Sequenziamentu di mRNA basatu senza riferimentu-NGS
Funziunalità
● Cattura di poli mRNA prima di a preparazione di a biblioteca
● Indipendente da qualsiasi genomu di riferimentu: basatu annantu à l'assemblea de novo di trascritti, generendu una lista di unigeni chì sò annotati cù parechje basi di dati (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analisi bioinformatica cumpleta di l'espressione genica è di a struttura di i trascritti
Vantaghji di u serviziu
●Una vasta cumpetenzaCù una sperienza di trasfurmazione di più di 600 000 campioni in BMKGENE, chì abbraccianu diversi tipi di campioni cum'è culture cellulari, tessuti è fluidi corporei, a nostra squadra porta una ricchezza di sperienza à ogni prughjettu. Avemu chjusu cù successu più di 100 000 prughjetti mRNA-Seq in diversi duminii di ricerca.
●Cuntrollu di qualità rigorosuImplementemu punti di cuntrollu fundamentali in tutte e tappe, da a preparazione di campioni è biblioteche à u sequenziamentu è a bioinformatica. Stu monitoraghju meticulosu garantisce a consegna di risultati di alta qualità in modu consistente.
● Annotazione cumpleta: usemu parechje basi di dati per annotà funziunalmente i Geni Espressi Differenzialmente (DEG) è realizà l'analisi d'arricchimentu currispundente, furnendu insights nantu à i prucessi cellulari è moleculari chì sò à a basa di a risposta di u trascrittoma.
●Assistenza post-venditaU nostru impegnu si stende oltre u cumpletamentu di u prugettu cù un periodu di serviziu post-vendita di 3 mesi. Durante questu tempu, offremu seguitu di u prugettu, assistenza per a risoluzione di i prublemi è sessioni di dumande è risposte per risponde à qualsiasi dumanda riguardu à i risultati.
Requisiti di Campione è Cunsegna
| Biblioteca | Strategia di sequenziamentu | Dati cunsigliati | Cuntrollu di qualità |
| Arricchitu cù Poly A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Requisiti di u campione:
Nucleotidi:
| Cunc. (ng/μl) | Quantità (μg) | Purezza | Integrità |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Cuntaminazione limitata o assente di proteine o DNA mostrata nantu à u gel. | Per e piante: RIN≥4.0; Per l'animali: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazione di basa limitata o inesistente |
● Piante:
Radice, fustu o petalu: 450 mg
Foglia o Seme: 300 mg
Frutta: 1,2 g
● Animale:
Core o Intestinu: 300 mg
Viscera o Cervellu: 240 mg
Musculu: 450 mg
Ossa, Capelli o Pelle: 1g
● Artropodi:
Insetti: 6g
Crustacei: 300 mg
● Sangue interu1 tubu
● Cellule: 106 cellule
Cunsegna di Campioni Raccomandata
Contenitore: Tubu di centrifuga di 2 ml (Ùn hè micca cunsigliatu l'usu di foglia d'aluminiu)
Etichettatura di mostra: Raggruppamentu + replicazione per esempiu A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Spedizioni:
1. Ghiacciu seccu: I campioni devenu esse imballati in sacchetti è intarrati in ghiaccio seccu.
2. Tubi RNAstabili: I campioni di RNA ponu esse secchi in un tubu di stabilizazione di l'RNA (per esempiu, RNAstable®) è spediti à temperatura ambiente.
Flussu di travagliu di serviziu
Cuncepimentu di l'esperimentu
Cunsegna di campioni
Estrazione di ARN
Custruzzione di a biblioteca
Sequenziamentu
Analisi di dati
Servizii dopu a vendita
Bioinformatica
Assemblaggio di u trascrittoma è selezzione di l'unigene
Annotazione Unigene
Correlazione di campioni è valutazione di repliche biologiche
Geni espressi differenzialmente (DEG)
Annotazione funzionale di i DEG
Arricchimentu funzionale di i DEG
Esplora i progressi facilitati da i servizii di sequenziamentu di l'ARNm eucarioticu NGS di BMKGene attraversu una cullezzione curata di publicazioni.
Shen, F. et al. (2020) 'Assemblaggio di trascrittoma de novo è espressione genica cù sbilancia sessuale in e gonadi di u pesciu gattu di l'Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analisi di u trascrittoma di u metabolismu di u saccarosiu durante u gonfiore è u sviluppu di u bulbu in a cipolla (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (settembre), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Assemblaggio de novo, caratterizazione è annotazione per u trascrittoma di Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'L'analisi di u trascrittoma de novo furnisce infurmazioni nantu à a tolleranza à u sale di Podocarpus macrophyllus sottu stress di salinità', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
