I prudutti

*I risultati demo mostrati quì sò tutti da genomi publicati cù Biomarker Technologies

1.LTR inserisce l'estimazione di u tempu: A figura mostra una distribuzione bimodale unica in i tempi di inserimentu di LTR-RT in u genoma di u segale di Weining, cumparatu cù altre spezie.U piccu più recente hè apparsu circa 0,5 milioni d'anni fà.

Li Guang et al.,Genetica di a natura, 2021

2. Filogenia è analisi di a famiglia di geni nantu à u chayote (Sechium edule): Analizendu u chayote è l'altri 13 spezie rilativi in ​​a famiglia di geni, Chayote hè stata trovata più strettamente in relazione cù a zucca di serpente (Trichosanthes anguina).Chayote derivata da a zucca di serpente in circa 27-45 Mya è a duplicazione di u genoma tutale (WGD) hè stata osservata in chayote in 25±4 Mya, chì hè u terzu avvenimentu WGD in cucuibitaceae.

Fu A et al.,Ricerca Orticultura, 2021

3.Analisi di sintesi: Certi geni ligati à i phytohormones in u sviluppu di u fruttu sò stati truvati in chayote, serpente di zucca è squash.A correlazione trà chayote è squash hè ligeramente più altu ch'è quella trà chayote è snake gourd.

Fu A et al.,Ricerca Orticultura, 2021

4.Gene family analysis: KEGG enrichment on gene family expansion and contracture in G.thurberi è G.davidsonii genomes dimustratu chì a biosintesi di steroidi è i geni di a biosintesi di brassinosteroidi sò stati allargati.

Yang Z et al.,BMC Biologia, 2021

5.Analisi di duplicazione di u genoma tutale: 4DTV è l'analisi di distribuzione di Ks mostranu l'avvenimentu di duplicazione di u genoma sanu.I picchi di intraspecie mostranu avvenimenti di duplicazione.I picchi di l'interspecie mostranu avvenimenti di speciazione.L'analisi hà indicatu chì paragunendu cù l'altri trè spezii strettamente ligati, O. europaea hà passatu per una duplicazione di geni à grande scala più recentemente.

Rao G et al.,Ricerca Orticultura, 2021

Casu BMK

Rose senza prickle: insights genomicu ligati à l'adattazione di l'umidità

Publicatu: National Science Review, 2021

Strategia di sequenza:

'Di Basyesenza spine' (R.Wichurainan) genoma:
Circa.93 X PacBio + ca.90 X Nanopore + 267 X Illumina

I risultati chjave

1.High quality R.wichuraiana genome hè stata custruita utilizendu tecniche di sequencing long-lettura, chì rende un assemblea di 530.07 Mb (Stima di genome size era circa 525.9 Mb da cytometry flussu è 525.5 da genome survey； Heterozygosity era circa 1.03%).U puntu stimatu di BUSCO era di 93,9%.Paragunendu cù "Old blush" (haploOB), a qualità è a completezza di stu genoma hè stata cunfirmata da a precisione di basa unica è l'indice di assemblea LTR (LAI = 20.03).R.wichuraiana genome cuntene 32,674 genes codifica proteina.

2.Multi-omics analisi cumuna, cumpostu di genomica comparativa, transcriptomics, analisi QTL di pupulazione genetica, palesu a spiciation cruciali trà R. wichuraiana è Rosa chinensis.Inoltre, a variazione di l'espressione di i geni rilativi in ​​QTL era prubabile di esse assuciata à u mudellu di prickle di stem.

L'analisi genomica comparativa trà Basye;s Thornless è Rosa chinensis, cumprese l'analisi di sintonia, u cluster di famiglia di geni, l'analisi di espansione è di cuntrazione, anu revelatu un gran numaru di variazioni, chì sò in relazione cù tratti cruciali in i rosi.L'espansione unica in a famiglia di geni NAC è FAR1 / FRS era assai prubabile di esse assuciata cù a resistenza à a macchia negra.

Zhong, M., et al."Rose senza prickle: intuizioni genomiche ligati à l'adattazione di l'umidità"National Science Review, 2021;, nwab092.