Genomica Comparativa
Vantaghji di serviziu
●Ampia Competenza è registri di pubblicazione: cun accumulatu, BMKGene hà cumpletu più di 90 prughjetti di genomica comparativa, cù un fattore d'impattu cumulativu righjuntu 900.
●Analisi bioinformatica cumpleta: u pacchettu di analisi cuntene l'ottu analisi più frequentemente richieste, chì furnisce figuri ben cuncepiti pronti per publicà è chì permettenu una interpretazione faciule di i risultati
●Squadra di bioinformatica altamente qualificata è ciclu di analisi brevi: cù una grande sperienza in l'analisi genomica comparativa, a squadra di BMKGene risponde à diverse esigenze di analisi persunalizati in un brevi tempu di turn-around.
●Assistenza post-vendita:U nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prughjettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
Specificazioni di serviziu
| Tempu di turn-around stimatu | Numaru di spezie | Analisi |
| 30 ghjorni di travagliu | 6 - 12 | Raggruppamento di famiglia di geni L'espansione è a cuntrazione di a famiglia di geni Custruzzione di l'arburu filogeneticu Stima di u tempu di divergenza (calibrazione fossili necessaria) Tempu di inserimentu LTR (Per i pianti) Duplicazione di u genoma tutale (Per e piante) Pressione selettiva Analisi di sintonia |
Analisi bioinformatica
● Famiglia di geni
● Filogenetica
● Tempu di divergenza
● Pressione selettiva
● Analisi di sintonia
Requisiti di mostra è consegna
Requisiti di mostra:
Tissu o DNA per a sequenza di u genoma è l'assemblea
Per i tissuti
| Spezie | Tissu | Indagine | PacBio CCS |
| Animal | Tissu viscerale | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Tissu musculu | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Sangue di mammiferi | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Sangue di pollame/pesce | |||
| Pianta | Foglia fresca | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Petale/Stem | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Radice / Semente | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Cellule | Cellula cultivata | - | ≥ 1 x 108 |
Dati
I schedarii di sequenza di u genoma (.fasta) è i schedarii di annotazione (.gff3) di spezie strettamente parenti
Flussu di travagliu di serviziu
Prughjettu di cuncepimentu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
*I risultati demo mostrati quì sò tutti da genomi publicati cù Biomarker Technologies
1.LTR inserisce l'estimazione di u tempu: A figura mostra una distribuzione bimodale unica in i tempi di inserimentu di LTR-RT in u genoma di u segale di Weining, cumparatu cù altre spezie. U piccu più recente hè apparsu circa 0,5 milioni d'anni fà.
Li Guang et al.,Genetica di a natura, 2021
2. Filogenia è analisi di a famiglia di geni nantu à u chayote (Sechium edule): Analizendu u chayote è l'altri 13 spezie rilativi in a famiglia di geni, Chayote hè stata trovata più strettamente in relazione cù a zucca di serpente (Trichosanthes anguina). Chayote derivata da a zucca di serpente in circa 27-45 Mya è a duplicazione di u genoma tutale (WGD) hè stata osservata in chayote in 25±4 Mya, chì hè u terzu avvenimentu WGD in cucuibitaceae.
Fu A et al.,Ricerca Orticultura, 2021
3.Analisi di sintesi: Certi geni ligati à i phytohormones in u sviluppu di u fruttu sò stati truvati in chayote, serpente di zucca è squash. A correlazione trà chayote è squash hè ligeramente più altu ch'è quella trà chayote è snake gourd.
Fu A et al.,Ricerca Orticultura, 2021
4.Gene family analysis: KEGG enrichment on gene family expansion and contracture in G.thurberi è G.davidsonii genomes dimustratu chì a biosintesi di steroidi è i geni di a biosintesi di brassinosteroidi sò stati allargati.
Yang Z et al.,BMC Biologia, 2021
5.Analisi di duplicazione di u genoma tutale: 4DTV è l'analisi di distribuzione di Ks mostranu l'avvenimentu di duplicazione di u genoma sanu. I picchi di intraspecie mostranu avvenimenti di duplicazione. I picchi di l'interspecie mostranu avvenimenti di speciazione. L'analisi hà indicatu chì paragunendu cù l'altri trè spezii strettamente ligati, O. europaea hà passatu per una duplicazione di geni à grande scala più recentemente.
Rao G et al.,Ricerca Orticultura, 2021
Casu BMK
Rose senza prickle: insights genomicu ligati à l'adattazione di l'umidità
Publicatu: National Science Review, 2021
Strategia di sequenza:
'Di Basyesenza spine' (R.Wichurainan) genoma:
Circa. 93 X PacBio + ca. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
I risultati chjave
1.High quality R.wichuraiana genome hè stata custruita utilizendu tecniche di sequencing long-lettura, chì rende un assemblea di 530.07 Mb (Stima di genome size era circa 525.9 Mb da cytometry flussu è 525.5 da genome survey； Heterozygosity era circa 1.03%). U puntu stimatu di BUSCO era di 93,9%. Paragunendu cù "Old blush" (haploOB), a qualità è a completezza di stu genoma hè stata cunfirmata da a precisione di basa unica è l'indice di assemblea LTR (LAI = 20.03). R.wichuraiana genome cuntene 32,674 genes codifica proteina.
2.Multi-omics analisi cumuna, cumpostu di genomica comparativa, transcriptomics, analisi QTL di pupulazione genetica, palesu a spiciation cruciali trà R. wichuraiana è Rosa chinensis. Inoltre, a variazione di l'espressione di i geni rilativi in QTL era prubabile di esse assuciata à u mudellu di prickle di stem.
L'analisi genomica comparativa trà Basye;s Thornless è Rosa chinensis, cumpresa l'analisi di sintonia, u cluster di famiglia di geni, l'analisi di espansione è di cuntrazione, hà revelatu un gran numaru di variazioni, chì sò in relazione cù tratti cruciali in i rosi. L'espansione unica in a famiglia di geni NAC è FAR1 / FRS era assai prubabile di esse assuciata cù a resistenza à a macchia negra.
Analisi di genomica comparativa trà i genomi BT è haploOB.
Zhong, M., et al. "Rose senza prickle: intuizioni genomiche ligati à l'adattazione di l'umidità"National Science Review, 2021;, nwab092.
