mRNA-seq (NGS) cù genoma di riferimentu

mRNA-seq (NGS) cù genoma di riferimentu

RNA-seq hè un strumentu standard in tutte e scienze di a vita è di i culturi, chì colma a distanza trà i genomi è i proteomi. A so forza si trova in a scuperta di novi transcripts è quantificà a so spressione in un esame. Hè largamente utilizatu per studii transcriptomici comparativi, chì mette in luce i geni ligati à diversi tratti o fenotipi, cum'è paragunà i mutanti à i tipi salvatichi o rivelanu l'espressione genica in cundizioni specifiche. L'APP BMKCloud mRNA (Reference) integra a quantificazione di l'espressione, l'analisi di espressione differenziale (DEG) è l'analisi di a struttura di sequenza in u pipeline di bioinformatica mRNA-seq (NGS) è amalgama i punti di forza di software simili, assicurendu comodità è facilità d'utilizatore. Users ponu upload i so dati RNA-seq à u nuvulu, induve l 'App offre una suluzione cumpleta, one-stop bioinformatic analisi. Inoltre, dà priorità à l'esperienza di i clienti, offrendu operazioni persunalizate adattate à i bisogni specifichi di l'utilizatori. L'utilizatori ponu stabilisce paràmetri è sottumettenu a missione di pipeline per elli stessi, verificate u rapportu interattivu, vede dati / diagrammi è data mining cumpleta, cum'è: selezzione di geni di destinazione, clustering funziunale, diagramma, etc.

Demo risultati

Data mining

Esigenza d'importazione

Analisi principali

Riferimentu

Demo risultati

Data mining

Esigenza d'importazione

Piattaforma:Illumina, MGI
Strategia:RNA-Seq
Disposizione: Paried, clean-data.
Tipu di biblioteca:fr-unstranded, fr-firststrand o fr-secondstrand
Lunghezza di lettura:150 pb
Tipu di schedariu:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz o *.fq.gz. U sistema saràaccoppia automaticamente i schedari .fastq secondu i so nomi di schedari,p.e. *_1.fastq accoppiatu cù *._2.fastq.
Numero di campioni:Ùn ci hè micca restrizioni à u numerudi campioni, ma u tempu di analisi aumenterà cum'è u numeru dicampioni cresce.
Quantità di dati cunsigliata:6G per mostra

Analisi principali

L'analisi principali è i strumenti bioinformatici di mRNA-seq (Riferimentu)pipeline hè a siguenti:

1. Rawdata Control Quality:

• Rimozione di sequenze di bassa qualità, sequenze adattatori,ecc;

•Tools: in-house sviluppatu pipeline;

2. Allineamentu di dati à un genoma di riferimentu:

•Aligning leghje cù un algoritmu splice-cuscenza contru à ugenoma di riferenza.

• Strumenti :HISAT2, samtools

3. Analisi di a qualità di a biblioteca:

•Inserisce analisi di lunghezza, analisi di saturazione di sequenza, etc.

• Strumenti :samtools;

4. Analisi di struttura di sequenza:

• Analisi di splicing alternativu, ottimisazione di a struttura genica,prediczione di geni novi, etc.;

• Strumenti :StringTie, gffcompare, GATK,DIAMANT, InterProScan, èHMMER.

5. Analisi di espressione differenziale:

• Screening DEG, analisi di curelazione, funziunalearricchimentu;

•Diversi risultati di visualizazione;

•RcunSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq

Riferimentu

1. Kim, Daehwan et al. "Allineamentu di u genoma basatu in graficu ègenotipu cù HISAT2 è HISAT-genotipu ".NaturaBiotecnologia37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. "U Toolkit di Analisi di Genoma: aQuadro MapReduce per l'analisi di DNA di prossima generazionedati di sequenza".Ricerca di u genoma20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng et al. "U furmatu di Sequence Alignment / Map èSAMtools."Bioinformatica25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie permette di migliuràricostruzione di un trascrittoma da lettura di RNA-seq.NaturaBiotecnologia33 (2015): 290-295.

5. Amore, Michael I. et al. "Stima moderata di u cambiamentu di piega èdispersione per i dati RNA-seq cù DESeq2 ".GenomuBiologia15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R.. "Accelerated Profile HMM Searches".PLoS Biologia computazionale7 (2011): n. pag.

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