Sequenziamentu di Ampliconi 16S/18S/ITS-NGS
Funzioni di serviziu
● Piattaforma di sequenziamentu: Illumina NovaSeq.
● Amplificazione di brevi regioni di 16S, 18S è ITS, frà altri obiettivi di amplificazione.
● Scelte flessibili di ampliconi.
● Esperienza di prughjettu precedente cù parechji obiettivi di amplificazione.
Vantaghji di u serviziu
●Senza isolamentu:Identificazione rapida di a cumpusizione microbica in campioni ambientali.
●Alta RisoluzioneIn cumpunenti pocu abbundanti in campioni ambientali.
●Ampiamente applicabileStudi di cumunità microbiche diverse.
●Analisi Bioinformatica CumpletaL'ultimu pacchettu QIIME2 (intuizione quantitativa di l'ecologia microbiana) cù diverse analisi in termini di basa di dati, annotazione, OTU/ASV.
●Una vasta cumpetenzaCù 150 mila prughjetti di sequenziamentu di ampliconi realizati annualmente, BMKGENE porta più di una decina d'anni di sperienza, una squadra d'analisi altamente qualificata, un cuntenutu cumpletu è un eccellente supportu post-vendita.
Specifiche di serviziu
| Biblioteca | Strategia di Sequenziamentu | Dati cunsigliati |
| Amplicone | Illumina PE250 | Etichette 50/100/300K (Coppie di lettura) |
Requisiti di serviziu
| Cuncentrazione (ng/µL) | Quantità tutale (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Terra/fanghi: 1-2 g
● Cuntenutu intestinale - animale: 0,5-2 g
● Cuntenutu intestinale-insettu: 0,1-0,25 g
● Superficie di a pianta (sedimentu arricchitu): 0,1-0,5 g
● Sedimentu arricchitu di brodu di fermentazione): 0,1-0,5 g
● Faece (animali grossi): 0,5-2 g
● Faece (topo): 3-5 grani
● Liquidu di lavaggio alveolare pulmonare: carta da filtru
● Tampone vaginale: 5-6 tamponi
● Tampone cutaneo/genitale/saliva/tessuto molle orale/tampone faringeo/tampone rettale: 2-3 tamponi
● Microorganismi di superficia: carta da filtru
● Corpu d'acqua/aria/biofilm: carta da filtru
● Endofiti: 1-2 g
● Placca dentale: 0,5-1 g
Flussu di travagliu di serviziu
Cunsegna di campioni
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Include l'analisi seguente:
- Cuntrollu di a qualità di i dati crudi
- Clustering OTU / De-noise (ASV)
- Annotazione OTU
- Analisi di a diversità alfa: parechji indici, cumpresi Shannon, Simpson è ACE.
- Analisi di a diversità beta
- Analisi intergruppu
- Analisi di currelazione: trà fattori ambientali è cumpusizione è diversità di l'OUT
- Predizione di u genu funziunale 16S
Istogramma di a distribuzione tassonomica
mappa di calore di raggruppamentu di l'abbundanza tassonomica
Analisi di a diversità alfa: curva di rarefazione
analisi di a diversità beta: NMDS
Analisi intergruppu: scuperta di biomarcatori LEFSE
Esplora i progressi facilitati da i servizii di sequenziamentu di ampliconi di BMKGene cù Illumina attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Dong, C. et al. (2022) 'Assemblaggio, Microbiota Core, è Funzione di a Microbiota di u Terrenu è di a Corteccia di a Rizosfera in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Trapianto di consorzi batterici sintetici per u trattamentu di a vaginosi batterica indotta da Gardnerella vaginalis in i topi', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. è Liu, H. (2022) 'Microbiomi di a polvera d'aria raccolta durante l'esperimentu di supportu vitale biorigenerativu chjusu basatu in terra "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'L'abbundanza dipendente da a materia prima di geni funziunali ligati à a trasfurmazione di l'azotu hà cuntrullatu a perdita di azotu in u compostu', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
