10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Features
● Risoluzione: 100 µM
● Diametru spot: 55 µM
● Numero di spots : 4992
● Zona di cattura: 6,5 x 6,5 mm
● Ogni spot di codice à barre hè carricu di primers cumposti da 4 sezioni:
- coda poly(dT) per l'amori di mRNA è a sintesi di cDNA
- Identificatore Moleculare Unicu (UMI) per correggerà u bias di amplificazione
- Codice à barre spaziale
- Sequenza di legame di a lettura parziale 1 sequencing primer
● H&E tintura di rùbbriche
Vantaghji
●serviziu unicu: integra tutte l'esperienza è i passi basati nantu à e cumpetenze, cumprese crio-sezione, colorazione, ottimisazione di tissuti, codice a barre spaziale, preparazione di biblioteca, sequenza è bioinformatica.
● Squadra tecnica altamente qualificata: cù sperienza in più di 250 tippi di tissuti è più di 100 spezie cumpresi umani, mouse, mammiferi, pesci è piante.
●Actualizazione in tempu reale nantu à tuttu u prugettu: cù u cuntrollu tutale di u prugressu sperimentale.
●Bioinformatica standard cumpleta:pacchettu include 29 analisi è 100+ figure d'alta qualità.
●Analisi è visualizazione di dati persunalizati: dispunibule per diverse richieste di ricerca.
●Analisi cumuna opzionale cù sequenza di mRNA unicellulare
Specificazioni
| Requisiti di mostra | Biblioteca | Strategia di sequenza | Dati cunsigliatu | Controlu di qualità |
| Campioni criogenici integrati in OCT, campioni FFPE (Diametru ottimale: circa 6x6x6 mm3) 3 blocchi per mostra | Biblioteca 10X Visium cDNA | Illumina PE150 | 50K PE letture per spot (60 Gb) | RIN>7 |
Per più dettagli nantu à a guida di preparazione di mostra è u flussu di travagliu di serviziu, sentite liberu di parlà cun aEspertu BMKGENE
U flussu di travagliu di serviziu
In a fase di preparazione di mostra, un prucessu iniziale di estrazione di RNA in massa hè realizatu per assicurà chì un RNA di alta qualità pò esse acquistatu.In u stadiu di ottimisazione di u tissutu, e sezioni sò macchiate è visualizate è e cundizioni di permeabilizazione per a liberazione di mRNA da u tissutu sò ottimisate.U protokollu ottimizatu hè dopu appiicatu durante a custruzzione di a biblioteca, seguita da a sequenza è l'analisi di dati.
U flussu di travagliu cumpletu di u serviziu implica aghjornamenti in tempu reale è cunfirmazioni di i clienti per mantene un ciclu di feedback responsive, assicurendu una esecuzione di prughjettu liscia.
Include l'analisi seguente:
Cuntrolu di a qualità di dati:
o A pruduzzioni di dati è a distribuzione di u puntu di qualità
o Deteczione di geni per spot
o Copertura tissutale
Analisi di campioni interni:
o Ricchezza genica
o Spot clustering, cumpresa l'analisi di dimensione ridutta
o Analisi di spressione differenziale trà clusters : identificazione di geni marcatori
o Annotazione funzionale è arricchimentu di geni marcatori
Analisi intergruppu
o Re-combinazione di spots da i dui campioni (per esempiu, malati è cuntrollu) è re-cluster
o Identificazione di geni marcatori per ogni cluster
o Annotazione funzionale è arricchimentu di geni marcatori
o Spressione differenziale di u listessu cluster trà gruppi
Analisi di campioni interni
Spot clustering
Identificazione di geni marcatori è distribuzione spaziale
Analisi intergruppu
Cumminazione di dati da i dui gruppi è re-cluster
Geni marcatori di novi clusters
Esplora l'avanzamenti facilitati da u serviziu di trascriptomica spaziale di BMKGene da 10X Visium In queste publicazioni presentate:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, un omologu potenziale di Drosophila di GPCR di adesione di mammiferi, hè implicatu in reazioni antitumorali à cellule oncogeniche injected in mosche', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120 (30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) "STEEL permette una delineazione d'alta risoluzione di dati transcriptomic spatiotemporal", Briefings in Bioinformatics, 24 (2), pp 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) "Un atlas spatiotemporal di l'organogenesi in u sviluppu di i fiori d'orchidea", Nucleic Acids Research, 50 (17), pp 9724-9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) "Integrazione di Transcriptomica Spaziale è Sequenza di RNA Single-nucleus Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomioma", International Journal of Biological Sciences, 19 (8), pp 2515-2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
