Sequenza di genoma interu vegetale / animali
1.Service Vantaghji
Vasta sperienza in a sequenza di genoma per più di 1000 spezie.
Più di 800 casi publicati cù un fattore di impattu cumulativu di più di 4000.
Analisi bioinformatica cumpleta nantu à e chjame di variazione è l'analisi di funzioni.
2. Specificazioni di serviziu
| Piattaforma | Biblioteca | Profundità seq cunsigliata | |
| Illumina | PE 150 | Per SNP, InDel calling ≥ 10x Per SV, CNY chjama ≥ 30x
| |
| Nanoporu
| 8 kb | Per SV, CNY chjama ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Per SNP, InDel, SV, CNY chjamate ≥ 10x |
3. Sample Requirements
| Piattaforma | Conc. (ng/μL)
| quantità (ng)
| Purità
| Gel d'agarose
| ||
| OD 260/280 | OD 260/230 | 1. Clear band principale senza o limitatadegradazione osservata nantu à u gel. 2. Nisuna o cuntaminazione limitata di RNA o di prutezione
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanoporu
| ≥30 | Dipende da u rendiment di dati 10 μg/cellule | 1,7-2,2 | ≥ 1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Analisi Bioinformation
5. Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
estrazione di DNA
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Consegna di dati
1) Statistiche di Cartografia di Genome
Tabella 1 Statistiche di u risultatu di a mappa
Figura 1 Distribuzione di a dimensione di inserimentu è a copertura di leghje.
2) Variate Detection
Figura 2 Statistiche è annotazione di SNP / INDEL / SV à mezu à Samples
Figura 3 Distribuzione genomu-wide di vatiations
3) Annotazione funzionale di variazioni
| 2019 | Comunicazioni di natura | A resequenza di tuttu u genoma revela l'origine di Brassica napus è i loci genetichi implicati in a so migliione |
| 2020 | PNAS | L'origine évolutive et l'histoire de la domestication du poisson rouge (Carassius auratus) |
| 2021 | Rivista di Biotecnologia vegetale | Genomi di riferimentu di e duie spezie di jute cultivate |
| 2021 | Rivista di Biotecnologia vegetale | Signatures génomiques de Brassicajuncea allopolyploïde de légumes et d'oléagineux et loci génétiques contrôlant l'accumulation de glucosinolates |
| 2019 | Pianta Molecular | A resequenza di u genoma sanu di una cullizzioni mundiale di accessioni di colza revela a basa genetica di a so divergenza di l'ecotipu |
| 2022 | Ricerca Orticultura | L'analisi di l'associazione di u genoma furnisce una visione moleculare di a variazione naturale di a dimensione di a semente di anguria |
| 2021 | Rivista di Botanica Sperimentale | U studiu di l'associazione di u genoma identifica varianti di GhSAD1 cunferendu a tolleranza à u friddu in u cuttuni |
| 2021 | Rivista di Botanica Sperimentale | U studiu di l'associazione di u genoma è a comparazione di trascrittomi revelanu novi QTL è geni candidati chì cuntrolanu a dimensione di petali in colza |
