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*I risultati di a demo mostrati quì sò tutti da genomi publicati cù Biomarker Technologies

1. Stima di u tempu d'inserzione LTR: A figura hà mostratu una distribuzione bimodale unica in i tempi d'inserzione LTR-RT in u genomu di a segale Weining, paragunatu à altre spezie. U piccu più recente hè apparsu circa 0,5 milioni d'anni fà.

Li Guang et al.,Genetica di a Natura, 2021

2. Analisi di a filogenia è di a famiglia di geni nantu à u chayote (Sechium edule): Analizendu u chayote è l'altre 13 spezie correlate in a famiglia di geni, hè statu trovu chì u Chayote hè u più strettamente ligatu à a zucca serpente (Trichosanthes anguina). U Chayote derivatu da a zucca serpente intornu à 27-45 Mya è a duplicazione di u genomu interu (WGD) hè stata osservata in u chayote 25±4 Mya, chì hè u terzu avvenimentu WGD in cucuibitaceae.

Fu A et al.,Ricerca in Orticultura, 2021

3. Analisi di sintenia: Certi geni ligati à i fitormoni in u sviluppu di i frutti sò stati truvati in chayote, zucca serpente è zucca. A currelazione trà chayote è zucca hè ligeramente più alta chè quella trà chayote è zucca serpente.

Fu A et al.,Ricerca in Orticultura, 2021

4. Analisi di a famiglia di geni: l'arricchimentu KEGG nantu à l'espansione è a cuntrazione di a famiglia di geni in i genomi di G.thurberi è G.davidsonii hà dimustratu chì i geni ligati à a biosintesi di steroidi è à a biosintesi di brassinosteroidi sò stati espansi.

Yang Z et al.,Biologia BMC, 2021

5. Analisi di duplicazione di u genomu interu: l'analisi di a distribuzione 4DTV è Ks hà mostratu un avvenimentu di duplicazione di u genomu interu. I picchi di l'intraspecie anu mostratu eventi di duplicazione. I picchi di l'interspecie anu mostratu eventi di speciazione. L'analisi hà indicatu chì, paragunendu cù l'altre trè spezie strettamente correlate, O. europaea hà subitu una duplicazione genica à grande scala più recentemente.

Rao G et al.,Ricerca in Orticultura, 2021

Casu BMK

Rosa senza spine: intuizioni genomiche ligate à l'adattazione à l'umidità

Publicatu: Rivista Naziunale di Scienza, 2021

Strategia di sequenziamentu:

Basye'sSenza spine(R.)Wichurainan) genomu:
Circa 93 X PacBio + circa 90 X Nanopore + 267 X Illumina

Risultati chjave

1. U genomu di R.wichuraiana d'alta qualità hè statu custruitu aduprendu tecniche di sequenziamentu à longa lettura, chì producenu un assemblaggio di 530,07 Mb (a dimensione stimata di u genomu era di circa 525,9 Mb per citometria di flussu è 525,5 per survey di u genomu; L'eterozigosità era intornu à 1,03%). U puntuatu stimatu BUSCO era di 93,9%. In paragone cù "Old blush" (haploOB), a qualità è a cumpletezza di stu genomu sò state cunfirmate da a precisione di basa unica è l'indice di assemblaggio LTR (LAI = 20,03). U genomu di R.wichuraiana cuntene 32.674 geni codificanti proteine.

2. L'analisi cumuna multi-omica, cumposta da genomica cumparativa, trascrittomica, analisi QTL di a pupulazione genetica, hà rivelatu a speciazione cruciale trà R. wichuraiana è Rosa chinensis. Inoltre, a variazione di l'espressione di geni correlati in QTL era prubabilmente assuciata à u mudellu di aculei di u stelu.

L'analisi genomica comparativa trà Basye's Thornless è Rosa chinensis, cumprese l'analisi di sintenia, u cluster di geni, l'analisi di espansione è cuntrazione, hà rivelatu un gran numeru di variazioni, chì sò ligate à tratti cruciali in e rose. L'espansione unica in a famiglia di geni NAC è FAR1/FRS era assai prubabile d'esse assuciata à a resistenza à a macchia nera.

Zhong, M., et al. "Rosa senza spine: intuizioni genomiche ligate à l'adattazione à l'umidità"Rivista Naziunale di Scienza, 2021;, nwab092.