● Capture di poly mRNA prima di preparazione di biblioteca
● Indipendente di ogni genoma di riferimentu: basatu annantu à l'assemblea de novo di trascrizioni, generendu una lista di unigeni chì sò annotati cù parechje basa di dati (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analisi bioinformatica cumpleta di l'espressione genica è a struttura di trascrizione
●Vasta Competenza: cù una storia di trasfurmazioni di più di 600.000 campioni in BMKGENE, chì copre diversi tipi di campioni cum'è culturi di cellule, tessuti è fluidi di u corpu, a nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu. Avemu chjusu cù successu più di 100 000 prughjetti mRNA-Seq in diversi domini di ricerca.
●Rigurosu cuntrollu di qualità: implementemu punti di cuntrollu di core in tutte e tappe, da a preparazione di campioni è biblioteca à a sequenza è a bioinformatica. Stu surviglianza meticulosa assicura a consegna di risultati sempre di alta qualità.
● Annotation Comprehensive: usemu parechje basa di dati per annotà funziunalmente i Genes Differentially Expressed (DEGs) è eseguite l'analisi di arricchimentu currispundenti, furnisce insights nantu à i prucessi cellulari è moleculari sottumessi à a risposta transcriptome.
●Assistenza post-vendita: u nostru impegnu si estende oltre u cumpletu di u prugettu cù un periodu di serviziu dopu a vendita di 3 mesi. Duranti stu tempu, offremu seguitu di u prughjettu, assistenza per a risoluzione di prublemi, è sessioni di Q&A per affruntà tutte e dumande relative à i risultati.
Biblioteca | Strategia di sequenza | Dati cunsigliatu | Controlu di qualità |
Poly A arricchitu | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotidi:
Conc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purità | Integrità |
≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Cuntaminazione limitata o micca di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Per i pianti: RIN≥4.0; Per l'animali: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitazione o senza elevazione di basa |
● Piante :
Radice, Stem o Petali: 450 mg
Foglia o Semente: 300 mg
Frutta: 1,2 g
● Animali :
Cuore o intestinu: 300 mg
Viscera o Cervellu: 240 mg
Musculu: 450 mg
Osse, capelli o pelle: 1 g
● Artropodi :
Insetti: 6 g
Crustacea: 300 mg
● Sangue sanu: 1 tubu
● Cellule : 106 cellule
Contenitore: Tubu da centrifuga da 2 ml (Un fogliu di stagno ùn hè micca cunsigliatu)
Esempiu di etichettatura: Gruppu + replicate per esempiu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
spedizione:
1. Ghiaccio seccu: I campioni deve esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
2. Tubi RNAstable: i campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di RNA (per esempiu, RNAstable®) è spedite in a temperatura di l'ambienti.
Bioinformatica
Assemblea di transcriptome è selezzione unigene
annotazione Unigene
Correlazione di campioni è valutazione di replicati biologichi
Genes espressi di manera differenziale (DEG)
Annotazione Funzionale di DEG
Arricchimentu Funziunale di DEG
Esplora i progressi facilitati da i servizii di sequenza di mRNA NGS eucarioti di BMKGene attraversu una cullizzioni curata di publicazioni.
Shen, F. et al. (2020) "Assemblea di transcriptome de novo è espressione di gene biased sessu in i gonadi di Amur catfish (Silurus asotus)", Genomica, 112 (3), pp. 2603-2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) "Analisi di transcriptome di u metabolismu di saccarosi durante l'inflazione di u bulbe è u sviluppu in a cipolla (Allium cepa L.)", Frontiers in Plant Science, 7 (settembre), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) "Assembly De novo, caratterizzazione è annotazione per u transcriptome di Sarcocheilichthys sinensis", PLoS ONE, 12 (2). doi : 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) "L'analisi di transcriptome De novo furnisce insights in a tolleranza di u sali di Podocarpus macrophyllus sottu u stress di salinità", BMC Plant Biology, 21 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.