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Sequenza di RNA à un nucleu
U sviluppu di tecniche di cattura di una sola cellula è di custruzzione di biblioteche persunalizati, accumpagnate da a sequenza d'alta produzzione, hà rivoluzionatu i studii di l'espressione genica à u livellu di e cellule. Questa avanzata permette un'analisi più profonda è più cumpleta di e populazioni di cellule cumplesse, superendu e limitazioni assuciate à a media di l'espressione genica in tutte e cellule è priservendu a vera eterogeneità in queste populazioni. Mentre chì a sequenza di RNA unicellula (scRNA-seq) hà vantaghji innegabili, scontra sfide in certi tessuti induve a creazione di una sospensione unicellulare hè difficiule è richiede campioni freschi. In BMKGene, affrontemu stu ostaculu offrendu sequencing RNA unicu nucleu (snRNA-seq) utilizendu a tecnulugia di punta 10X Genomics Chromium. Stu approcciu allarga u spettru di campioni suscettibili à l'analisi di transcriptome à u livellu di una sola cellula.
L'isolamentu di i nuclei hè realizatu per mezu di u chip innovativu 10X Genomics Chromium, cun un sistema di microfluidica à ottu canali cù doppia traversata. Dentru stu sistema, perle di gel chì incorporanu codici a barre, primers, enzimi, è un unicu nucleu sò incapsulati in gocce d'oliu di nanolitru, furmendu Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Dopu a furmazione di GEM, a lisi cellulare è a liberazione di codice à barre si verificanu in ogni GEM. Successivamente, e molecule di mRNA sò sottoposti a trascrizione inversa in cDNA, incorporandu codici a barre 10X è Identificatori Moleculari Unici (UMI). Questi cDNA sò allora sottumessi à a custruzzione di libreria di sequenza standard, facilitendu una esplorazione robusta è cumpleta di i profili di espressione genica à u livellu unicellulare.
Piattaforma: 10× Genomics Chromium è Illumina NovaSeq Platform
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10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A trascriptomica spaziale hè una tecnulugia d'avanguardia chì permette à i circadori di investigà i mudelli di espressione genica in i tessuti mentre priservendu u so cuntestu spaziale. Una piattaforma putente in questu duminiu hè 10x Genomics Visium accumpagnatu da a sequenza Illumina. U principiu di 10X Visium si trova nantu à un chip specializatu cù una zona di cattura designata induve e sezioni di tissuti sò posti. Questa zona di cattura cuntene spots di codice à barre, ognunu currisponde à un locu spaziale unicu in u tissutu. E molécule di RNA catturate da u tissutu sò allora marcate cù identificatori moleculari unichi (UMI) durante u prucessu di trascrizione inversa. Questi spots di codice à barre è UMI permettenu una cartografica spaziale precisa è a quantificazione di l'espressione genica à una risoluzione unicellulare. A cumminazzioni di campioni di codice à barre spaziale è UMI assicura l'accuratezza è a specificità di e dati generati. Utilizendu sta tecnulugia di Transcriptomica Spaziale, i circadori ponu acquistà una cunniscenza più profonda di l'urganizazione spaziale di e cellule è di l'interazzioni molecolari cumplessi chì si verificanu in i tessuti, offrendu insights inestimabili nantu à i meccanismi sottumessi à i prucessi biologichi in parechji campi, cumprese l'oncologia, a neuroscienza, a biologia di u sviluppu, l'immunologia. , è studii botanici.
Piattaforma: 10X Genomics Visium è Illumina NovaSeq
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Sequenza di mRNA di lunghezza completa-Nanopore
Mentre a sequenza di mRNA basata in NGS hè un strumentu versatile per quantificà l'espressione genica, a so dipendenza da letture brevi limita a so efficacità in l'analisi transcriptomica cumplessa. Per d 'altra banda, a sequenza di nanopori impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette a sequenza di trascrizioni di mRNA full-length. Stu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni di geni, poliadenilazione, è a quantificazione di isoforme di mRNA.
Nanopore sequencing, un metudu chì s'appoghja nantu nanopore unica-molecule signali elettrici in tempu reale, furnisce risultati in tempu reale. Guidatu da e proteini di u mutore, l'ADN à doppia filamentu si lega à e proteine nanopore incrustate in un biofilm, si stende mentre passa per u canali nanopori sottu una differenza di tensione. I signali elettrici distintivi generati da diverse basi nantu à u filu di DNA sò rilevati è classificati in tempu reale, facilitendu una sequenza di nucleotidi precisa è cuntinuu. Stu approcciu innovativu supera i limitazioni di lettura corta è furnisce una piattaforma dinamica per l'analisi genomica intricata, cumprese studii transcriptomici cumplessi, cù risultati immediati.
Piattaforma: Nanopore PromethION 48
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Sequenza di l'ARNm à tutta a lunghezza -PacBio
Mentre a sequenza di mRNA basata in NGS hè un strumentu versatile per quantificà l'espressione genica, a so dipendenza da letture brevi limita u so usu in analisi transcriptomic cumplessi. Per d 'altra banda, a sequenza di PacBio (Iso-Seq) impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette a sequenza di trascrizioni di mRNA full-length. Stu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni di geni è poliadenilazione. Tuttavia, ci sò altre scelte per a quantificazione di l'espressione genica per via di a quantità elevata di dati necessarii. A tecnulugia di sequenza PacBio si basa in una sequenza di una sola molecula, in tempu reale (SMRT), chì furnisce un vantaghju distintu in a catturazione di trascrizioni di mRNA di lunghezza completa. Stu approcciu innovativu implica l'usu di guide d'onda in modalità zero (ZMW) è pozzi microfabbricati chì permettenu l'osservazione in tempu reale di l'attività di DNA polimerasi durante a sequenza. Dentru questi ZMW, l'ADN polimerasi di PacBio sintetizza un filu cumplementariu di DNA, generando lunghe letture chì coprenu l'intera trascrizioni di mRNA. L'operazione PacBio in u modu di sequenza di Consensus Circular (CCS) aumenta a precisione sequenziandu ripetutamente a stessa molécula. E letture HiFi generate anu una precisione paragunabile à NGS, cuntribuiscenu ancu à un analisi cumpletu è affidabile di e caratteristiche trascriptomiche cumplesse.
Piattaforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
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Sequenza di mRNA eucariota-NGS
A sequenza di mRNA, una tecnulugia versatile, permette a profilazione cumpleta di tutte e trascrizioni di mRNA in e cellule in cundizioni specifiche. Cù e so ampie applicazioni, stu strumentu d'avanguardia svela profili intricati di espressione genica, strutture genetiche è meccanismi molecolari assuciati à diversi prucessi biologichi. Ampiamente aduttatu in a ricerca fundamentale, a diagnostica clinica è u sviluppu di droghe, a sequenza di mRNA offre una visione di l'intricacies di a dinamica cellulare è di a regulazione genetica, suscitando a curiosità nantu à u so putenziale in diversi campi.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
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Sequenza di mRNA basata senza riferenza-NGS
A sequenza di mRNA permette a profilazione cumpleta di tutte e trascrizioni di mRNA in e cellule in cundizioni specifiche. Sta tecnulugia d'avanguardia serve cum'è un strumentu putente, svelendu profili intricati di espressione genica, strutture genetiche è meccanismi molecolari assuciati à diversi prucessi biologichi. Ampiamente aduttatu in a ricerca fundamentale, a diagnostica clinica è u sviluppu di droghe, a sequenza di mRNA offre una visione di e intricacies di a dinamica cellulare è a regulazione genetica.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
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Long Non-coding Sequencing-Illumina
L'ARN non codificanti longu (lncRNAs) sò più longu di 200 nucleotidi chì pussedenu un putenziale di codificazione minimu è sò elementi pivotali in l'RNA non codificante. Truvate in u nucleu è u citoplasma, questi RNA ghjucanu un rolu cruciale in a regulazione epigenetica, trascrizionale è post-trascrizionale, sottumettendu a so significazione in a furmazione di prucessi cellulari è moleculari. A sequenza di LncRNA hè un strumentu putente in a differenziazione cellulare, l'ontogenesi è e malatie umane.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Small RNA Sequencing-Illumina
Picculi molécule di RNA (sRNA), include microRNAs (miRNAs), small interfering RNAs (siRNAs) è piwi-interacting RNAs (piRNAs). Frà questi, i miRNA, circa 18-25 nucleotidi longu, sò particularmente degni di nota per i so roli regulatori pivotali in diversi prucessi cellulari. Cù mudelli d'espressione specifichi di u tissutu è di u stadiu, i miRNA mostranu una alta conservazione in diverse spezie.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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CircRNA Sequencing-Illumina
Circular RNA sequencing (circRNA-seq) hè di prufilu è analizà RNAs circulari, una classa di molécule di RNA chì formanu cicli chjusi per via di avvenimenti di splicing non canonichi, chì furnisce stu RNA cun stabilità aumentata. Mentre chì certi circRNAs sò stati dimustrati per agisce cum'è spugna microRNA, sequesterendu i microRNA è impediscenu di regulà i so mRNA di destinazione, altri circRNA ponu interagisce cù e proteine, modulà l'espressione genica, o avè un rolu in i prucessi cellulari. L'analisi di l'espressione di circRNA furnisce insights in i roli regulatori di queste molécule è u so significatu in diversi prucessi cellulari, fasi di sviluppu è e cundizioni di a malatia, cuntribuiscenu à una cunniscenza più profonda di a cumplessità di a regulazione di l'RNA in u cuntestu di l'espressione genica.
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Sequenza di transcriptome tutale - Illumina
A sequenza di u transcriptome tutale offre un approcciu cumpletu per profilà e diverse molécule di RNA, includendu RNA codificanti (mRNA) è non codificanti (lncRNA, circRNA è miRNA). Sta tecnica cattura tuttu u transcriptome di e cellule specifiche in un mumentu determinatu, chì permette una comprensione olistica di i prucessi cellulari. Cunnisciuta ancu com'è "sequenziamentu di l'RNA tutale", hà u scopu di svelà e intricate rete di regulazione à u livellu di u transcriptome, chì permettenu analisi approfondite cum'è l'RNA endogenu (ceRNA) in competizione è l'analisi di l'RNA cumuni. Questu marca u passu iniziale versu a carattarizazione funzionale, in particulare in unraveling e rete regulatori chì implicanu interazzioni di ceRNA basate in circRNA-miRNA-mRNA.
