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Sequenziamentu di RNA à nuclei singuli
U sviluppu di tecniche di cattura di cellule singole è di custruzzione di biblioteche persunalizate, accumpagnatu da u sequenziamentu à altu rendimentu, hà rivoluzionatu i studii di l'espressione genica à u livellu cellulare. Questa scuperta permette un'analisi più profonda è cumpleta di pupulazioni cellulari cumplesse, superendu i limiti assuciati à a media di l'espressione genica nantu à tutte e cellule è priservendu a vera eterogeneità in queste pupulazioni. Mentre u sequenziamentu di l'ARN di cellule singole (scRNA-seq) hà vantaghji innegabili, incontra sfide in certi tessuti induve a creazione di una sospensione di cellule singole si rivela difficiule è richiede campioni freschi. In BMKGene, affrontemu questu ostaculu offrendu u sequenziamentu di l'ARN di nucleu unicu (snRNA-seq) utilizendu a tecnulugia 10X Genomics Chromium di punta. Questu approcciu allargisce u spettru di campioni suscettibili di analisi di trascrittoma à u livellu di cellule singole.
L'isolamentu di i nuclei hè realizatu per mezu di l'innovativu chip 10X Genomics Chromium, chì presenta un sistema microfluidicu à ottu canali cù doppii incruciamenti. In questu sistema, e perle di gel chì incorporanu codici à barre, primer, enzimi è un unicu nucleu sò incapsulate in gocce d'oliu di a dimensione di nanolitri, furmendu Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Dopu a furmazione di GEM, a lisi cellulare è u rilasciu di codici à barre si verificanu in ogni GEM. Successivamente, e molecule di mRNA subiscenu una trascrizione inversa in cDNA, chì incorporanu codici à barre 10X è Identificatori Moleculari Unichi (UMI). Questi cDNA sò poi sottumessi à a custruzzione di una biblioteca di sequenziamentu standard, facilitendu una esplorazione robusta è cumpleta di i profili d'espressione genica à u livellu di una sola cellula.
Piattaforma: 10× Piattaforma Genomica di Cromu è Illumina NovaSeq
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10x Trascrittoma Spaziale di Genomica Visium
A trascrittomica spaziale hè una tecnulugia d'avanguardia chì permette à i circadori d'investigà i mudelli d'espressione genica in i tessuti pur priservendu u so cuntestu spaziale. Una piattaforma putente in questu duminiu hè 10x Genomics Visium accoppiata cù u sequenziamentu Illumina. U principiu di 10X Visium si trova nantu à un chip specializatu cù una zona di cattura designata induve sò piazzate e sezioni di tissutu. Sta zona di cattura cuntene punti cù codice à barre, ognunu currispondente à una pusizione spaziale unica in u tissutu. E molecule d'ARN catturate da u tissutu sò poi etichettate cù identificatori moleculari unichi (UMI) durante u prucessu di trascrizione inversa. Quessi punti cù codice à barre è UMI permettenu una mappatura spaziale precisa è a quantificazione di l'espressione genica à una risoluzione di una sola cellula. A cumbinazione di campioni cù codice à barre spaziale è UMI garantisce l'accuratezza è a specificità di i dati generati. Usendu sta tecnulugia di Trascrittomica Spaziale, i circadori ponu acquistà una cunniscenza più profonda di l'urganizazione spaziale di e cellule è di l'interazioni moleculari cumplesse chì si verificanu in i tessuti, offrendu insights preziosi nantu à i meccanismi chì sò à a basa di i prucessi biologichi in parechji campi, cumpresi l'oncologia, e neuroscienze, a biologia di u sviluppu, l'immunologia è i studii botanichi.
Piattaforma: 10X Genomics Visium è Illumina NovaSeq
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Sequenziamentu di mRNA à lunghezza cumpleta - Nanopore
Mentre u sequenziamentu di l'mRNA basatu annantu à NGS hè un strumentu versatile per quantificà l'espressione genica, a so dipendenza da letture corte limita a so efficacia in analisi trascrittomiche cumplesse. D’altronde, u sequenziamentu di nanopori impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette u sequenziamentu di trascritti di mRNA di lunghezza cumpleta. Questu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni geniche, poli-adenilazione è quantificazione di isoformi di mRNA.
U sequenziamentu di i nanopori, un metudu chì si basa nantu à i signali elettrichi in tempu reale di una sola molecula di nanopori, furnisce risultati in tempu reale. Guidatu da e proteine motorie, u DNA à doppia catena si lega à e proteine di i nanopori incorporate in un biofilm, srotolendu si mentre passa per u canale di i nanopori sottu una differenza di tensione. I signali elettrichi distintivi generati da diverse basi nantu à a catena di DNA sò rilevati è classificati in tempu reale, facilitendu un sequenziamentu di nucleotidi precisu è continuu. Questu approcciu innovativu supera e limitazioni di lettura corta è furnisce una piattaforma dinamica per analisi genomiche intricate, cumpresi studii trascrittomici cumplessi, cù risultati immediati.
Piattaforma: Nanopore PromethION 48
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Sequenziamentu di l'ARNm à lunghezza cumpleta -PacBio
Mentre u sequenziamentu di l'mRNA basatu annantu à NGS hè un strumentu versatile per quantificà l'espressione genica, a so dipendenza da letture corte limita u so usu in analisi trascrittomiche cumplesse. D’altronde, u sequenziamentu PacBio (Iso-Seq) impiega a tecnulugia di lettura longa, chì permette u sequenziamentu di trascritti di mRNA à lunghezza cumpleta. Questu approcciu facilita una esplorazione cumpleta di splicing alternativu, fusioni geniche è poli-adenilazione. Tuttavia, ci sò altre scelte per a quantificazione di l'espressione genica per via di l'alta quantità di dati richiesti. A tecnulugia di sequenziamentu PacBio si basa nantu à u sequenziamentu in tempu reale (SMRT) di una sola molecula, chì furnisce un vantaghju distintu in a cattura di trascritti di mRNA à lunghezza cumpleta. Questu approcciu innovativu implica l'usu di guide d'onda à modu zero (ZMW) è pozzi microfabbricati chì permettenu l'osservazione in tempu reale di l'attività di a DNA polimerasi durante u sequenziamentu. In questi ZMW, a DNA polimerasi di PacBio sintetizza un filamentu cumplementare di DNA, generendu letture lunghe chì coprenu a totalità di i trascritti di mRNA. L'operazione PacBio in modu di sequenziamentu di Consensu Circulare (CCS) migliora a precisione sequenziendu ripetutamente a stessa molecula. E letture HiFi generate anu una precisione paragunabile à NGS, cuntribuendu ancu di più à un'analisi cumpleta è affidabile di e caratteristiche trascrittomiche cumplesse.
Piattaforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
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Sequenziamentu di l'ARNm eucarioticu-NGS
U sequenziamentu di l'ARNm hè una tecnica chì usa u sequenziamentu di nova generazione per rivelà a presenza è a quantità di molecule di ARN in un campione biologicu, furnendu una istantanea di l'espressione genica in u campione.
Cù e so applicazioni à larga gamma, questu strumentu d'avanguardia svela profili d'espressione genica intricati, strutture geniche è meccanismi moleculari assuciati à diversi prucessi biologichi.
Sta tecnica hè largamente aduttata in a ricerca, a diagnostica clinica è u sviluppu di farmaci, postu chì offre insights nantu à e cumplessità di a dinamica cellulare è a regulazione genetica, furnendu una basa robusta per suscità a curiosità nantu à u so putenziale in diversi campi.
Piattaforme dispunibili: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
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Sequenziamentu di mRNA basatu senza riferimentu-NGS
U sequenziamentu di l'mRNA permette a prufilatura cumpleta di tutti i trascritti di mRNA in e cellule in cundizioni specifiche. Sta tecnulugia d'avanguardia serve cum'è un strumentu putente, svelendu profili d'espressione genica intricati, strutture geniche è meccanismi moleculari assuciati à diversi prucessi biologichi. Ampiamente aduttatu in a ricerca fundamentale, a diagnostica clinica è u sviluppu di farmaci, u sequenziamentu di l'mRNA offre insights nantu à e cumplessità di a dinamica cellulare è di a regulazione genetica.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
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Sequenziamentu longu senza codifica - Illumina
L'ARN longhi non codificanti (lncRNA) sò più longhi di 200 nucleotidi chì pussedenu un putenziale di codificazione minimu è sò elementi pivotali in l'ARN non codificante. Truvati in u nucleu è in u citoplasma, questi ARN ghjucanu roli cruciali in a regulazione epigenetica, trascrizionale è post-trascrizionale, sottulineendu a so impurtanza in a furmazione di i prucessi cellulari è moleculari. U sequenziamentu di LncRNA hè un strumentu putente in a differenziazione cellulare, l'ontogenesi è e malatie umane.
Piattaforma: Illumina NovaSeq X
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Sequenziamentu di Picculi RNA-Illumina
L'ARN chjucu hè un gruppu di molecule d'ARN chì includenu microARN (miARN), picculi ARN interferenti (siARN) è ARN chì interagiscenu cù i piwi (piARN). Trà questi, i miARN, longhi circa 18-25 nucleotidi, sò particularmente degni di nota per i so roli regulatori chjave in diversi prucessi cellulari. Cù mudelli d'espressione specifichi di i tessuti è di u stadiu, i miARN mostranu una alta cunservazione in diverse spezie.
Piattaforma: Illumina NovaSeq
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Sequenziamentu CircRNA-Illumina
U sequenziamentu circulare di l'ARN (circRNA-seq) profila è analizza l'ARN circulari, una classa di molecule di ARN chì formanu circuiti chjusi per via di eventi di splicing non canonichi, dendu à questu ARN una maggiore stabilità. Mentre hè statu dimustratu chì certi circRNA agiscenu cum'è spugne di microRNA, sequestrendu i microRNA è impedendu li di regulà i so mRNA bersagli, altri circRNA ponu interagisce cù e proteine, modulà l'espressione genica, o avè roli in i prucessi cellulari. L'analisi di l'espressione di circRNA furnisce informazioni nantu à i roli regulatori di queste molecule è a so significazione in vari prucessi cellulari, stadii di sviluppu è cundizioni di malattia, cuntribuendu à una comprensione più profonda di a cumplessità di a regulazione di l'ARN in u cuntestu di l'espressione genica.
Piattaforma: Illumina Novaseq X
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Sequenziamentu di u Trascrittoma Interu - Illumina
U sequenziamentu di u trascrittoma di Wole offre un approcciu cumpletu à a prufilatura di diverse molecule d'ARN, chì include l'ARN codificanti (mRNA) è l'ARN non codificanti (lncRNA, circRNA è miRNA). Sta tecnica cattura tuttu u trascrittoma di cellule specifiche in un mumentu datu, permettendu una cumprensione olistica di i prucessi cellulari.
Piattaforme dispunibili: Illumina Novaseq X
