Assemblea di Genomu Bacterial De novo
Offremu un serviziu cumpletu di assemblaggio di genomu battericu, garantendu 0 lacune. Questu hè pussibule integrandu tecnulugie di sequenziamentu à longa lettura, cum'è Nanopore è PacBio per l'assemblaggio è u sequenziamentu à corta lettura cù Illumina per a validazione di l'assemblaggio è a currezzione di l'errori di letture ONT. U nostru serviziu furnisce u flussu di travagliu bioinformaticu cumpletu da l'assemblaggio, l'annotazione funzionale è l'analisi bioinformatica avanzata, soddisfendu obiettivi di ricerca specifici. Stu serviziu permette u sviluppu di genomi di riferimentu precisi per diversi studii genetichi è genomici. Inoltre, custituisce a basa per applicazioni cum'è l'ottimisazione di e ceppe, l'ingegneria genetica è u sviluppu di tecnulugia microbica, garantendu dati genomici affidabili è senza lacune cruciali per l'avanzamentu di l'intuizioni scientifiche è l'innuvazione biotecnologica.
Funzioni di serviziu
● Cù duie opzioni pussibuli da sceglie secondu u gradu desideratu di cumpletezza di u genomu.
● Opzione di Genomu Bozza: Sequenziamentu di lettura corta cù Illumina NovaSeq PE150.
● Genomu cumpletu cù 0 gap.
● Sequenziamentu à longa lettura nantu à Nanopore PromethION 48 o PacBio Revio per l'assemblementu di u genomu.
● Sequenziamentu à lettura corta nantu à Illumina NovaSeq per a validazione di u genomu è a currezzione di l'errori (Nanopore) o per generà una bozza di genomu.
Vantaghji di u serviziu
●Genomu Zero-Gap GarantituQuestu hè duvutu à l'integrazione di u sequenziamentu Illumina cù u sequenziamentu à longa lettura (Nanopore o PacBio).
●Flussu di travagliu cumpletu di bioinformatica:Questu include l'assemblementu di u genomu è a predizione di parechji elementi genomichi, l'annotazione di geni funziunali è e visualizazioni di u genomu cum'è u graficu di Circos.
●Una vasta cumpetenzaCù più di 20 000 genomi microbici assemblati, BMKGENE porta più di una decina d'anni di sperienza, una squadra d'analisi altamente qualificata, un cuntenutu cumpletu è un eccellente supportu post-vendita.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
●Parechje strategie di sequenziamentu dispunibili:Per diversi scopi di ricerca è esigenze di cumpletezza di u genomu.
Specifiche di serviziu
| Serviziu | Strategia di Sequenziamentu |
| Prughjettu di Genomu | Illumina PE150 100x |
| 0 Genoma di Gap | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opzionale) |
Requisiti di u campione:
| Cuncentrazione (ng/µL) | Quantità tutale (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Batteri: ≥3,5x1010 cellule
Flussu di travagliu di serviziu
Cunsegna di campioni
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Include l'analisi seguente:
● Cuntrollu di a qualità di i dati di sequenziamentu
● Assemblea di u Genomu
● Analisi di i cumpunenti di u genomu: Previsione di CDS è di parechji elementi genomichi
● Annotazione funzionale cù parechje basi di dati generali (GO, KEGG, ecc.) è basi di dati avanzate (CARD, VFDB, ecc.)
● Visualizazione di u Genomu
Fornemu u genomu in un furmatu fasta facilmente accessibile è u schedariu d'annotazione di u genomu (gff).
Annotazione di u genu - GO
Annotazione di u genu - Carboidrati CAZY
Visualizazione di u genomu - Diagramma di Circos
Esplora i progressi facilitati da i servizii di assemblaggio di u genomu battericu di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Dai, W. et al. (2023) 'Scuperta di Bacteroides uniformis F18-22 cum'è un batteriu probioticu sicuru è novu per u trattamentu di a colite ulcerosa da u colon umanu sanu',Rivista Internaziunale di Scienze Moleculari, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Isolati di Proteus mirabilis resistenti à parechji farmaci chì portanu blaOXA-1 è blaNDM-1 da a fauna salvatica in Cina: aumentu di u risicu per a salute publica',Zoologia Integrativa, 16 (6), pp. 798-809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'A sequenza cumpleta di u genomu di l'endofitu Bacillus flexus KLBMP 4941 rivela u so mecanismu di prumuzione di a crescita di e piante è a basa genetica per a tolleranza à u sale',Rivista di Biotecnologia, 260, pp. 38-41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) "I plasmidi di resistenza à repliconi multipli di Klebsiella medianu una vasta diffusione di geni antimicrobici",Frontiere in Microbiologia, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
