Metagenomica (NGS)

A metagenomica Shotgun cù Illumina hè un strumentu pupulare per studià i microbiomi sequenziendu direttamente u DNA da campioni cumplessi, chì permette u studiu di a diversità tassonomica è funzionale. A pipeline metagenomica (NGS) BMKCloud principia cù u cuntrollu di qualità è l'assemblea di u metagenoma, da quale i geni sò previsti è raggruppati in insemi di dati non ridondanti chì sò annotati per funzione è tassonomia utilizendu parechje basi di dati. Questa infurmazione hè aduprata per analizà a diversità tassonomica in u campione (diversità alfa) è a diversità trà campioni (diversità beta). L'analisi differenziale trà i gruppi trova OTU è funzioni biologiche chì differenu trà i dui gruppi utilizendu testi sia parametrichi sia non parametrichi, mentre chì l'analisi di currelazione mette in relazione queste differenze cù fattori ambientali.