Sequenziamentu di u Genomu Interu di Piante/Animali
Funzioni di serviziu
Di novu
Questa tecnica hè particularmente utile cù genomi difficili cum'è quelli cù un altu gradu di eterozigosità, regioni ripetitive, genomi polipoloidi, cuntenutu CG anormale ecc.
A nostra suluzione unica furnisce servizii di sequenziamentu integrati è analisi bioinformatica chì furniscenu un genomu assemblatu de novo di alta qualità. Un'indagine iniziale di u genomu cù Illumina furnisce stime di a dimensione è di a cumplessità di u genomu, è sta infurmazione hè aduprata per guidà u prossimu passu di sequenziamentu à longa lettura cù PacBio HiFi, seguitu dadi novuassemblaggio di contigs. L'usu susseguente di l'assemblaggio HiC permette l'ancoraggio di i contigs à u genomu, ottenendu un assemblaggio à livellu di cromusomu. Infine, u genomu hè annotatu per predizione di geni è per sequenziamentu di geni espressi, ricorrendu à trascrittomi cù letture corte è lunghe.
-- Integrazione di parechji servizii di sequenziamentu è bioinformatichi in una suluzione unicaServiziu adattatu per a custruzzione di u rumanzu
-- genomi o migliuramentu di genomi di riferimentu esistenti per e spezie d'interessu.
Risequenziamentu
-- A preparazione di a biblioteca pò esse standard o senza PCR
-- Disponibile in 4 piattaforme di sequenziamentu: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 o PacBio Revio.
-- Analisi bioinformatica focalizzata nantu à a chjama di varianti: SNP, InDel, SV è CNV
Vantaghji di u serviziu
●Ampia cumpetenza è registru di publicazioni: Perdi novuservizii, avemu accumulatu una sperienza massiccia in l'assemblementu di genomi di alta qualità di diverse spezie, cumpresi genomi diploidi è genomi assai cumplessi di spezie poliploidi è allopoliploidi. Dapoi u 2018, avemu cuntribuitu à più di 300 publicazioni di grande impattu, è più di 20 di elle sò publicate in Nature Genetics. Cù u ri-sequenziamentu di u genomu, avemu accumulatu più di 1000 spezie, ciò chì hà risultatu in più di 1000 casi publicati cù un fattore d'impattu cumulativu di più di 5000.
●Soluzione unica: Accesudi novusequenziamentu, u nostru approcciu integratu combina parechje tecnulugie di sequenziamentu è analisi bioinformatiche in un flussu di travagliu coesivu, furnendu un genomu assemblatu di alta qualità.
●Adattatu à i vostri bisogniU nostru flussu di travagliu di serviziu hè persunalizabile, chì permette l'adattazione per i genomi cù diverse caratteristiche è bisogni di ricerca specifichi.
●Squadra di Bioinformatica è di Laboratoriu Altamente QualificataCh'ella sia perdi novuSequenziamentu o ri-sequenziamentu, a nostra squadra hà un inseme di strumenti è cunniscenze qualificate per guarantisce u successu di u prugettu. Questu pò esse curruburatu cù a seria di brevetti è diritti d'autore di software ch'elli anu sviluppatu.
● Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
●Analisi Bioinformatica Cumpleta: Cumprese a chjama di variazione è l'annotazione di funzione.
●Annotazione cumpleta per u sequenziamentuAdupremu parechje basi di dati per annotà funziunalmente i geni cù variazioni identificate è realizà l'analisi d'arricchimentu currispundente, furnendu insights nantu à i vostri prughjetti di ricerca.
Specifiche di serviziu
| Varianti da identificà | Strategia di sequenziamentu | Prufundità cunsigliata |
| SNP è InDel | Illumina NovaSeq PE150 o MGI T7 | 10 volte |
| SV è CNV (menu precisi) | 30x | |
| SV è CNV (più precisi) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indel, SV è CNV | PacBio Revio | 10 volte |
Requisiti di Campione
| Tessuti o acidi nucleici estratti | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Visceri d'animali | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Musculu animale | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sangue di Mammiferi | 1,5 mL | ≥ 0,5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Sangue di pollame/pesce | ≥ 0,1 mL
| ≥ 0,5 mL
| |||
| Pianta - Foglia Fresca | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Cellule cultivate |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tessutu molle di l'insetti / Individuu | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA estrattu
| Cuncentrazione: ≥ 1 ng/ µL Quantità: ≥ 30 ng Degradazione o contaminazione limitata o inesistente
| Cuncentrazione Quantità
OD260/280
OD260/230
Degradazione o contaminazione limitata o inesistente
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/cella di flussu/campione
1.7-2.2
≥1.5 | Cuncentrazione Quantità
OD260/280
OD260/230
Degradazione o contaminazione limitata o inesistente | ≥ 50 ng/µL 10 µg/cella di flussu/campione
1.7-2.2
1,8-2,5 |
| Preparazione di librerie senza PCR: Cuncentrazione ≥ 40 ng/ µL Quantità ≥ 500 ng | |||||
Flussu di travagliu di serviziu
Cunsegna di campioni
Estrazione di DNA
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Cunsegna di dati
Di novupipeline di bioinformatica
Sè vo vulete vede una panoramica di e nostre diverse pipeline per l'assemblea:
Analisi bioinformatica cumpleta, divisa in 4 tappe:
1. Studiu di u genomu, basatu annantu à l'analisi k-mer cù letture NGS.Ci darà infurmazioni nantu à:
- Stima di a dimensione di u genomu
- Stima di l'eterozigosità
- Stima di e regioni ripetitive
2. Assemblea di u genomu cù PacBio HiFi.L'usu di letture lunghe ci darà:
- Di novuassemblea
- Valutazione di l'assemblaggio: cumprese l'analisi BUSCO per a cumpletezza di u genomu è a mappatura di e letture NGS è PacBio HiFi
3. Assemblaggio Hi-C.Una volta chì avemu l'assemblea, avè infurmazioni nantu à a struttura 3D di u genomu approfondirà a cunniscenza è arricchirà u genomu di riferimentu chì stemu custruendu.
- QC di a biblioteca Hi-C per stimà l'interazioni Hi-C valide.
- Assemblaggio Hi-C. Faremu u raggruppamentu di contigs in gruppi, seguitu da l'urdinamentu di contigs in ogni gruppu è l'assegnazione di l'orientazione di contigs.
- Valutazione Hi-C
4. Annotazione di u genomu:
- Previsione di l'ARN non codificante
- Identificazione di sequenze ripetitive (trasposoni è ripetizioni in tandem)
- Previsione di geni
- Di novualgoritmi ab initio
- Basatu annantu à l'omologia
- Basatu annantu à u trascrittoma, cù letture lunghe è corte: e letture sòdi novuassemblatu o mappatu à u genomu di bozza
- Annotazione di geni previsti cù parechje basi di dati
Risequenziamentupipeline di bioinformatica
Include l'analisi seguente:
- Cuntrollu di a qualità di i dati grezzi
- Statistiche di l'allineamentu cù u genomu di riferimentu
- Identificazione di variante: SNP, InDel, SV è CNV
- Annotazione funzionale di e varianti
Statistiche di l'allineamentu cù u genomu di riferimentu - distribuzione di a prufundità di sequenziamentu
Chjama SNP trà parechji campioni
Identificazione InDel - statistiche di a lunghezza InDel in a regione CDS è in a regione di u genomu
Distribuzione di varianti in u genomu - Graficu di Circos
Annotazione funzionale di geni cù varianti identificate - Ontologia Genetica
Chai, Q. et al. (2023) 'Una glutatione S-transferasi GhTT19 determina a pigmentazione di i petali di fiori via a regulazione di l'accumulazione di antocianine in u cotone',Rivista di Biotecnologia Vegetale, 21 (2), p. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) "U genomu di Hevea brasiliensis salvaticu à livellu cromosomicu furnisce novi strumenti per a ripruduzzione assistita da genomica è loci preziosi per elevà u rendimentu di a gomma",Rivista di Biotecnologia Vegetale, 21(5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'E sequenze di u genomu rivelanu rotte di dispersione glubale è suggerenu adattazioni genetiche convergenti in l'evoluzione di i cavallucci marini',Cumunicazioni di Natura, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) "I cambiamenti cromosomichi à grande scala portanu à alterazioni di l'espressione à livellu di u genomu, adattamentu ambientale è speciazione in u Gayal (Bos frontalis)",Biologia Moleculare è Evoluzione, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Assemblaggio di u genomu è dissezione genetica di un germoplasma di mais resistente à a siccità prominente',Genetica di a Natura 202355: 3, 55 (3), pp 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Rivelazione di l'evoluzione di a biosintesi di l'alcaloidi tropanici analizendu dui genomi in a famiglia di e Solanaceae',Cumunicazioni di Natura2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) "L'analisi di i cambiamenti di u genomu è di a metilazione in i polli indigeni cinesi in u tempu furnisce infurmazioni nantu à a cunservazione di e spezie",Biologia di a Cumunicazione, 5(1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Studi di casi sfidanti:
Assemblaggio telomero-telomero:Fu, A. et al. (2023) 'L'assemblea di u genomu telomeru-telomeru di u melone amaru (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) rivela e caratteristiche genetiche di u sviluppu, a cumpusizione è a maturazione di i frutti',Ricerca in Orticultura, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Assemblaggio di l'aplotipi:Hu, W. et al. (2021) 'U genomu definitu da alleli rivela a differenziazione biallelica durante l'evoluzione di a cassava',Pianta moleculare, 14 (6), pp. 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Assemblaggio di genomu gigante:Yuan, J. et al. (2022) 'Base genomica di i giga-cromosomi è di u giga-genoma di a peonia arborea Paeonia ostii',Cumunicazioni di Natura2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Assemblaggio di u genomu poliploide:Zhang, Q. et al. (2022) 'Approfondimenti genomichi nantu à a recente riduzione cromosomica di a canna da zucchero autopoliploide Saccharum spontaneum',Genetica di a Natura 202254: 6, 54 (6), pp. 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
