazione di e spezie è predizione di geni funziunali.
●Assemblea MigliurataFacilità l'isolamentu di u genomu battericu è l'analisi cumparativa di u metagenomu.
●Analisi Bioinformatica Cumpleta:A nostra analisi hè focalizzata micca solu nantu à a diversità tassonomica ma ancu nantu à a diversità funziunale di a cumunità.
●Una vasta esperienzaA nostra squadra porta una ricca sperienza à ogni prughjettu, cù una sperienza di chjusura cù successu di parechji prughjetti di metagenomica in diversi duminii di ricerca è di trasfurmazione di più di 200 000 campioni, a nostra squadra porta una ricca sperienza à ogni prughjettu.
Specifiche di serviziu
| Piattaforma di sequenziamentu | Strategia di Sequenziamentu | Dati cunsigliati |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 Gb |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 Gb |
Requisiti di Campione
| Cuncentrazione (ng/µL) | Quantità tutale (µg) | Volume (µL) | |
| Biblioteca Illumina PE150 | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Biblioteca Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Biblioteca PacBio di 8 kb | ≥50 | 10 µg/cellula | ≥20 |
Flussu di travagliu di serviziu
Cunsegna di campioni
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Include l'analisi seguente:
● Cuntrollu di a qualità di i dati di sequenziamentu
● Assemblea di u Metagenoma è Previsione di Geni
● Annotazione di u genu
● Analisi di a Diversità Alfa Tassonomica
● Analisi Funziunale di a Cumunità: Funzione Biologica, Metabolica, Resistenza à l'Antibiotici
● Analisi di a diversità funzionale è tassonomica:
Analisi di a Diversità Beta
Analisi Intergruppu
Analisi di currelazione: trà fattori ambientali è cumpusizione è diversità di l'OUT
Distribuzione di l'inseme di geni non ridondanti:
Annotazione di u genu: via KEGG
Annotazione di u genu: egNOG
Annotazione di u genu: Carboidrati CAZY
Rete di currelazione di e spezie:
Esplora i progressi facilitati da u serviziu di sequenziamentu metagenomicu di BMKGene cù Nanopore + Illumina cù sta publicazione presentata:
Jin, H. et al. (2023) 'Un cumpendiu di genomu di alta qualità di u microbioma intestinale umanu di i Mongoli Interni', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), pp. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
