16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Vantaghji di serviziu
● Identificazione senza isolazione è rapida di a cumpusizioni microbica in campioni ambientali
● Alta risoluzione in cumpunenti bassu-abbundanti in campioni ambientali
● L'ultime QIIME2 analizà u flussu cù analisi diverse in termini di basa di dati, annotazione, OTU / ASV.
● High-throughput, precisione più altu
● Applicabile à diversi studii di a cumunità microbiana
● BMK pussede una vasta sperienza cù più di 100.000 campioni / annu, chì copre terra, acqua, gas, fanghi, feci, intestini, pelle, brodu di fermentazione, insetti, piante, etc.
● BMKCloud hà facilitatu l'interpretazione di dati chì cuntenenu 45 strumenti di analisi persunalizati
Specificazioni di serviziu
| SequencingPiattaforma | Biblioteca | Rendimentu di dati cunsigliatu | Tempu di turn-around stimatu |
| Piattaforma Illumina NovaSeq | PE250 | 50K/100K/300K Tags | 30 ghjorni |
Analisi bioinformatica
● cuntrollu di qualità di dati crudu
● OTU clustering/De-noise (ASV)
● annotazione OTU
● diversità alfa
● diversità Beta
● Analisi intergruppu
● Analisi di associu contr'à fattori spirimintali
● Predizzione di geni di funzione
Requisiti di mostra è consegna
Requisiti di mostra:
Perestratti di DNA:
| Tipu di mostra | A quantità | Cuncentrazione | Purità |
| estratti di DNA | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Per i campioni ambientali:
| Tipu di mostra | Prucedura di campionamentu cunsigliatu |
| Terra | Quantità di campionamentu: ca.5 g;A sostanza secca restante deve esse eliminata da a superficia;Macinate pezzi grossi è passanu per un filtru di 2 mm;Campioni aliquotati in EP-tube sterile o cyrotube per a riservazione. |
| Feces | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote i campioni in un tubo EP sterile o un criotubo per prenotazione. |
| Cuntenuti intestinali | I campioni anu da esse processati in cundizioni asettiche.Lavà u tissutu cullatu cù PBS;Centrifugare le PBS e raccogliere il precipitante in tubi EP. |
| Sludge | Quantità di campionamentu: ca.5 g;Raccoglie e aliquote di campione di fango in un tubo EP sterile o un cryotube per prenotazione |
| Corpu d'acqua | Per a mostra cù una quantità limitata di microbica, cum'è l'acqua di u robba, l'acqua di pozzu, etc., Raccoglie almenu 1 L d'acqua è passa per un filtru di 0,22 μm per arricchisce microbial nantu à a membrana.Mantene a membrana in un tubu sterile. |
| A pelle | Raschiate cù cura a superficia di a pelle cù un tampone di cuttuni sterile o una lama chirurgica è mette in un tubu sterile. |
Cunsigliu Cunsigliu di Campione
Freeze i campioni in nitrogenu liquidu per l'ora di 3-4 è almacenà in nitrogenu liquidu o -80 gradi à riservazione longu.U trasportu di mostra cù ghiaccio seccu hè necessariu.
Flussu di travagliu di serviziu
Consegna di mostra
Custruzzione di biblioteca
Sequencing
Analisi di dati
Servizi post-vendita
1.Distribuzione di spezie
2.Carta di calore: A ricchezza di spezie clustering
3.Curva di fazione rara
4.analisi NMDS
analisi 5.Lefse
Casu BMK
L'individui obesi cù è senza diabete di tipu 2 mostranu capacità è cumpusizioni funziunali di microbica intestinali diffirenti
Publicatu:Cell Host & Microbe, 2019
Strategia di sequenza:
Lean non-diabetes (n = 633);Obesu senza diabete (n = 494);Obese-Tipu 2 diabetes (n = 153);
Regione di destinazione: 16S rDNA V1-V2
Piattaforma: Illumina Miseq (sequenza di amplicone basatu in NGS)
Un sottogruppu di estratti di DNA sò stati sottumessi à sequenza metagenomica nantu à Illumina Hiseq
I risultati chjave
I profili microbichi di sti malati metabolichi sò stati differenziati cù successu.
Paragunendu e caratteristiche microbiche generate da a sequenza 16S, l'obesità hè stata trovata assuciata cù cambiamenti in a cumpusizioni microbiana, caratteristiche individuali, in particulare diminuzione significativa in Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. .
Riferimentu
Thingholm, LB, et al."L'individui obesi cù è senza diabete di tipu 2 mostranu capacità è cumpusizioni funzionali microbiche di l'intestinu diffirenti".Cell Host & Microbe26.2 (2019).
