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mRNA-seq (NGS) cù genomu di riferimentu

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mRNA-seq (NGS) cù genomu di riferimentu

RNA-seq hè un strumentu standard in e scienze di a vita è di e culture, chì colma u fossu trà i genomi è i proteomi. A so forza stà in a scuperta di novi trascritti è a quantificazione di a so espressione in un solu test. Hè largamente utilizatu per studii trascrittomichi cumparativi, chì mettenu in luce i geni ligati à vari tratti o fenotipi, cum'è paragunà i mutanti à i tipi salvatichi o rivelà l'espressione genica in cundizioni specifiche. L'APP BMKCloud mRNA (Reference) integra a quantificazione di l'espressione, l'analisi di l'espressione differenziale (DEG) è l'analisi di a struttura di sequenza in a pipeline bioinformatica mRNA-seq (NGS) è amalgama i punti di forza di software simili, assicurendu a cunvenienza è a facilità d'usu. L'utilizatori ponu caricà i so dati RNA-seq in u cloud, induve l'App offre una suluzione cumpleta d'analisi bioinformatica one-stop. Inoltre, dà priorità à l'esperienza di u cliente, offrendu operazioni persunalizate adattate à i bisogni specifichi di l'utilizatori. L'utilizatori ponu impostà parametri è invià a missione di a pipeline da soli, verificà u rapportu interattivu, vede dati / diagrammi è cumpletà l'estrazione di dati, cum'è: selezzione di geni target, clustering funzionale, diagrammi, ecc.

Risultati di a dimustrazione
Estrazione di dati
Requisitu d'importazione
Analisi principale
Riferimentu
Risultati di a dimustrazione

Estrazione di dati

Requisitu d'importazione

Piattaforma:Illumina, MGI
Strategia:RNA-Seq
Disposizione: Paried, dati puliti.
Tipu di biblioteca:fr-senza filamenti, fr-primu filamentu o fr-secondu filamentu
Lunghezza di lettura:150 bp
Tipu di schedariu:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. U sistemaaccoppia automaticamente i fugliali .fastq secondu i so nomi di fugliali,per esempiu *_1.fastq assuciatu cù *._2.fastq.
Numeru di campioni:Ùn ci sò micca restrizioni nantu à u numerudi campioni, ma u tempu d'analisi aumenterà cù u numeru dii campioni crescenu.
Quantità di dati cunsigliata:6G per campione

Analisi principale
I principali strumenti d'analisi è bioinformatichi di mRNA-seq (Riferimentu)a pipeline hè a seguente:
1. Cuntrollu di qualità di i dati grezzi:
• Rimozione di sequenze di bassa qualità, sequenze di adattatori,ecc.;
• Strumenti: pipeline sviluppatu internamente;
2. Allineamentu di i dati à un genomu di riferimentu:
• Allineamentu di letture cù un algoritmu sensibile à a splicing contr'à ugenomu di riferimentu.
• Strumenti:HISAT2, strumenti di sam
3. Analisi di a qualità di a biblioteca:
• Analisi di a lunghezza di l'inserimentu, analisi di a saturazione di a sequenza, ecc.;
• Strumenti:strumenti di sam;
4. Analisi di a struttura di sequenza:
• Analisi di splicing alternativu, ottimizazione di a struttura genica,nova predizione di geni, ecc.;
• Strumenti:StringTie, gffcompare, GATK,DIAMANTE, InterProScan, èHMMER.
5. Analisi di l'espressione differenziale:
• Screening DEG, analisi di correlazione, funziunalearricchimentu;
Diversi risultati di visualizazione;
RSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Riferimentu
1. Kim, Daehwan et al. "Allineamentu di u genomu basatu annantu à i grafi ègenotipizzazione cù HISAT2 è HISAT-genotipu.NaturaBiotecnologia37 (2019): 907-915.
2. McKenna, Aaron et al. «U Kit di Strumenti d'Analisi di u Genomu: un»Framework MapReduce per l'analisi di DNA di prossima generazionesequenziamentu di dati."Ricerca di u genomu20 9 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. «U furmatu di allineamentu/mappa di sequenza èStrumenti SAM.Bioinformatica25 (2009): 2078-2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie permette di migliuràricustruzzione di un trascrittoma da letture di RNA-seq.NaturaBiotecnologia33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. «Stima muderata di u cambiamentu di piega èdispersione per i dati RNA-seq cù DESeq2.GenomuBiologia15 (2014): n. pag.
6. Eddy, Sean R.. «Ricerche HMM di prufilu accelerate».PLoS Biologia Computazionale7 (2011): n. pag.

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