BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Schema Tecnicu
Features
● Risoluzione: 5 µM
● Diametru spot: 2,5 µM
● Numero di spots: circa 2 Million
● 3 possibili formati di zona di cattura: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm o 15 mm * 20 mm
● Ogni perla di codice a barre hè caricata di primers cumposti da 4 sezioni:
coda poly(dT) per l'amori di mRNA è a sintesi di cDNA
Identificatore Moleculare Unicu (UMI) per correggerà u bias di amplificazione
Codice à barre spaziale
Sequenza di legame di un primer di sequenziamentu di lettura parziale 1
● H&E è colorazione fluorescente di e rùbbriche
● Possibilità d'utilizàtecnulugia di segmentazione cellulare: integrazione di a tintura H&E, a tintura fluorescente è a sequenza di RNA per determinà i limiti di ogni cellula è assignà currettamente l'espressione genica à ogni cellula.
Vantaghji di BMKMANU S1000
●Risoluzione sub-cellulare: Ogni area di cattura cuntene più di 2 milioni di punti spaziali di codice à barre cù un diametru di 2,5 µm è una spaziatura di 5 µm trà i centri spot, chì permette l'analisi di u transcriptoma spaziale cù una risoluzione subcellulare (5 µm).
●Analisi di risoluzione multi-livellu:Analisi multi-livellu flessibile chì varieghja da 100 μm à 5 μm per risolve diverse caratteristiche di i tessuti à una risoluzione ottima.
●Possibilità di Utilizà Tecnulugia di Segmentazione Cellulare "Tre in una diapositiva":Cumminendu a tintura di fluorescenza, a tintura H&E è a sequenza di RNA in una sola diapositiva, u nostru algoritmu di analisi "trè-in-unu" permette l'identificazione di i limiti di e cellule per a trascriptomica successiva basata in cellule.
●Compatibile cù Multiple Sequencing Platforms: Sia l'NGS è a sequenza di lettura longa dispunibule.
●Disegnu Flessibile di 1-8 Area di Cattura Attiva: A dimensione di l'area di cattura hè flessibile, essendu pussibule aduprà 3 formati (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm è 15 mm * 20 mm)
●Serviziu one-stop: Integra tutte l'esperienza è i passi basati nantu à e cumpetenze, cumprese crio-sezione, tintura, ottimisazione di tissuti, codice à barre spaziale, preparazione di biblioteca, sequenza è bioinformatica.
●Bioinformatica cumpleta è visualizazione user-friendly di i risultati:U pacchettu include 29 analisi è più di 100 figure d'alta qualità, cumminate cù l'usu di software sviluppatu in casa per visualizà è persunalizà a divisione di e cellule è u clustering spot.
●Analisi è visualizazione di dati persunalizati: dispunibule per diverse richieste di ricerca
●Squadra tecnica altamente qualificata: cù sperienza in più di 250 tippi di tissuti è più di 100 spezie cumpresi umani, mouse, mammiferi, pesci è piante.
●Aghjurnamenti in tempu reale nantu à tuttu u prughjettu: cù u cuntrollu tutale di u prugressu sperimentale.
●Analisi Congiunta Facoltativa cù Sequenza di mRNA unicellulare
Specificazioni di serviziu
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Campione Requisiti
| Biblioteca |
Strategia di sequenza
| Dati cunsigliatu | Controlu di qualità |
| Campioni criogenici integrati in OCT, 3 blocchi per campione | Biblioteca di cDNA S1000 | Illumina PE150 (altre piattaforme dispunibili) | 100K PE letture per 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Per più dettagli nantu à a guida di preparazione di mostra è u flussu di travagliu di serviziu, sentite liberu di parlà cun aEspertu BMKGENE
Flussu di travagliu di serviziu
In a fase di preparazione di mostra, un prucessu iniziale di estrazione di RNA in massa hè realizatu per assicurà chì un RNA di alta qualità pò esse acquistatu. In a tappa di ottimisazione di u tissutu, e sezioni sò macchiate è visualizate è e cundizioni di permeabilizazione per a liberazione di mRNA da u tissutu sò ottimisate. U protokollu ottimizatu hè dopu appiicatu durante a custruzzione di a biblioteca, seguita da a sequenza è l'analisi di dati.
U flussu di travagliu cumpletu di u serviziu implica aghjornamenti in tempu reale è cunferma di i clienti per mantene un ciclu di feedback responsive, assicurendu una esecuzione liscia di u prugettu.
I dati generati da BMKMANU S1000 sò analizati cù u software "BSTMatrix", chì hè cuncepitu indipindente da BMKGENE, generendu una Matrice di Espressione Genetica. Da quì, un rapportu standard hè generatu chì include u cuntrollu di a qualità di dati, l'analisi di campioni interni è l'analisi intergruppu.
● Control di qualità di dati:
A pruduzzioni di dati è a distribuzione di u puntu di qualità
Deteczione di geni per spot
Copertura tissutale
● Analisi di campioni interni:
Ricchezza genica
Spot clustering, cumpresa l'analisi di dimensione ridutta
Analisi di espressione differenziale trà clusters: identificazione di geni marcatori
Annotazione funzionale è arricchimentu di geni marcatori
● Analisi intergruppu:
Re-combinazione di spots da i dui campioni (per esempiu, malati è cuntrollu) è re-cluster
Identificazione di geni marcatori per ogni cluster
Annotazione funzionale è arricchimentu di geni marcatori
Espressione differenziale di u stessu cluster trà gruppi
Inoltre, BMKGENE hà sviluppatu "BSTViewer" hè un strumentu amichevule chì permette à l'utilizatori di visualizà l'espressione di geni è spot clustering in diverse risoluzioni.
BMKGene hà sviluppatu un software per a visualizazione amichevule per l'utilizatori
BSTViewer spot clustering à una risoluzione multi-livellu
BSTCellViewer: divisione automatica è manuale di e cellule
Analisi di campioni interni
Raggruppamentu spot:
Identificazione di geni marcatori è distribuzione spaziale:
Analisi intergruppu
Cumminazione di dati da i dui gruppi è recluster:
Geni marcatori di novi clusters:
Esplora l'avanzamenti facilitati da i servizii di trascriptomica spaziale di BMKGene cù a tecnulugia BMKManu S1000 in questa pubblicazione presentata:
Song, X. et al. (2023) "La transcriptomica spaziale revela cellule di chlorenchyma indutte da a luce implicate in a prumuzione di a rigenerazione di i germogli in u callu di tomate".Atti di l'Accademia Naziunale di Scienze di i Stati Uniti d'America, 120 (38), p. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
You, Y. et al. (2023) "Paragone sistematicu di metudi di trascriptomi spaziali basati in sequenza",bioRxiv, p. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
